GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 751 à 780 sur 1402 au total
Géographie des interfaces. Une nouvelle vision du territoire
978-2-7592-0857-9 : 168
Ouvrage
voir la publicationIn the heartland of Eurasia: the multilocus genetic landscape of Central Asian populations
European Journal of Human Genetics .
Article dans une revue
voir la publicationMode de vie et diversité génétique dans les populations humaines d'Asie Centrale
Thèse
voir la publicationFrequency of the AGT Pro11Leu polymorphism in humans: Does diet matter?
Annals of Human Genetics . 74 ( 1 ) : 57-64
Article dans une revue
voir la publicationLooking for signatures of sex-specific demography and local adaptation on the X chromosome.
Genome Biology . 11 ( 1 ) : 203
Article dans une revue
voir la publicationEvolution Moléculaire
Biologie évolutive . 978-2-8041-0161-9 : 114-173
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationParamecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model
Emerging Model Organisms . 2010(1) : 1-55
Article dans une revue
voir la publicationGene expression in a paleopolyploid: a transcriptome resource for the ciliate Paramecium tetraurelia.
BMC Genomics . 11 ( 1 ) : 547
Article dans une revue
voir la publicationMod/Resc Parsimony Inference
Combinatorial Pattern Matching . 6129 : 202--213
Acte de congrès
voir la publicationA tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources
10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics . : 1 p.
Poster
voir la publicationMetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks
JOBIM 2010 . : 1 p.
Poster
voir la publicationA note on the complexity of finding and enumerating elementary modes.
BioSystems . 99 ( 3 ) : 210-4
Article dans une revue
voir la publicationConcepts et méthodes en phylogénie moléculaire
Springer . 978-2-287-99047-2
Ouvrage
voir la publicationConcepts et méchodes en phylogénie moléculaire
incollection . -- : 63-65
Article dans une revue
voir la publicationDetecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests
BMC Bioinformatics . 11 ( 324 ) : 13
Article dans une revue
voir la publicationSpecies identification of staphylococci by amplification and sequencing of the gene compared to the gene and by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . : 343-354
Article dans une revue
voir la publicationBiosynthesis of wyosine derivatives in tRNA: an ancient and highly diverse pathway in Archaea.
Molecular Biology and Evolution . 27 ( 9 ) : 2062-77
Article dans une revue
voir la publicationThe Pseudomonas aeruginosa patatin-like protein PlpD is the archetype of a novel Type V secretion system
Environmental Microbiology . 12 ( 6 ) : 1498-512
Article dans une revue
voir la publicationEnumerating Chemical Organisations in Consistent Metabolic Networks: Complexity and Algorithms
Algorithms in Bioinformatics . 6293 : 226-237
Acte de congrès
voir la publicationUsing the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”
4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes” . : 45 p.
Poster
voir la publicationAN INTEGRATIVE TEST OF THE DEAD-END HYPOTHESIS OF SELFING EVOLUTION IN TRITICEAE (POACEAE)
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 64 ( 10 ) : no - no
Article dans une revue
voir la publicationStatistical Potentials for Improved Structurally Constrained Evolutionary Models
Molecular Biology and Evolution . 27 ( 7 ) : 1546 - 1560
Article dans une revue
voir la publicationGenes devoid of full-length transposable element insertions are involved in development and in the regulation of transcription in human and closely related species.
Journal of Molecular Evolution . 71 ( 3 ) : 180-91
Article dans une revue
voir la publicationDetecting positive selection within genomes: the problem of biased gene conversion
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 365 ( 1552 ) : 2571-2580
Article dans une revue
voir la publicationParamecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model
Emerging Model Organisms . 2010 : 1-55
Article dans une revue
voir la publicationIdentifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads
String Processing and Information Retrieval . 6393 : 147-158
Acte de congrès
voir la publicationCassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
Bioinformatics . 26 ( 15 ) : 1897-8
Article dans une revue
voir la publicationGenome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
PLoS Biology . 8 ( 2 ) : e1000313
Article dans une revue
voir la publicationRepetition-free longest common subsequence
Discrete Applied Mathematics . 158 ( 12 ) : 1315-1324
Article dans une revue
voir la publicationCombination of measures distinguishes pre-miRNAs from other stem-loops in the genome of the newly sequenced Anopheles darlingi
BMC Genomics . 11 ( 1 ) : 529
Article dans une revue
voir la publication