GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 811 à 840 sur 1402 au total
A Mixture Model and a Hidden Markov Model to Simultaneously Detect Recombination Breakpoints and Reconstruct Phylogenies
Evolutionary Bioinformatics . 5 : 67-79
DOI: 10.4137/EBO.S2242
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voir la publicationPhylogeny of prokaryotes: does it exist and why should we care?
Research in Microbiology . 160 : 513-21
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voir la publicationHappy together: genomic insights into the unique Nanoarchaeum/Ignicoccus association.
Journal of Biology . 8 ( 1 ) : 7
DOI: 10.1186/jbiol110
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voir la publicationGenomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila
FASEB Journal . 23 : 54-62
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voir la publicationInfra- and Transspecific Clues to Understanding the Dynamics of Transposable Elements
genome dyn stab . -- : 115-123
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voir la publicationIdentifying repeats and transposable elements in sequenced genomes: how to find your way through the dense forest of programs
Heredity . -- : 1-14
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voir la publicationThe relationship between DNA replication and human genome organization.
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 4 ) : 729-741
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voir la publicationMultiple alignment of biological networks: A flexible approach
Combinatorial Pattern Matching (CPM) . 5577 : 263-273
Acte de congrès
voir la publicationAssessing the exceptionality of coloured motifs in networks
EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology . 2009 : 9 pages on line
DOI: 10.1155/2009/616234
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voir la publicationFast optimization of statistical potentials for structurally constrained phylogenetic models
BMC Evolutionary Biology . 9 ( 1 ) : 227
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voir la publicationComment on “Human-Specific Gain of Function in a Developmental Enhancer”
Science . 323(5915) : 714-715
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voir la publicationBiased Gene Conversion and the Evolution of Mammalian Genomic Landscapes
Annual Review of Genomics and Human Genetics . 10 : 285-311
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voir la publicationL’évolution des chromosomes sexuels humains
Biofutur . 304 : 40-41
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voir la publicationCurrent tools for the identification of miRNA genes and their targets
Nucleic Acids Research . 2009 : 2419-2433
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voir la publicationLossless filter for multiple repeats with bounded edit distance
Algorithms for Molecular Biology . 4 ( 1 ) : 3
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voir la publicationAn asymmetric approach to preserve common intervals while sorting by reversals
Algorithms for Molecular Biology . 4 ( 1 ) : 16
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voir la publicationAcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009) . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationA pharmacologically based multiscale mathematical model of angiogenesis and its use in investigating the efficacy of a new cancer treatment strategy.
Journal of Theoretical Biology . 260 ( 4 ) : 545-62
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voir la publicationIron-sulfur (Fe/S) protein biogenesis: phylogenomic and genetic studies of A-type carriers
PLoS Genetics . 5 : 261-268
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voir la publicationQri7/OSGEPL the mitochondrial version of the universal Kae1/YgjD protein is essential for mitochondrial genome maintenance
Nucleic Acids Research . 37 : 5343-52
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voir la publicationComparison of alignment free string distances for complete genome phylogeny
Advances in Data Analysis and Classification . 3 : 95-108
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voir la publicationModeling of 2-D DNA display.
Electrophoresis . 30 ( 21 ) : 3649-56
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voir la publicationFull-Length Genome Characterization of a Novel Simian Immunodeficiency Virus Lineage (SIVolc) from Olive Colobus (Procolobus verus) and New SIVwrcPbb Strains from Western Red Colobus (Piliocolobus badius badius) from the Taï Forest in Ivory Coast
Journal of Virology . 83 ( 1 ) : 428-439
DOI: 10.1128/JVI.01725-08
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voir la publicationGenomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila.
FASEB Journal . 23 ( 5 ) : 1482-9
DOI: 10.1096/fj.08-123513
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voir la publicationThe evolutionary dynamics of the Helena retrotransposon revealed by sequenced Drosophila genomes.
BMC Evolutionary Biology . 9 : 174
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voir la publicationQri7/OSGEPL, the mitochondrial version of the universal Kae1/YgjD protein, is essential for mitochondrial genome maintenance.
Nucleic Acids Research . : epub ahead of print
DOI: 10.1093/nar/gkp557
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voir la publicationComputational Methods for Evaluating Phylogenetic Models of Coding Sequence Evolution with Dependence between Codons
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 7 ) : 1663 - 1676
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voir la publicationHigh-throughput single nucleotide polymorphism genotyping in wheat (Triticum spp.)
Plant Biotechnology Journal . 7 ( 4 ) : 364-374
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voir la publicationIn Retrospect: Lamarck's treatise at 200
Nature . 460 ( 7256 ) : 688-689
DOI: 10.1038/460688a
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voir la publicationA White Campion textit(Silene latifolia) floral expressed sequence tag (EST) library: annotation EST-SSR characterization transferability and utility for comparative mapping
BMC Genomics . 10(243) : 1-14
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