GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 661 à 690 sur 1415 au total
A comparative analysis of the amounts and dynamics of transposable elements in natural populations of Drosophila melanogaster and Drosophila simulans.
Journal of Environmental Radioactivity . 113 : 83-86
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voir la publicationThe CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc
5. Réunion Réseau BAPOA .
Poster
voir la publicationNavigating the unexplored seascape of pre-miRNA candidates in single-genome approaches.
Bioinformatics . 28 ( 23 ) : 3034-3041
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voir la publicationAnalysis of RNA Transcripts by High-Throughput RNA Sequencing
Alternative pre-mRNA Splicing: Theory and Protocols . 9783527636778
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationMolecular organization, biochemical function, cellular role and evolution of NfuA, an atypical Fe-S carrier.
Molecular Microbiology . 86 ( 1 ) : 155-71
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voir la publicationSpotlight on the Thaumarchaeota
The International Society of Microbiologial Ecology Journal . 6 : 227-230
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voir la publicationThe Paramecium Germline Genome Provides a Niche for Intragenic Parasitic DNA: Evolutionary Dynamics of Internal Eliminated Sequences.
PLoS Genetics . 8 ( 10 ) : e1002984
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voir la publicationMod/Resc Parsimony Inference: Theory and application
Information and Computation . 213 : 23-32
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voir la publicationAlgorithms and complexity of enumerating minimal precursor sets in genome-wide metabolic networks.
Bioinformatics . 28 ( 19 ) : 2474-2483
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voir la publicationThe CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc
13. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques . 978-2-7261-1301-1 : Pagination multiple
Acte de congrès
voir la publicationTelling stories: Enumerating maximal directed acyclic graphs with a constrained set of sources and targets
Theoretical Computer Science . 457 : 1--9
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voir la publicationExploration of the core metabolism of symbiotic bacteria
BMC Genomics . 13 ( 1 ) : 438
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voir la publicationReNaBi-IFB : The French Bioinformatics Infrastructure
EMBNet.journal . 18 : 12-13
DOI: 10.14806/ej.18.1.502
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voir la publicationWhat genomes have to say about the evolution of the Earth
Gondwana Research . 21 : 483-494
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voir la publicationChiTaRS: a database of human, mouse and fruit fly chimeric transcripts and RNA-sequencing data.
Nucleic Acids Research . 41 ( D1 ) : D142-D151
DOI: 10.1093/nar/gks1041
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voir la publicationChimeras taking shape: potential functions of proteins encoded by chimeric RNA transcripts.
Genome Research . 22 ( 7 ) : 1231-1242
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voir la publicationEvidence for transcript networks composed of chimeric RNAs in human cells
PLoS ONE . 7 ( 1 ) : Non paginé
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voir la publicationEvidence for Transcript Networks Composed of Chimeric RNAs in Human Cells
PLoS ONE . 7 : 1-22
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voir la publicationHorizontal gene transfer of a chloroplast DnaJ-Fer protein to Thaumarchaeota and the evolutionary history of the DnaK chaperone system in Archea
BMC Evolutionary Biology . 12 : 226
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voir la publicationDisentangling the effects of breakdown of self-incompatibility and transition to selfing in North-American Arabidopsis lyrata
Molecular Ecology . 21 : 1130-1142
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voir la publicationPrimate evolutionary history contribution to the deciphering of SIV/HIV origin and diversification
Evolution Ottawa - 1th Joint Congress on Evolutionary Biology .
Acte de congrès
voir la publicationDe novo metagenomic assembly reveals abundant novel major lineage of Archaea in hypersaline microbial communities.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal . 6 ( 1 ) : 81-93
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voir la publicationInteraction between Selection and Biased Gene Conversion in Mammalian Protein-Coding Sequence Evolution Revealed by a Phylogenetic Covariance Analysis
Molecular Biology and Evolution . 30 : 356 - 368
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voir la publicationRapid De Novo Evolution of X Chromosome Dosage Compensation in Silene latifolia a Plant with Young Sex Chromosomes
PLoS Biology . 10 ( 4 ) : e1001308
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voir la publicationRepeated evolution of testis-specific new genes: the case of telomere-capping genes in Drosophila.
Int J Evol Biol . 2012 : 708980
DOI: 10.1155/2012/708980
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voir la publicationMammalian X chromosome inactivation evolved as a dosage-compensation mechanism for dosage-sensitive genes on the X chromosome
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 14 ) : 5346-5351
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voir la publicationStructural and dynamical analysis of biological networks.
Briefings in Functional Genomics and Proteomics . 14 : 309
DOI: 10.1093/bfgp/els030
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voir la publicationBRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
Advances in Bioinformatics . 2012 : 1-5
DOI: 10.1155/2012/893048
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voir la publicationStructural, functional and evolutionary analysis of the unusually large stilbene synthase gene family in grapevine (Vitis vinifera)
Plant Physiology . 160 : 1407-1419
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