GECO Génomique Computationnelle et Evolutive

Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Equipe Baobab

Publications

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Efficient learning of Bayesian network classifiers:An extension to the TAN classifie

A. Carvalho, A. Oliveira, M.-F. Sagot

20th Australian Joint Conference on Artificial Intelligence . 4830 : 16-25

DOI: 10.1007/978-3-540-76928-6_4

Acte de congrès

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The solution space of sorting by reversals

Marília D.V. Braga, Marie-France Sagot, Celine Scornavacca, Eric Tannier

3rd International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2007) . 4463 : 293-304

DOI: 10.1007/978-3-540-72031-7_27

Acte de congrès

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Evolution under Reversals: Parsimony and Conservation of Common Intervals

Y. Diekmann, M.-F. Sagot, Eric Tannier

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 4 : 301-309

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Regulation of expression following nutritional stresses in the reduced genome of Buchnera aphidicola, "Is there any life left?

Yvan Rahbé, H. Charles, J. Vinuelas, N. Reymond, Federica Calevro, J.M. Fayard...

Seminarios del Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva (ICBiBE) - Univ. Valencia (ESP) . : 1-1

Acte de congrès

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Metabolic network visualization eliminating node redundance and preserving metabolic pathways

Romain Bourqui, L. Cottret, Vincent Lacroix, D. Auber, P. Mary, M.-F. Sagot...

BMC Biology . 1 - n°29 : 1-19

DOI: 10.1186/1752-0509-1-29

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Advances on sorting by reversals

Eric Tannier, A. Bergeron, M.-F. Sagot

Discrete Applied Mathematics . 155 : 881-888

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Identification of Mycobacterium using the EF-Tu encoding (tuf) gene and the tmRNA encoding (ssrA) gene

S. Mignard, J.-P. Flandrois

Journal of Medical Microbiology . 56 ( 8 ) : 1033-1041

DOI: 10.1099/jmm.0.47105-0

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In vitro detection of the enzymatic activity of folate-dependent tRNA(U54 C5)methyltransferase

J. Urbonavicius, Céline Brochier-Armanet, S. Skouloubris, H. Myllykallio, H. Grosjean

Methods in Enzymology . 25 : 103-19

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In vitro detection of the enzymatic activity of folate-dependent tRNA (Uracil-54,-C5)-methyltransferase: evolutionary implications.

Jaunius Urbonavicius, Céline Brochier-Armanet, Stéphane Skouloubris, Hannu Myllykallio, Henri Grosjean

Methods in Enzymology . 425 : 103-19

DOI: 10.1016/S0076-6879(07)25004-9

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Comparative RNomics and modomics in mollicutes: prediction of gene function and evolutionary implications

V. de Crécy-Lagard, C. Marck, Céline Brochier-Armanet, H. Grosjean

IUBMB Life . 59 : 634-58

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A General Comparison of Relaxed Molecular Clock Models

Thomas Lepage, David Bryant, Herve Philippe, Nicolas Lartillot

Molecular Biology and Evolution . 24 ( 12 ) : 2669-2680

DOI: 10.1093/molbev/msm193

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Exploring Fast Computational Strategies for Probabilistic Phylogenetic analysis

Nicolas Rodrigue, Herve Philippe, Nicolas Lartillot

Systematic Biology . 56 : 711-726

DOI: 10.1080/10635150701611258

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A New Method for Assessing the Effect of Replication on DNA Base Composition Asymmetry

A. Necşulea, J.R. Lobry

Molecular Biology and Evolution . 24 : 2169-2179

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Influence of the transposable element neighborhood on human gene expression in normal and tumor tissues

E. Lerat, M. Sémon

Gene . 396 : 303-311

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Horizontal Gene Transfer Regulation in Bacteria as a ‘‘Spandrel'' of DNA Repair Mechanisms

Saliou Fall, Anne Mercier, Franck Bertolla, Alexandra Calteau, Laurent Gueguen, Guy Perrière...

PLoS ONE . 2 ( 10 ) : e1055-e1066

DOI: 10.1371/journal.pone.0001055

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Adaptation or biased gene conversion? Extending the null hypothesis of molecular evolution

Nicolas Galtier, L. Duret

Trends in Genetics . 23 ( 6 ) : 273-277

DOI: 10.1016/j.tig.2007.03.011

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Unexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome.

Céline Keime, Marie Sémon, Dominique Mouchiroud, Laurent Duret, Olivier Gandrillon

BMC Bioinformatics . 8 : 154

DOI: 10.1186/1471-2105-8-154

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Repetition-free longest common subsequence

S.S. Adi, M.D.V. Braga, C.G. Fernandes, C.E. Ferreira, F.V. Martinez, M.-F. Sagot...

IV Latin-American Algorithms, Graphs and Optimization Symposium (LAGOS) . 30 : 243-248

DOI: 10.1016/j.endm.2008.01.042

Acte de congrès

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The maximum agreement forest problem: Approximation algorithms and computational experiments

E. Rodrigues, M.-F. Sagot, Y. Wakabayashi

Theoretical Computer Science . 374 : 91-110

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Enumerating precursor sets of target metabolites in a metabolic network

L. Cottret, P.V. Milreu, Vicente Acuna, A. Marchetti-Spaccamela, F. Viduani Martinez, M.F. Sagot...

8th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) . 5251 : 233-244

Acte de congrès

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Recherche de précurseurs dans un réseau métabolique

L. Cottret, Vicente Acuna, H. Charles, M.F. Sagot

Réseaux d'interaction : analyse, modélisation et simulation (RIAMS) . : 1-1

Acte de congrès

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All Maximal Pairs in Step-Leap Representation of Melodic Sequences

Emilios Cambouropoulos, Maxime Crochemore, Costas S. Iliopoulos, Manal Mohamed, Marie-France Sagot

Information Sciences . 177 ( 9 ) : 1954-1962

DOI: 10.1016/j.ins.2006.11.012

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SymBioCyc: Metabolic data on endosymbiotic, parasitic and free bacteria

L. Cottret, H. Charles, M.F. Sagot

Integrative Post-Genomics - IPG'07 . : 1-1

Acte de congrès

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Integrating transcription factor binding site information with gene expression datasets

I.B. Jeffery, S.F. Madden, P.A. Mcgettigan, G. Perrière, A.C. Culhane, D.G. Higgins

Bioinformatics . 23 : 298-305

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Identification de motifs dans les réseaux métaboliques

Vincent Lacroix

Thèse

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An archaeal orthologue of the universal protein Kae1 is an iron metalloprotein which exhibits atypical DNA-binding properties and apurinic-endonuclease activity in vitro.

Arnaud Hecker, Nicolas Leulliot, Danièle Gadelle, Marc Graille, Anthony Justome, Pierre Dorlet...

Nucleic Acids Research . 35 ( 18 ) : 6042-51

DOI: 10.1093/nar/gkm554

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Early archives of genetically-restricted proviral DNA in the female genital tract after heterosexual transmission of HIV-1

N. Chomont, H. Hocini, G. Gresenguet, Céline Brochier-Armanet, H. Bouhlal, L. Andreoletti...

AIDS. Official journal of the international AIDS Society . 21 : 153--162

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Phylogenomics of the archaeal flagellum: rare horizontal gene transfer in a unique motility structure

Elie Desmond, Céline Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo

BMC Evolutionary Biology . 7 : 53-70

DOI: 10.1186/1471-2148-7-106

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Identification and molecular characterization of new STLV-1 and STLV-3 strains in wild-caught nonhuman primates in Cameroon

Florian Liegeois, Bénédicte Lafay, William M. Switzer, Sabrina Locatelli, Eitel Mpoudi-Ngolé, Severin Loul...

Virology . 371 ( 2 ) : 405-417

DOI: 10.1016/j.virol.2007.09.037

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Evaluation of the models handling heterotachy in phylogenetic inference

Yan Zhou, Nicolas Rodrigue, Nicolas Lartillot, Herve Philippe

BMC Evolutionary Biology . 7 : 206-219

DOI: 10.1186/1471-2148-7-206

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