GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 781 à 810 sur 1408 au total
Detecting positive selection within genomes: the problem of biased gene conversion
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 365 ( 1552 ) : 2571-2580
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voir la publicationParamecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model
Emerging Model Organisms . 2010 : 1-55
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voir la publicationIdentifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads
String Processing and Information Retrieval . 6393 : 147-158
Acte de congrès
voir la publicationCassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
Bioinformatics . 26 ( 15 ) : 1897-8
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voir la publicationGenome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
PLoS Biology . 8 ( 2 ) : e1000313
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voir la publicationRepetition-free longest common subsequence
Discrete Applied Mathematics . 158 ( 12 ) : 1315-1324
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voir la publicationCombination of measures distinguishes pre-miRNAs from other stem-loops in the genome of the newly sequenced Anopheles darlingi
BMC Genomics . 11 ( 1 ) : 529
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voir la publicationSeaView Version 4: a Multiplatform Graphical User Interface for Sequence Alignment and Phylogenetic Tree Building
Molecular Biology and Evolution . 27 : 221-224
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voir la publicationThe origin of eukaryotes and their relationship with the Archaea: are we at a phylogenomic impasse?
Nature Reviews Microbiology . 8 ( 10 ) : 743-753
DOI: 10.1038/nrmicro2426
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voir la publicationDistinct gene set in two different lineages of ammoniaoxidizing archaea supports the phylum Thaumarchaeota
Trends Microbiol . 18(8) : 331-40
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voir la publicationNitrosopumilus maritimus genome reveals unique mechanisms for nitrification and autotrophy in globally distributed marine crenarchaea
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 107 ( 19 ) : 8818-23
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voir la publicationStructure, function, and evolution of the Thiomonas spp. genome.
PLoS Genetics . 6 ( 2 ) : e1000859
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voir la publicationRECONSTRUCTING ORIGINS OF LOSS OF SELF-INCOMPATIBILITY AND SELFING IN NORTH AMERICAN ARABIDOPSIS LYRATA: A POPULATION GENETIC CONTEXT
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 64 ( 12 ) : 3495 - 3510
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voir la publicationReconstructing origins of loss of self-incompatibility and selfing in North American Arabidopsis lyrata: a population genetic context
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 64 : 3495-3510
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voir la publicationA Phylogenetic Model for Investigating Correlated Evolution of Substitution Rates and Continuous Phenotypic Characters
Molecular Biology and Evolution . 28 ( 1 ) : 729 - 744
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voir la publicationA Dirichlet Process Covarion Mixture Model and Its Assessments Using Posterior Predictive Discrepancy Tests
Molecular Biology and Evolution . 27 ( 2 ) : 371-384
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voir la publicationProposals for classification methods dedicated to biological data
International Journal of Biomedical Engineering and Technology (IJBET) . 3 ( 1/2 ) : 4-21
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voir la publicationSpecialization of a Drosophila capping protein essential for the protection of sperm telomeres.
Current Biology . 20 ( 23 ) : 2090-9
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voir la publicationCan Intra-Y Gene Conversion Oppose the Degeneration of the Human Y Chromosome? A Simulation Study
Genome Biology and Evolution . 2 : 347-357
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voir la publicationStructure and evolution of Apetala3 a sex-linked gene in Silene latifolia
BMC Plant Biology . 10 : 1-10
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voir la publicationChromosomal Redistribution of Male-Biased Genes in Mammalian Evolution with Two Bursts of Gene Gain on the X Chromosome
PLoS Biology . 8 ( 10 ) : 1-13
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voir la publicationMeiosis: A PRDM9 Guide to the Hotspots of Recombination
Current Biology . 20 ( 6 ) : R271-R274
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voir la publicationSpecialization of a Drosophila Capping Protein Essential for the Protection of Sperm Telomeres
Current Biology . 20 : 1-10
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voir la publicationMetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks.
Nucleic Acids Research . 38 ( Web Server issue ) : W132-7
DOI: 10.1093/nar/gkq312
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voir la publicationGraph-based analysis of the metabolic exchanges between two co-resident intracellular symbionts, Baumannia cicadellinicola and Sulcia muelleri, with their insect host, Homalodisca coagulata.
PLoS Computational Biology . 6 ( 9 ) : epub ahead of print
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voir la publicationThe relationship among gene expression, the evolution of gene dosage, and the rate of protein evolution
PLoS Genetics . 6 ( 5 ) : e1000944
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voir la publicationEvolution of the ribosome: testing eukaryotic origins
Archaea and the tree of life .
Acte de congrès
voir la publicationGenetic Admixture History of Eastern Indonesia as Revealed by Y-Chromosome and Mitochondrial DNA Analysis
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 8 ) : 1865-1877
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voir la publicationGenetic diversity and the emergence of ethnic groups in Central Asia
BMC Genetics . 10 ( 1 ) : 49
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voir la publicationMutation Patterns in the Human Genome:More Variable Than Expected
PLoS Biology . 7(2) e1000028 : 803-806
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