GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 841 à 870 sur 1402 au total
Silene as a model system in ecology and evolution
Heredity . 103 : 583-589
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voir la publicationAcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) : a model database to visualize and study the metabolic network underlying the pea aphid-Buchnera symbiosis
6. International Symbiosis Society (ISS) Congress .
Acte de congrès
voir la publicationAcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses
8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009) .
Acte de congrès
voir la publicationAcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons .
Acte de congrès
voir la publicationCycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases
1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE .
Acte de congrès
voir la publicationDifferential retention of metabolic genes following whole-genome duplication
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 5 ) : 1067-1072
Article dans une revue
voir la publicationDatabases of Homologous Gene Families for Comparative Genomics
BMC Bioinformatics . 10 (Suppl.6) :S3 : 13
Article dans une revue
voir la publicationA new method for 2D gel spot alignment: application to the analysis of large sample sets in clinical proteomics
BMC Bioinformatics . 9 ( 1 ) : 460
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voir la publicationEvolution of the mitochondrial ribosomal proteome
16th Annual Meeting of the Society of Molecular Biology and Evolution (SMBE'08) .
Poster
voir la publicationDynamic nature of the proximal AZFc region of the human Y chromosome: multiple independent deletion and duplication events revealed by microsatellite analysis.
Human Mutation . 29 ( 10 ) : 1171-80
DOI: 10.1002/humu.20757
Article dans une revue
voir la publicationTranscription-Induced Mutational Strand Bias and Its Effect on Substitution Rates in Human Genes
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 1 ) : 131-142
Article dans une revue
voir la publicationSex-specific genetic structure and social organization in Central Asia: insights from a multi-locus study.
PLoS Genetics . 4 ( 9 ) : e1000200
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voir la publicationAncient bacteria liked it hot
Nature . 451 : 635-636
DOI: 10.1038/451635a
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voir la publicationISG20L2, a novel vertebrate nucleolar exoribonuclease involved in Ribosome biogenesis.
Molecular and Cellular Proteomics . 7 : epub ahead of print
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voir la publicationTranslational control of intron splicing in eukaryotes
Nature . 451 ( 7176 ) : 359-362
DOI: 10.1038/nature06495
Article dans une revue
voir la publicationBiased Gene Conversion and its Impact on Human Genome Evolution
incollection . -- : 273-277
Article dans une revue
voir la publicationEnumerating precursor sets of target metabolites in a metabolic network
WABI 2008 - 8th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . 5251 : 233-244
Acte de congrès
voir la publicationEvolution des organismes bactériens
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant" . : 12 diapos
Acte de congrès
voir la publicationBenchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
Actes des Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques . : 67-68
Acte de congrès
voir la publicationA small trip in the untranquil world of genomes a survey on the detection and analysis of genome rearrangement breakpoints
Theoretical Computer Science . 395 : 171-192
Article dans une revue
voir la publicationExploring the Solution Space of Sorting by Reversals, with Experiments and an Application to Evolution
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 5 ( 3 ) : 348-356
DOI: 10.1109/TCBB.2008.16
Article dans une revue
voir la publicationBenchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
Proc. JOBIM . : 67-68
Article dans une revue
voir la publicationDevelopment of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) : from genome sequence to metabolic network analyses
Integrative Post-Genomics - IPG'08 .
Acte de congrès
voir la publicationLes réseaux métaboliques et génétiques
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant" . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationCaractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum
Séminaire INRA AgroBI .
Acte de congrès
voir la publicationAnnotation of metabolism genes : towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses
4. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1" .
Poster
voir la publicationModes and Cuts in Metabolic Networks:Complexity and Algorithms
BioSystems . 95 - n°1 : 51-60
Article dans une revue
voir la publicationPrecise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes
: 26
Rapport
voir la publicationTranscriptomique
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant" . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationEfficient representation and P-value computation for high-order Markov motifs
Bioinformatics . 24 : i160-i166
Article dans une revue
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