GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 721 à 750 sur 1402 au total
Complete-fosmid and fosmid-end sequences reveal frequent horizontal gene transfers in marine uncultured planktonic archaea.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal . 5 ( 8 ) : 1291-302
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voir la publicationA New Highly Conserved Antibiotic Sensing/Resistance Pathway in Firmicutes Involves an ABC Transporter Interplaying with a Signal Transduction System
PLoS ONE . 6 : e15951
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voir la publicationEmergence and Modular Evolution of a Novel Motility Machinery in Bacteria
PLoS Genetics . 7 ( 9 ) : 1409-1418
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voir la publicationCharacterization of Halorubrum sfaxense sp. nov. a New Halophilic Archaeon Isolated from the Solar Saltern of Sfax in Tunisia
Int J Microbiol . -- : 347-58
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voir la publicationUnsuspected Diversity of Arsenite-Oxidizing Bacteria Revealed by a Widespread Distribution of the aoxB Gene in Prokaryotes
Applied and Environmental Microbiology . 77 : 4685-92
DOI: 10.1128/AEM.02884-10
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voir la publicationArchaea and the tree of life
Research in Microbiology . 162 ( 1 ) : 1-4
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voir la publicationOn the last common ancestor and early evolution of eukaryotes: reconstructing the history of mitochondrial ribosomes.
Research in Microbiology . 162 ( 1 ) : 53-70
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voir la publicationA eukaryotic-like sulfiredoxin involved in oxidative stress responses and in the reduction of the sulfinic form of 2 Cys-peroxiredoxin in the cyanobacterium Anabaena PCC 7120
New Phytologist . 191 : 1108-1118
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voir la publicationSpecificity shifts in the rRNA and tRNA nucleotide targets of archaeal and bacterial m5U methyltransferases.
RNA . 17 ( 1 ) : 45-53
DOI: 10.1261/rna.2323411
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voir la publicationCharacteristics of a phylogenetically ambiguous, arsenic-oxidizing Thiomonas sp., Thiomonas arsenitoxydans strain 3As(T) sp. nov.
Archives of Microbiology . 193 : 439-449
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voir la publicationPhylogenetic and genetic variation among Fe(II)-oxidizing acidithiobacilli supports the view that these comprise multiple species with different ferrous iron oxidation pathways
Microbiology . 155 : 111-122
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voir la publicationAn oxygen reduction chain in the hyperthermophilic anaerobe Thermotoga maritima highlights horizontal gene transfer between Thermococcales and Thermotogales
Environmental Microbiology . 13 : 2132-45
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voir la publicationComparative analysis of transposable elements in the melanogaster subgroup sequenced genomes.
Gene . 473 ( 2 ) : 100-9
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voir la publicationCharacterization of heterotrophic prokaryote subgroups in the Sfax coastal solar salterns by combining flow cytometry cell sorting and phylogenetic analysis
Extremophiles . 15 : 347-358
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voir la publicationSpecificity shifts in the rRNA and tRNA nucleotide targets of archaeal and bacterial m5U methyltransferases.
RNA . 17 ( 1 ) : 45-53
DOI: 10.1261/rna.2323411
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voir la publicationUsing the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”
Rencontres bioinformaticiens et statisticiens de l’INRA . : 1 p.
Poster
voir la publicationComparative high-throughput transcriptome sequencing and development of SiESTa, the \textitSilene EST annotation database
BMC Genomics . 12 : 1-11
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voir la publicationAbsence of a core metabolic network common to symbiotic bacteria
6. Meeting GDRE-RA Comparative genomics . : 33 diapositives
Acte de congrès
voir la publicationCycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.
Database - The journal of Biological Databases and Curation . 2011 : bar008
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voir la publicationBacterial syntenies: an exact approach with gene quorum.
BMC Bioinformatics . 12 : 193
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voir la publicationBioNetCAD: design, simulation and experimental validation of synthetic biochemical networks
Bioinformatics . 26 ( 18 ) : 2298-2304
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voir la publicationComputing biological functions using BioΨ, a formal description of biological processes based on elementary bricks of actions
Bioinformatics . 26 ( 12 ) : 1542-1547
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voir la publicationAn efficient method to find potentially universal population genetic markers applied to metazoans
BMC Evolutionary Biology . 10 ( 276 ) : 1-17
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voir la publicationGenetic perspectives on forager-farmer interaction in the Luangwa Valley of Zambia
American Journal of Physical Anthropology . 141 ( 3 ) : 382-394
DOI: 10.1002/ajpa.21155
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voir la publicationConservation of Neutral Substitution Rate and Substitutional Asymmetries in Mammalian Genes
Genome Biology and Evolution . 2 : 19-28
DOI: 10.1093/gbe/evp056
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voir la publicationMolecular evolution of genes in avian genomes
Genome Biology . 11 ( 6 ) : 17 p.
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voir la publicationTowards a multi-scale and formalized representation of protein sequence-structure-function relationships : the nsLTP family as a case of study
JOBIM2010 .
Acte de congrès
voir la publicationTowards a multi-scale and formalized representation of protein sequence-structure-function relationships : the nsLTP family as a case of study
18. Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) .
Acte de congrès
voir la publicationTowards a multi-scale and formalized representation of protein sequence-structure-function relationships : the nsLTP family as a case of study
Séminaire Génomique Végétale .
Acte de congrès
voir la publication