GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 1021 à 1050 sur 1402 au total
Tree pattern matching in phylogenetic trees: automatic search for orthologs or paralogs in homologous gene sequence databases.
Bioinformatics . 21 ( 11 ) : 2596-603
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voir la publicationIntegr8 and Genome Reviews: integrated views of complete genomes and proteomes.
Nucleic Acids Research . 33 ( Database issue ) : D297-302
DOI: 10.1093/nar/gki039
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voir la publicationHomology-dependent methylation in primate repetitive DNA.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 102 ( 15 ) : 5471-6
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voir la publicationNatural history of the ERVWE1 endogenous retroviral locus
Retrovirology . 2 : 1-7
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voir la publicationRelationship between gene expression and GC-content in mammals: statistical significance and biological relevance
Human Molecular Genetics . 14 : 421-427
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voir la publicationHOPPSIGEN: a database of human and mouse processed pseudogenes.
Nucleic Acids Research . 33 ( Database issue ) : D59-66
DOI: 10.1093/nar/gki084
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voir la publicationLossless Filter for Finding Long Multiple Approximate Repetitions Using a New Data Structure, the Bi-factor Array
String Processing and Information Retrieval, 12th International Conference, SPIRE 2005 . 3772 : 179-190
DOI: 10.1007/11575832
Acte de congrès
voir la publicationA Comparative Study of Bases for Motif Inference
String Algorithmics . : 195-225
Acte de congrès
voir la publicationA Pattern Extraction Algorithm for Abstract Melodic Representations that Allow Partial Overlapping of Intervallic Categories
Proceedings of the 6th International Conference on Music Information Retrieval (ISMIR 2005) . : 167-174
Acte de congrès
voir la publicationPhylogenomics of Life-Or-Death Switches in Multicellular Animals: Bcl-2, BH3-Only, and BNip Families of Apoptotic Regulators
Molecular Biology and Evolution . 22 ( 12 ) : 2395-2416
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voir la publication[From prevalence to predictive values: considerations on the antimicrobial susceptibility testing dealing with change of susceptibility rates].
Annales de Biologie Clinique . 63 ( 5 ) : 493-502
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voir la publicationA multigene approach to phylogenetic analysis using the genus Mycobacterium as a model
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 55 : 293-302
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voir la publication[Luca: the last universal common ancestor]
Médecine/Sciences . 21 ( 10 ) : 860-5
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voir la publicationMultigene Analyses of Bilaterian Animals Corroborate the Monophyly of Ecdysozoa, Lophotrochozoa and Protostomia
Molecular Biology and Evolution . 22 ( 5 ) : 1246-1253
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voir la publicationPhylogenomics
Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics . 36 : 541-562
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voir la publicationEvolutionary origins of genomic repertoires in bacteria
PLoS Biology . 3 : 0807-0814
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voir la publicationRecognizing the pseudogenes in bacterial genomes
Nucleic Acids Research . 33 : 3125-3132
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voir la publicationA Multiple Graph Layers Model with Application to RNA Secondary Structures Comparison
String Processing and Information Retrieval 2005 (SPIRE 2005) . 3772 : 348--359
DOI: 10.1007/11575832_39
Acte de congrès
voir la publicationPolymorphix: a sequence polymorphism database
Nucleic Acids Research . 33 : 481-484
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voir la publicationLes trésors cachés du génome humain
Pour la science . -- : 16-21
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voir la publicationBioinformatics with a French accent
Genome Biology . 6 : 349.1-349.3
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voir la publicationNatural history of the ERVWE 1 endogenous retroviral locus.
Retrovirology . 2:57 : 1 - 7
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voir la publicationReaction motifs in metabolic networks
International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) . 3692 : 178-191
DOI: 10.1007/11557067_15
Acte de congrès
voir la publicationPerfect sorting by reversals
International Computing and Combinatorics Conference . 3595 : 42-51
DOI: 10.1007/11533719_7
Acte de congrès
voir la publicationA new distance for high level RNA secondary structure comparison
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 2 : 3--14
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voir la publicationBases of motifs for generating repeated patterns with wild cards
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 2 : 40-50
DOI: 10.1109/TCBB.2005.5
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voir la publicationOnline synonymous codon usage analyses with the ade4 and seqinR packages
Bioinformatics . 21 : 545-547
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voir la publicationMADE4: an R package for multivariate analysis of gene expression data
Bioinformatics . 21 : 2789-2790
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