GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 991 à 1020 sur 1415 au total
Mycotoxin fumonisin B-1 selectively down-regulates the basal IL-8 expression in pig intestine: in vivo and in vitro studies
Food and Chemical Toxicology . 44 ( 10 ) : 1768-1773
Article dans une revue
voir la publicationImpacts d’événements démographiques et sélectifs sur la diversité des plantes cultivées: apports de l’analyse du polymorphisme alliée à la théorie de la coalescence
Actes du BRG . 6 : 243-257
Article dans une revue
voir la publicationGC Content Evolution of the Human and Mouse Genomes : Insights from the Study of Processed Pseudogenes in Regions of Different Recombination Rates.
Journal of Molecular Evolution . 62 : 745-752
Article dans une revue
voir la publicationInsights into social insects from the genome of the honeybee Apis mellifera
Nature . 443 : 931-949
Article dans une revue
voir la publicationUncovering structure in biological networks
incollection . -- : 471-483
Article dans une revue
voir la publicationMotif search in graphs: application to metabolic networks.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 3 - n°4 : 360-368
Article dans une revue
voir la publicationLongest Repeats with a Block of k Don't Cares
Theoretical Computer Science . 362 ( 1-3 ) : 248-254
Article dans une revue
voir la publicationOrigin and molecular evolution of receptor tyrosine kinases with immunoglobulin-like domains.
Molecular Biology and Evolution . 23 ( 6 ) : 1232-41
Article dans une revue
voir la publicationEfficient Likelihood Computations with Nonreversible Models of Evolution
Systematic Biology . 55 ( 5 ) : 756-768
Article dans une revue
voir la publicationPhylogeography of a subterranean amphipod reveals cryptic diversity and dynamic evolution in extreme environments
Molecular Ecology . 15 : 1797-1806
Article dans une revue
voir la publicationMycobacterium bovis Infection
Journal of Medical Microbiology . 56 : 1033-1041
Article dans une revue
voir la publicationMolecular diversity of rhizobia nodulating the invasive legume Cytisus scoparius in Australia.
Journal of Applied Microbiology . 100 ( 6 ) : 1228-38
Article dans une revue
voir la publicationBradyrhizobia isolated from root nodules of Parasponia (Ulmaceae) do not constitute a separate coherent lineage.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 56 ( Pt 5 ) : 1013-8
Article dans une revue
voir la publicationMultipolar Consensus for Phylogenetic Trees
Systematic Biology . 55 ( 5 ) : 837-843
Article dans une revue
voir la publicationA maximum likelihood framework for protein design
BMC Bioinformatics . 7 : 326-336
Article dans une revue
voir la publicationComputing Bayes Factors using Thermodynamilmc Integration
Systematic Biology . 55 ( 2 ) : 195-207
Article dans une revue
voir la publicationQuantitative prediction for two-dimensional bacterial genomic displays
American Physical Society Meeting .
Acte de congrès
voir la publicationNo Evidence for Tissue-Specific Adaptation of Synonymous Codon Usage in Humans
Molecular Biology and Evolution . 23 : 523-529
Article dans une revue
voir la publicationGlobal trends of whole-genome duplications revealed by the ciliate Paramecium tetraurelia.
Nature . 444 ( 7116 ) : 171-8
DOI: 10.1038/nature05230
Article dans une revue
voir la publicationThe GC Content of Primates and Rodents Genomes Is Not at Equilibrium : a Reply to Antezana
Journal of Molecular Evolution . -- : 803-806
Article dans une revue
voir la publicationThe Xist RNA Gene Evolved in Eutherians by Pseudogenization of a Protein-Coding Gene
Science . 312 : 1653-1655
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary origin and maintenance of coexpressed gene clusters in mammals.
Molecular Biology and Evolution . 23 : 1715-1723
Article dans une revue
voir la publicationRISOTTO: Fast extraction of motifs with mismatches
Latin American Symposium on Theoretical Informatics . 3887 : 757-768
DOI: 10.1007/11682462_69
Acte de congrès
voir la publicationThe Gapped-Factor Tree
Prague Stringology Conference 2006 . : 182--196
Acte de congrès
voir la publicationAn efficient algorithm for the identification of structured motifs in DNA promoter sequences
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 3 : 126-140
Article dans une revue
voir la publicationPhysiological oxygenation status is required for fully differentiated phenotype in kidney cortex proximal tubules.
AJP Renal Physiology . 291 ( 4 ) : F750-60
Article dans une revue
voir la publicationHoSeql : automated homologous sequence identification in gene family databases
Bioinformatics . 22 ( 14 ) : 1786-1787
Article dans une revue
voir la publicationRelationship between morphological taxonomy and molecular divergence within Crustacea : Proposal of a molecular threshold to help species delimitation
Molecular Phylogenetics and Evolution . 40 ( 2 ) : 435-447
Article dans une revue
voir la publicationUse of PCR-Restriction Enzyme Pattern Analysis and Sequencing Database for hsp65 Gene-Based Identification of Nocardia Species
Journal of Clinical Microbiology . 44 ( 2 ) : 536-546
Article dans une revue
voir la publication