GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 661 à 690 sur 1402 au total
ChiTaRS: a database of human, mouse and fruit fly chimeric transcripts and RNA-sequencing data.
Nucleic Acids Research . 41 ( D1 ) : D142-D151
DOI: 10.1093/nar/gks1041
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voir la publicationChimeras taking shape: potential functions of proteins encoded by chimeric RNA transcripts.
Genome Research . 22 ( 7 ) : 1231-1242
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voir la publicationEvidence for transcript networks composed of chimeric RNAs in human cells
PLoS ONE . 7 ( 1 ) : Non paginé
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voir la publicationEvidence for Transcript Networks Composed of Chimeric RNAs in Human Cells
PLoS ONE . 7 : 1-22
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voir la publicationHorizontal gene transfer of a chloroplast DnaJ-Fer protein to Thaumarchaeota and the evolutionary history of the DnaK chaperone system in Archea
BMC Evolutionary Biology . 12 : 226
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voir la publicationDisentangling the effects of breakdown of self-incompatibility and transition to selfing in North-American Arabidopsis lyrata
Molecular Ecology . 21 : 1130-1142
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voir la publicationPrimate evolutionary history contribution to the deciphering of SIV/HIV origin and diversification
Evolution Ottawa - 1th Joint Congress on Evolutionary Biology .
Acte de congrès
voir la publicationDe novo metagenomic assembly reveals abundant novel major lineage of Archaea in hypersaline microbial communities.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal . 6 ( 1 ) : 81-93
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voir la publicationInteraction between Selection and Biased Gene Conversion in Mammalian Protein-Coding Sequence Evolution Revealed by a Phylogenetic Covariance Analysis
Molecular Biology and Evolution . 30 : 356 - 368
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voir la publicationRapid De Novo Evolution of X Chromosome Dosage Compensation in Silene latifolia a Plant with Young Sex Chromosomes
PLoS Biology . 10 ( 4 ) : e1001308
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voir la publicationRepeated evolution of testis-specific new genes: the case of telomere-capping genes in Drosophila.
Int J Evol Biol . 2012 : 708980
DOI: 10.1155/2012/708980
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voir la publicationMammalian X chromosome inactivation evolved as a dosage-compensation mechanism for dosage-sensitive genes on the X chromosome
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 14 ) : 5346-5351
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voir la publicationStructural and dynamical analysis of biological networks.
Briefings in Functional Genomics and Proteomics . 14 : 309
DOI: 10.1093/bfgp/els030
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voir la publicationBRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
Advances in Bioinformatics . 2012 : 1-5
DOI: 10.1155/2012/893048
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voir la publicationStructural, functional and evolutionary analysis of the unusually large stilbene synthase gene family in grapevine (Vitis vinifera)
Plant Physiology . 160 : 1407-1419
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voir la publicationLateral gene transfer as a support for the tree of life.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 13 ) : 4962-4967
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voir la publicationHigh-quality sequence clustering guided by network topology and multiple alignment likelihood.
Bioinformatics . 28 ( 8 ) : 1078-85
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voir la publicationHigh-throughput sequencing of complete human mtDNA genomes from the Caucasus and West Asia: high diversity and demographic inferences.
European Journal of Human Genetics .
DOI: 10.1038/ejhg.2011.62
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voir la publicationY-Chromosomal Variation in Sub-Saharan Africa: Insights Into the History of Niger-Congo Groups
Molecular Biology and Evolution . 28 ( 3 ) : 1255-1269
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voir la publicationLarger mitochondrial DNA than Y-chromosome differences between matrilocal and patrilocal groups from Sumatra
Nature Communications . 2 : 228
DOI: 10.1038/ncomms1235
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voir la publicationSubstitution rate variation at human CpG sites correlates with non-CpG divergence, methylation level and GC content
Genome Biology . 12 ( 6 ) : R58
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voir la publicationAnalysis of the variability of human normal urine by 2D-GE reveals a "public" and a "private" proteome
Journal of Proteomics . 75 ( 1 ) : 70 - 80
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voir la publicationACoM: A classification method for elementary flux modes based on motif finding
BioSystems . 103 ( 3 ) : 410-419
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voir la publicationLactase persistence in central Asia: phenotype, genotype, and evolution.
Human Biology . 83 ( 3 ) : 379-92
DOI: 10.3378/027.083.0304
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voir la publicationThe Case of the Fickle Fingers: How the PRDM9 Zinc Finger Protein Specifies Meiotic Recombination Hotspots in Humans
PLoS Biology . 9 ( 12 ) : e1001211
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voir la publication“ArthropodaCyc”: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods
5. Annual Arthropod Genomics Symposium “Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity” . : 33 p.
Poster
voir la publicationPreventing dangerous nonsense: selection for robustness to transcriptional error in human genes.
PLoS Genetics . 7 ( 10 ) : e1002276
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voir la publicationFtx is a non-coding RNA which affects Xist expression and chromatin structure within the X-inactivation center region
Human Molecular Genetics . 20 ( 4 ) : 705-718
DOI: 10.1093/hmg/ddq516
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voir la publicationMeiotic recombination favors the spreading of deleterious mutations in human populations
Human Mutation . 32 ( 2 ) : 198-206
DOI: 10.1002/humu.21407
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