GECO Génomique Computationnelle et Evolutive

Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Equipe Baobab

L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.

BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.

BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.

Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.

Publications

Affichage des publications 631 à 660 sur 1402 au total

Bringing together linguistic and genetic evidence to test the Bantu expansion

C. de Filippo, K. Bostoen, M. Stoneking, Brigitte Pakendorf

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 279 ( 1741 ) : 3256-3263

DOI: 10.1098/rspb.2012.0318

Article dans une revue

voir la publication

The endogenous retrovirus ENS-1 provides active binding sites for transcription factors in embryonic stem cells that specify extra embryonic tissue

A. Mey, Hervé Acloque, Emmanuelle Lerat, S. Gounel, V. Tribollet, S. Blanc...

Retrovirology . 9 ( 1 ) : 21

DOI: 10.1186/1742-4690-9-21

Article dans une revue

voir la publication

Revisiting an Old Riddle: What Determines Genetic Diversity Levels within Species?

Ellen Miranda Leffler, Kevin Bullaughey, Daniel R Matute, Wynn Meyer, Laure Ségurel, Aarti A. Venkat...

PLoS Biology . 10 ( 9 ) : e1001388

DOI: 10.1371/journal.pbio.1001388

Article dans une revue

voir la publication

A Fine-Scale Chimpanzee Genetic Map from Population Sequencing

A. Auton, A. Fledel-Alon, S. Pfeifer, O. Venn, L. Segurel, T. Street...

Science . 336 ( 6078 ) : 193-198

DOI: 10.1126/science.1216872

Article dans une revue

voir la publication

The ABO blood group is a trans-species polymorphism in primates

Laure L. Segurel, Emma E. E. E. Thompson, Timothée T. Flutre, Jessica J. Lovstad, Aarti A. Venkat, Susan W. S. W. Margulis...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 45 ) : 18493 - 18498

DOI: 10.1073/pnas.1210603109

Article dans une revue

voir la publication

Evidence for Widespread GC-biased Gene Conversion in Eukaryotes

Eugénie Pessia, Alexandra Popa, Sylvain Mousset, Clément Rezvoy, Laurent Duret, G. Marais

Genome Biology and Evolution . 4 : 787-794

DOI: 10.1093/gbe/evs052

Article dans une revue

voir la publication

Efficient Bubble Enumeration in Directed Graphs

Etienne E. Birmelé, Pierluigi Crescenzi, Rui Ferreira, Roberto Grossi, Vincent Lacroix, Andrea Marino...

String Processing and Information Retrieval (SPIRE) . 7608 : 118-129

DOI: 10.1007/978-3-642-34109-0_13

Acte de congrès

voir la publication

Minimum ratio cover of matrix columns by extreme rays of its induced cone

Alexandre da Silva Freire, Vicente Acuña, Pierluigi Crescenzi, Carlos Eduardo Ferreira, Vincent Lacroix, Paulo Vieira Milreu...

Proceedings of the Second international Symposium on Combinatorial Optimization (ISCO) . 7422 : 165--177

DOI: 10.1007/978-3-642-32147-4_16

Acte de congrès

voir la publication

Sampling solution traces for the problem of sorting permutations by signed reversals

Christian Baudet, Zanoni Dias, Marie-France Sagot

Algorithms for Molecular Biology . 7 ( 1 ) : 18

DOI: 10.1186/1748-7188-7-18

Article dans une revue

voir la publication

KISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data

Gustavo Sacomoto, Janice Kielbassa, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Pavlos Antoniou, Marie-France Sagot...

BMC Bioinformatics . 13 ( Suppl 6 ) : S5

DOI: 10.1186/1471-2105-13-S6-S5

Article dans une revue

voir la publication

Toward community standards in the quest for orthologs

Christophe Dessimoz, Toni Gabaldon, David Roos, Erik L L Sonnhammer, Javier Herrero, Alfonso Valencia...

Bioinformatics . 28 ( 6 ) : 900-904

DOI: 10.1093/bioinformatics/bts050

Article dans une revue

voir la publication

Simplified detection of food-borne pathogens: An in situ high affinity capture and staining concept

T. Junillon, A. Vimont, D. Mosticone, B. Mallen, F. Baril, C. Rozand...

Journal of Microbiological Methods . 91 : 501--505

DOI: 10.1016/j.mimet.2012.09.015

Article dans une revue

voir la publication

Modelling and simulating generic RNA-Seq experiments with the flux simulator.

Thasso Griebel, Benedikt Zacher, Paolo Ribeca, Emanuele Raineri, Vincent Lacroix, Roderic Guigó...

Nucleic Acids Research . 40 ( 20 ) : 10073-10083

DOI: 10.1093/nar/gks666

Article dans une revue

voir la publication

Les défis de la systématique face au monde microbien

Céline Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo

incollection . 328 : 49-52

Article dans une revue

voir la publication

Comparative genomic analysis of the DUF71/COG2102 family predicts roles in diphthamide biosynthesis and B12 salvage

V. de Crécy-Lagard, F. Forouhar, Céline Brochier-Armanet, L. Tong, Jf. Hunt

Biology Direct . 7 : 1--13

DOI: 10.1186/1745-6150-7-32

Article dans une revue

voir la publication

A comparative analysis of the amounts and dynamics of transposable elements in natural populations of Drosophila melanogaster and Drosophila simulans.

Cristina Vieira, Marie Fablet, Emmanuelle Lerat, Matthieu Boulesteix, Rita Rebollo, Nelly Burlet...

Journal of Environmental Radioactivity . 113 : 83-86

DOI: 10.1016/j.jenvrad.2012.04.001

Article dans une revue

voir la publication

The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc

Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, Marie-France Sagot...

5. Réunion Réseau BAPOA .

Poster

voir la publication

Navigating the unexplored seascape of pre-miRNA candidates in single-genome approaches.

Nuno D Mendes, Steffen Heyne, Ana T Freitas, Marie-France Sagot, Rolf Backofen

Bioinformatics . 28 ( 23 ) : 3034-3041

DOI: 10.1093/bioinformatics/bts574

Article dans une revue

voir la publication

Analysis of RNA Transcripts by High-Throughput RNA Sequencing

Paolo Ribeca, Vincent Lacroix, Michael Sammeth, Roderic Guigó

Alternative pre-mRNA Splicing: Theory and Protocols . 9783527636778

DOI: 10.1002/9783527636778.ch50

Chapitre d'ouvrage

voir la publication

Molecular organization, biochemical function, cellular role and evolution of NfuA, an atypical Fe-S carrier.

Béatrice Py, Catherine Gerez, Sandra Angelini, Rémy Planel, Daniel Vinella, Laurent Loiseau...

Molecular Microbiology . 86 ( 1 ) : 155-71

DOI: 10.1111/j.1365-2958.2012.08181.x

Article dans une revue

voir la publication

Spotlight on the Thaumarchaeota

C. Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo, Patrick Forterre

The International Society of Microbiologial Ecology Journal . 6 : 227-230

DOI: 10.1038/ismej.2011.145

Article dans une revue

voir la publication

The Paramecium Germline Genome Provides a Niche for Intragenic Parasitic DNA: Evolutionary Dynamics of Internal Eliminated Sequences.

Olivier Arnaiz, Nathalie Mathy, Céline Baudry, Sophie Malinsky, Jean-Marc Aury, Cyril Denby Wilkes...

PLoS Genetics . 8 ( 10 ) : e1002984

DOI: 10.1371/journal.pgen.1002984

Article dans une revue

voir la publication

Mod/Resc Parsimony Inference: Theory and application

Igor Nor, Danny Hermelin, Sylvain Charlat, Jan Engelstadter, Max Reuter, Olivier Duron...

Information and Computation . 213 : 23-32

DOI: 10.1016/j.ic.2011.03.008

Article dans une revue

voir la publication

Algorithms and complexity of enumerating minimal precursor sets in genome-wide metabolic networks.

Vicente Acuña, Paulo Vieira Milreu, Ludovic Cottret, Alberto Marchetti-Spaccamela, Leen Stougie, Marie-France Sagot

Bioinformatics . 28 ( 19 ) : 2474-2483

DOI: 10.1093/bioinformatics/bts423

Article dans une revue

voir la publication

The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc

Patrice Baa-Puyoulet, Augusto F. Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, Marie-France Sagot...

13. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques . 978-2-7261-1301-1 : Pagination multiple

Acte de congrès

voir la publication

Telling stories: Enumerating maximal directed acyclic graphs with a constrained set of sources and targets

Vicente Acuña, Etienne Birmelé, Ludovic Cottret, Pierluigi Crescenzi, Fabien Jourdan, Vincent Lacroix...

Theoretical Computer Science . 457 : 1--9

DOI: 10.1016/j.tcs.2012.07.023

Article dans une revue

voir la publication

Exploration of the core metabolism of symbiotic bacteria

Cecilia Coimbra Klein, Ludovic Cottret, Janice Kielbassa, Hubert Charles, Christian Gautier, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos...

BMC Genomics . 13 ( 1 ) : 438

DOI: 10.1186/1471-2164-13-438

Article dans une revue

voir la publication