GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 691 à 720 sur 1402 au total
Modélisation des systèmes biologiques, bioinformatique
Rapport de conjoncture 2010 du Comité national de la recherche scientifique . 978-2-271-07263-4 : chapitre 43, 845-858
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationRNA-seq without a reference genome: a comparison of the mapping and the assembly approaches
JOBIM .
Acte de congrès
voir la publicationkisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq
: 12
Rapport
voir la publicationMetabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis
Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics .
Acte de congrès
voir la publicationTelling Stories
ICALP 2011 satellite workshop: Graph Algorithms and Applications (GA) .
Acte de congrès
voir la publicationBioinformatics developments for NGS data analysis at PRABI
EMBNet.journal . 17 : 12
Article dans une revue
voir la publicationSpecies identification of staphylococci by amplification and sequencing of the tuf gene compared to the gap gene and by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . 30 ( 3 ) : 343-54
Article dans une revue
voir la publicationSpecies-driven interpretation guidelines in case of a single-sampling strategy for blood culture
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . 30 : 1537-1541
Article dans une revue
voir la publicationPhylogeny and evolution of the Archaea: one hundred genomes later.
Current Opinion in Microbiology . : epub ahead of print
Article dans une revue
voir la publicationGenome sequence of the stramenopile Blastocystis, a human anaerobic parasite.
Genome Biology . 12 ( 3 ) : R29
Article dans une revue
voir la publicationCultivation of the first mesophilic representative ("mesotoga") within the order Thermotogales
Systematic and Applied Microbiology . 34 : 581-585
Article dans une revue
voir la publicationThe GTPase Function of YvcJ and Its Subcellular Relocalization Are Dependent on Growth Conditions in Bacillus subtilis
Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology . 20 : 156-67
Article dans une revue
voir la publicationSurvival of extremely and moderately halophilic isolates of Tunisian solar salterns after UV-B or oxidative stress
Canadian Journal of Microbiology . 57(11) : 923-33
Article dans une revue
voir la publicationThe phylogenomic analysis of the anaphase promoting complex and its targets points to complex and modern-like control of the cell cycle in the last common ancestor of eukaryotes
BMC Evolutionary Biology . 11 : 923-33
Article dans une revue
voir la publicationThe Assembly Mode of the Pseudopilus: a hallmark to distinguish a novel secretion system subtype
Journal of Biological Chemistry . 286 ( 27 ) : 24407-24416
Article dans une revue
voir la publicationMultiple Nuclear Gene Phylogenetic Analysis of the Evolution of Dioecy and Sex Chromosomes in the Genus Silene
PLoS ONE . 6 : e21915
Article dans une revue
voir la publicationTaxonomie et phylogénie des procaryotes. Chapitre 6
Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés . 2-35311-022-3 9782353110223 : 1004 p.
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationUltra-fast sequence clustering from similarity networks with SiLiX
BMC Bioinformatics . 12(116) : 1-9
Article dans une revue
voir la publicationFtx is a non-coding RNA which affects Xist expression and chromatin structure within the X-inactivation center region
Human Molecular Genetics . 20 : 705-718
DOI: 10.1093/hmg/ddq516
Article dans une revue
voir la publicationEffector diversification within compartments of the Leptosphaeria maculans genome affected by Repeat-Induced Point mutations
Nature Communications . 2 : 202
DOI: 10.1038/ncomms1189
Article dans une revue
voir la publicationWolbachia detection: an assessment of standard PCR protocols.
Molecular Ecology Resources . 11 ( 3 ) : 567-72
Article dans une revue
voir la publicationFinding Long and Multiple Repeats with Edit Distance
The Prague Stringology Conference 2011 .
Acte de congrès
voir la publicationArthropodaCyc: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods
5th Annual Arthropod Genomics Symposium "Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity" .
Acte de congrès
voir la publicationClose 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny
BMC Genomics . 12 ( 1 ) : 303
Article dans une revue
voir la publicationInitial metabolic reconstruction of Klebsiella pneumoniae Kp13, a multidrug resistant pathogen involved in nosocomial outbreaks in Brazil
X-meeting .
Acte de congrès
voir la publicationTpms: a Tree Pattern-matching Utility for Querying Gene Trees Collections
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) . : 111-112
Acte de congrès
voir la publicationApport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité des communautés microbiennes du sol : nécessité d’un ‘pipeline’ bio-informatique pour les biologistes
1ères Rencontres bioinformaticiens et statisticiens de l’INRA . : 1 p.
Acte de congrès
voir la publicationAdaptation to Environmental Temperature Is a Major Determinant of Molecular Evolutionary Rates in Archaea
Molecular Biology and Evolution . 28 : 2661-2674
Article dans une revue
voir la publicationPendant trois milliards d'années les micro-organismes sont les seuls habitants de la terre
incollection . 2-35311-022-3 9782353110223 : 94-U259
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationNGS without a reference genome, comparison and visualisation of non assembled data
Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD) .
Acte de congrès
voir la publication