GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 811 à 840 sur 1408 au total
Monoallelic expression and tissue specificity are associated with high crossover rates
Trends in Genetics . 25(12) : 519-522
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voir la publicationGC-biased gene conversion promotes the fixation of deleterious amino acid changes in primates
Trends in Genetics . 25(1) : 1-5
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voir la publicationSystemic analysis of the symbiotic function of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum.
Comptes Rendus. Biologies . 332 ( 11 ) : 1034-49
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voir la publicationThe Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism
5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2, Barcelona, Espagne, juin 2009 .
Acte de congrès
voir la publicationFootprints of Inversions at Present and Past Pseudoautosomal Boundaries in Human Sex Chromosomes
Genome Biology and Evolution . 1(1) : 56-66
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voir la publicationIdentification of expressed transposable element insertions in the sequenced genome of Drosophila melanogaster
Gene . 439 : 55-62
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voir la publicationAnalysis of fine-scale mammalian evolutionary breakpoints provides new insight into their relation to genome organisation
BMC Genomics . 10 ( 1 ) : 335
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voir la publicationA Mixture Model and a Hidden Markov Model to Simultaneously Detect Recombination Breakpoints and Reconstruct Phylogenies
Evolutionary Bioinformatics . 5 : 67-79
DOI: 10.4137/EBO.S2242
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voir la publicationPhylogeny of prokaryotes: does it exist and why should we care?
Research in Microbiology . 160 : 513-21
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voir la publicationHappy together: genomic insights into the unique Nanoarchaeum/Ignicoccus association.
Journal of Biology . 8 ( 1 ) : 7
DOI: 10.1186/jbiol110
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voir la publicationGenomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila
FASEB Journal . 23 : 54-62
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voir la publicationInfra- and Transspecific Clues to Understanding the Dynamics of Transposable Elements
genome dyn stab . -- : 115-123
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voir la publicationIdentifying repeats and transposable elements in sequenced genomes: how to find your way through the dense forest of programs
Heredity . -- : 1-14
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voir la publicationThe relationship between DNA replication and human genome organization.
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 4 ) : 729-741
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voir la publicationMultiple alignment of biological networks: A flexible approach
Combinatorial Pattern Matching (CPM) . 5577 : 263-273
Acte de congrès
voir la publicationAssessing the exceptionality of coloured motifs in networks
EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology . 2009 : 9 pages on line
DOI: 10.1155/2009/616234
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voir la publicationFast optimization of statistical potentials for structurally constrained phylogenetic models
BMC Evolutionary Biology . 9 ( 1 ) : 227
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voir la publicationComment on “Human-Specific Gain of Function in a Developmental Enhancer”
Science . 323(5915) : 714-715
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voir la publicationBiased Gene Conversion and the Evolution of Mammalian Genomic Landscapes
Annual Review of Genomics and Human Genetics . 10 : 285-311
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voir la publicationL’évolution des chromosomes sexuels humains
Biofutur . 304 : 40-41
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voir la publicationCurrent tools for the identification of miRNA genes and their targets
Nucleic Acids Research . 2009 : 2419-2433
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voir la publicationLossless filter for multiple repeats with bounded edit distance
Algorithms for Molecular Biology . 4 ( 1 ) : 3
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voir la publicationAn asymmetric approach to preserve common intervals while sorting by reversals
Algorithms for Molecular Biology . 4 ( 1 ) : 16
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voir la publicationAcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009) . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationA pharmacologically based multiscale mathematical model of angiogenesis and its use in investigating the efficacy of a new cancer treatment strategy.
Journal of Theoretical Biology . 260 ( 4 ) : 545-62
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voir la publicationIron-sulfur (Fe/S) protein biogenesis: phylogenomic and genetic studies of A-type carriers
PLoS Genetics . 5 : 261-268
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voir la publicationQri7/OSGEPL the mitochondrial version of the universal Kae1/YgjD protein is essential for mitochondrial genome maintenance
Nucleic Acids Research . 37 : 5343-52
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voir la publicationComparison of alignment free string distances for complete genome phylogeny
Advances in Data Analysis and Classification . 3 : 95-108
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voir la publicationModeling of 2-D DNA display.
Electrophoresis . 30 ( 21 ) : 3649-56
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voir la publicationFull-Length Genome Characterization of a Novel Simian Immunodeficiency Virus Lineage (SIVolc) from Olive Colobus (Procolobus verus) and New SIVwrcPbb Strains from Western Red Colobus (Piliocolobus badius badius) from the Taï Forest in Ivory Coast
Journal of Virology . 83 ( 1 ) : 428-439
DOI: 10.1128/JVI.01725-08
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