GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 1051 à 1080 sur 1402 au total
Horizontal transfer of two operons coding for hydrogenases between bacteria and archaea.
Journal of Molecular Evolution . 60 ( 5 ) : 557-65
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voir la publicationOptimized between-group classification: a new jackknife-based gene selection procedure for genome-wide expression data
BMC Bioinformatics . 6 : 1-12
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voir la publicationType I Polyketide Synthases May Have Evolved Through Horizontal Gene Transfer
Journal of Molecular Evolution . ( 60 ) : 716-725
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voir la publicationIn silico whole-genome scanning of cancer-associated nonsynonymous SNPs and molecular characterization of a dynein light chain tumour variant
Oncogene . 24 : 6133-6142
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voir la publicationMolecular phylogeny of Myricaceae: a reexamination of host-symbiont specificity
Molecular Phylogenetics and Evolution . 34 ( 3 ) : 557-568
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voir la publicationPhylogeography and taxonomic status of Niphargus virei (subterranean amphipod).
Proceedings on Symposium on World Subterranean Biodiversity . : 73-74
Acte de congrès
voir la publicationClinical and environmental isolates of Legionella pneumophila serogroup 1 cannot be distinguished by sequence analysis of two surface protein genes and three housekeeping genes
Applied and Environmental Microbiology . 71 : 282-289
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voir la publicationDe la prévalence aux valeurs prédictives: L`antibiogramme face à l`évolution de la résistance aux antibiotiques
Annales de Biologie Clinique . 63 : 493-502
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voir la publicationSite Interdependence Attributed to Tertiary Structure in Amino Acid Sequence Evolution
Gene . 347 ( 2 ) : 207-217
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voir la publicationA bunch of fun-guys: the whole-genome view of yeast evolution
Trends in Genetics . 21 : 1-3
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voir la publicationExamining bacterial species under the specter of gene transfer and exchange
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 102 : 6595-6599
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voir la publicationQuantitative prediction for two-dimensional bacterial genomic displays
Joint 15th IUPAB and 5th EBSA International Biophysics Congress .
Acte de congrès
voir la publicationIntron size and exon evolution in Drosophila
Genetics . 170 : 481-485
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voir la publicationA gradual process of recombination restriction in the evolutionary history of the sex chromosomes in dioecious plants
PLoS Biology . 3 : 0047-0056
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voir la publicationA gradual process of recombination restriction in the evolutionary history of the sex chromosomes in dioecious plants.
PLoS Biology . 3 : 0001-0010
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voir la publicationSteps in the evolution of heteromorphic sex chromosomes
Heredity . 95 : 118-128
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voir la publicationA first approach to finding common motifs with gaps,
International Journal of Foundations of Computer Science . 16 ( 6 ) : 1145--1155
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voir la publicationMolecular polymorphism in Drosophila melanogaster and D. simulans: what have we learned from recent studies?
Genetica . 120 : 79-86
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voir la publicationThe role of natural selection in genetic differentiation of worldwide populations of Drosophila ananassae
Genetics . 168 : 1987-1998
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voir la publicationA test of neutrality and constant population size based on the mismatch distribution
Molecular Biology and Evolution . 21 : 724-731
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voir la publicationIdentitag, a relational database for SAGE tag identification and interspecies comparison of SAGE libraries.
BMC Bioinformatics . 5 : 143
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voir la publicationThe endogenous retroviral locus ERVWE1 is a bona fide gene involved in hominoid placental physiology
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 101 : 1731-1736
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voir la publicationEvidence that functional transcription units cover at least half of the human genome
Trends in Genetics . 20 : 229-232
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voir la publicationThe Decline of Isochores in Mammals: An Assessment of the GC Content Variation Along the Mammalian Phylogeny
Journal of Molecular Evolution . 58 : 653-660
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voir la publicationIdentitag a relational database for SAGE tag identification and interspecies comparison of SAGE libraries
BMC Bioinformatics . 5 : 1-12
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voir la publicationROSO : Research on Optimized Oligonucleotide Probes for Microarrays
Bioinformatics . 20 : 271-273
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voir la publicationGrid as a bioinformatic tool
Parallel Computing . 30 : 1093-1107
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voir la publicationEfficient Extraction of Structured Motifs Using Box-links
International Symposium on String Processing and Information Retrieval : SPIRE . 3246 : 267-268
Acte de congrès
voir la publicationA first approach to finding common motifs with Gaps
Prague Stringology Conference 2004 . : 88-97
Acte de congrès
voir la publicationA parallel algorithm for the extraction of structured motifs
ACM Symposium on Applied Computing . -- : 147-153
Acte de congrès
voir la publication