GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 691 à 720 sur 1415 au total
Lateral gene transfer as a support for the tree of life.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 13 ) : 4962-4967
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voir la publicationHigh-quality sequence clustering guided by network topology and multiple alignment likelihood.
Bioinformatics . 28 ( 8 ) : 1078-85
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voir la publicationHigh-throughput sequencing of complete human mtDNA genomes from the Caucasus and West Asia: high diversity and demographic inferences.
European Journal of Human Genetics .
DOI: 10.1038/ejhg.2011.62
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voir la publicationY-Chromosomal Variation in Sub-Saharan Africa: Insights Into the History of Niger-Congo Groups
Molecular Biology and Evolution . 28 ( 3 ) : 1255-1269
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voir la publicationLarger mitochondrial DNA than Y-chromosome differences between matrilocal and patrilocal groups from Sumatra
Nature Communications . 2 : 228
DOI: 10.1038/ncomms1235
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voir la publicationSubstitution rate variation at human CpG sites correlates with non-CpG divergence, methylation level and GC content
Genome Biology . 12 ( 6 ) : R58
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voir la publicationAnalysis of the variability of human normal urine by 2D-GE reveals a "public" and a "private" proteome
Journal of Proteomics . 75 ( 1 ) : 70 - 80
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voir la publicationACoM: A classification method for elementary flux modes based on motif finding
BioSystems . 103 ( 3 ) : 410-419
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voir la publicationLactase persistence in central Asia: phenotype, genotype, and evolution.
Human Biology . 83 ( 3 ) : 379-92
DOI: 10.3378/027.083.0304
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voir la publicationThe Case of the Fickle Fingers: How the PRDM9 Zinc Finger Protein Specifies Meiotic Recombination Hotspots in Humans
PLoS Biology . 9 ( 12 ) : e1001211
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voir la publication“ArthropodaCyc”: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods
5. Annual Arthropod Genomics Symposium “Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity” . : 33 p.
Poster
voir la publicationPreventing dangerous nonsense: selection for robustness to transcriptional error in human genes.
PLoS Genetics . 7 ( 10 ) : e1002276
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voir la publicationFtx is a non-coding RNA which affects Xist expression and chromatin structure within the X-inactivation center region
Human Molecular Genetics . 20 ( 4 ) : 705-718
DOI: 10.1093/hmg/ddq516
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voir la publicationMeiotic recombination favors the spreading of deleterious mutations in human populations
Human Mutation . 32 ( 2 ) : 198-206
DOI: 10.1002/humu.21407
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voir la publicationModélisation des systèmes biologiques, bioinformatique
Rapport de conjoncture 2010 du Comité national de la recherche scientifique . 978-2-271-07263-4 : chapitre 43, 845-858
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationRNA-seq without a reference genome: a comparison of the mapping and the assembly approaches
JOBIM .
Acte de congrès
voir la publicationkisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq
: 12
Rapport
voir la publicationMetabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis
Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics .
Acte de congrès
voir la publicationTelling Stories
ICALP 2011 satellite workshop: Graph Algorithms and Applications (GA) .
Acte de congrès
voir la publicationBioinformatics developments for NGS data analysis at PRABI
EMBNet.journal . 17 : 12
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voir la publicationSpecies identification of staphylococci by amplification and sequencing of the tuf gene compared to the gap gene and by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . 30 ( 3 ) : 343-54
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voir la publicationSpecies-driven interpretation guidelines in case of a single-sampling strategy for blood culture
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . 30 : 1537-1541
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voir la publicationPhylogeny and evolution of the Archaea: one hundred genomes later.
Current Opinion in Microbiology . : epub ahead of print
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voir la publicationGenome sequence of the stramenopile Blastocystis, a human anaerobic parasite.
Genome Biology . 12 ( 3 ) : R29
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voir la publicationCultivation of the first mesophilic representative ("mesotoga") within the order Thermotogales
Systematic and Applied Microbiology . 34 : 581-585
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voir la publicationThe GTPase Function of YvcJ and Its Subcellular Relocalization Are Dependent on Growth Conditions in Bacillus subtilis
Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology . 20 : 156-67
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voir la publicationSurvival of extremely and moderately halophilic isolates of Tunisian solar salterns after UV-B or oxidative stress
Canadian Journal of Microbiology . 57(11) : 923-33
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voir la publicationThe phylogenomic analysis of the anaphase promoting complex and its targets points to complex and modern-like control of the cell cycle in the last common ancestor of eukaryotes
BMC Evolutionary Biology . 11 : 923-33
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voir la publicationThe Assembly Mode of the Pseudopilus: a hallmark to distinguish a novel secretion system subtype
Journal of Biological Chemistry . 286 ( 27 ) : 24407-24416
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voir la publicationMultiple Nuclear Gene Phylogenetic Analysis of the Evolution of Dioecy and Sex Chromosomes in the Genus Silene
PLoS ONE . 6 : e21915
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