GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 601 à 630 sur 1402 au total
Reconstructing the Phylogenetic History of Long-Term Effective Population Size and Life-History Traits Using Patterns of Amino Acid Replacement in Mitochondrial Genomes of Mammals and Birds
Genome Biology and Evolution . 5 ( 7 ) : 1273 - 1290
DOI: 10.1093/gbe/evt083
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voir la publicationTranscriptome Characterisation of the Ant Formica exsecta with New Insights into the Evolution of Desaturase Genes in Social Hymenoptera
PLoS ONE . 8 ( 7 ) : e68200
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voir la publicationGenome-scale coestimation of species and gene trees.
Genome Research . 23 ( 2 ) : 323-330
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voir la publication« ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes.
17. Colloque de Biologie de l’Insecte - CBI-2013 .
Poster
voir la publicationNickel import in bacteria, structural study of extracytoplasmic nickel-binding proteins
16. International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC) . 19 : 1
Acte de congrès
voir la publicationProcédé de fabrication de Gaz Naturel de Synthèse par couplage d'une méthanation avec une électrolyse de vapeur d'eau à haute température
XIVeme congrès SFGP . 104 : 2012214
Acte de congrès
voir la publicationXACT, a long non-coding transcript coating the active X chromosome in human pluripotent cells
Epigenetics and Chromatin: Interactions and processes . 6 ( Suppl 1 ) : O33
Acte de congrès
voir la publicationNew developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) .
Acte de congrès
voir la publicationEndosymbiosis in trypanosomatids: the genomic cooperation between bacterium and host in the synthesis of essential amino acids is heavily influenced by multiple horizontal gene transfers
BMC Evolutionary Biology . 13 ( 1 ) : 190
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voir la publicationBiosynthesis of vitamins and cofactors in bacterium-harbouring trypanosomatids depends on the symbiotic association as revealed by genomic analyses
PLoS ONE . 8 ( 11 ) : e79786
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voir la publicationBio++ : Efficient Extensible Libraries and Tools for Computational Molecular Evolution
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 8 ) : 1745 - 1750
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voir la publicationExperimental assessment of the accuracy of genomic selection in sugarcane
TAG Theoretical and Applied Genetics . 126 ( 10 ) : 2575-2586
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voir la publicationEgyptian mummies record increasing aridity in the Nile valley from 5500 to 1500yr before present
Earth and Planetary Science Letters . 375 : 92-100
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voir la publicationPhylogenies of Central Element Proteins Reveal the Dynamic Evolutionary History of the Mammalian Synaptonemal Complex: Ancient and Recent Components
GENETICS . 195 : 781--793
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voir la publicationLUCA, ancêtre de tous les êtres vivants
Les Dossiers de la Recherche . 2 : 29--31
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voir la publicationAn atlas of over 90,000 conserved noncoding sequences provides insight into crucifer regulatory regions
Nature Genetics . 45 ( 8 ) : 891 - 898
DOI: 10.1038/ng.2684
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voir la publicationClassification of bacterial replicons based on the Genetic Information Transmission Systems
11th RECOMB - Comparative Genomics 2013 .
Acte de congrès
voir la publicationPatterns of molecular evolution in dioecious and non-dioecious Silene
Journal of Evolutionary Biology . 26 : 335--46
DOI: 10.1111/jeb.12052
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voir la publicationLife in an arsenic-containing gold mine: genome and physiology of the autotrophic arsenite-oxidizing bacterium rhizobium sp. NT-26.
Genome Biology and Evolution . 5 ( 5 ) : 934-53
DOI: 10.1093/gbe/evt061
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic Patterns of GC-Biased Gene Conversion in Placental Mammals and the Evolutionary Dynamics of Recombination Landscapes
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 3 ) : 489-502
Article dans une revue
voir la publicationAn Experimentally Tested Scenario for the Structural Evolution of Eukaryotic Cys2His2 Zinc Fingers from Eubacterial Ros Homologs
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 7 ) : 1504 - 1513
Article dans une revue
voir la publicationA Branch-Heterogeneous Model of Protein Evolution for Efficient Inference of Ancestral Sequences
Systematic Biology . 62 ( 4 ) : 523-538
Article dans une revue
voir la publicationThe evolution of X chromosome inactivation in mammals: the demise of Ohno's hypothesis?
Cellular and Molecular Life Sciences . 71 : 1383--1394
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voir la publicationShort and long-term genome stability analysis of prokaryotic genomes
BMC Genomics . 14 ( 1 ) : 309
Article dans une revue
voir la publicationTPMS: a set of utilities for querying collections of gene trees.
BMC Bioinformatics . 14 : 109
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voir la publicationSimulating evolutionary scenarios to test whether they can induce reductive evolution
SMBE 2012 : Society for Molecular Biology and Evolution .
Poster
voir la publicationDifferent kinds of genetic markers permit inference of Paleolithic and Neolithic expansions in humans
Conférence Jacques Monod .
Poster
voir la publicationGeographical delimitation of a partial selective sweep in African \textitDrosophila melanogaster
Molecular ecology . 21 : 5702--14
DOI: 10.1111/mec.12004
Article dans une revue
voir la publicationThe genetic prehistory of southern Africa
Nature Communications . 3 : 1143
DOI: 10.1038/ncomms2140
Article dans une revue
voir la publicationBridging Near and Remote Oceania: mtDNA and NRY Variation in the Solomon Islands
Molecular Biology and Evolution . 29 ( 2 ) : 545-564
Article dans une revue
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