GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 1051 à 1080 sur 1410 au total
Les trésors cachés du génome humain
Pour la science . -- : 16-21
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voir la publicationBioinformatics with a French accent
Genome Biology . 6 : 349.1-349.3
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voir la publicationNatural history of the ERVWE 1 endogenous retroviral locus.
Retrovirology . 2:57 : 1 - 7
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voir la publicationReaction motifs in metabolic networks
International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) . 3692 : 178-191
DOI: 10.1007/11557067_15
Acte de congrès
voir la publicationPerfect sorting by reversals
International Computing and Combinatorics Conference . 3595 : 42-51
DOI: 10.1007/11533719_7
Acte de congrès
voir la publicationA new distance for high level RNA secondary structure comparison
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 2 : 3--14
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voir la publicationBases of motifs for generating repeated patterns with wild cards
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 2 : 40-50
DOI: 10.1109/TCBB.2005.5
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voir la publicationOnline synonymous codon usage analyses with the ade4 and seqinR packages
Bioinformatics . 21 : 545-547
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voir la publicationMADE4: an R package for multivariate analysis of gene expression data
Bioinformatics . 21 : 2789-2790
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voir la publicationHorizontal transfer of two operons coding for hydrogenases between bacteria and archaea.
Journal of Molecular Evolution . 60 ( 5 ) : 557-65
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voir la publicationOptimized between-group classification: a new jackknife-based gene selection procedure for genome-wide expression data
BMC Bioinformatics . 6 : 1-12
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voir la publicationType I Polyketide Synthases May Have Evolved Through Horizontal Gene Transfer
Journal of Molecular Evolution . ( 60 ) : 716-725
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voir la publicationIn silico whole-genome scanning of cancer-associated nonsynonymous SNPs and molecular characterization of a dynein light chain tumour variant
Oncogene . 24 : 6133-6142
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voir la publicationMolecular phylogeny of Myricaceae: a reexamination of host-symbiont specificity
Molecular Phylogenetics and Evolution . 34 ( 3 ) : 557-568
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voir la publicationPhylogeography and taxonomic status of Niphargus virei (subterranean amphipod).
Proceedings on Symposium on World Subterranean Biodiversity . : 73-74
Acte de congrès
voir la publicationClinical and environmental isolates of Legionella pneumophila serogroup 1 cannot be distinguished by sequence analysis of two surface protein genes and three housekeeping genes
Applied and Environmental Microbiology . 71 : 282-289
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voir la publicationDe la prévalence aux valeurs prédictives: L`antibiogramme face à l`évolution de la résistance aux antibiotiques
Annales de Biologie Clinique . 63 : 493-502
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voir la publicationSite Interdependence Attributed to Tertiary Structure in Amino Acid Sequence Evolution
Gene . 347 ( 2 ) : 207-217
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voir la publicationA bunch of fun-guys: the whole-genome view of yeast evolution
Trends in Genetics . 21 : 1-3
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voir la publicationExamining bacterial species under the specter of gene transfer and exchange
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 102 : 6595-6599
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voir la publicationQuantitative prediction for two-dimensional bacterial genomic displays
Joint 15th IUPAB and 5th EBSA International Biophysics Congress .
Acte de congrès
voir la publicationIntron size and exon evolution in Drosophila
Genetics . 170 : 481-485
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voir la publicationA gradual process of recombination restriction in the evolutionary history of the sex chromosomes in dioecious plants
PLoS Biology . 3 : 0047-0056
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voir la publicationA gradual process of recombination restriction in the evolutionary history of the sex chromosomes in dioecious plants.
PLoS Biology . 3 : 0001-0010
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voir la publicationSteps in the evolution of heteromorphic sex chromosomes
Heredity . 95 : 118-128
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voir la publicationA first approach to finding common motifs with gaps,
International Journal of Foundations of Computer Science . 16 ( 6 ) : 1145--1155
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voir la publicationMolecular polymorphism in Drosophila melanogaster and D. simulans: what have we learned from recent studies?
Genetica . 120 : 79-86
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voir la publicationThe role of natural selection in genetic differentiation of worldwide populations of Drosophila ananassae
Genetics . 168 : 1987-1998
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voir la publicationA test of neutrality and constant population size based on the mismatch distribution
Molecular Biology and Evolution . 21 : 724-731
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voir la publicationIdentitag, a relational database for SAGE tag identification and interspecies comparison of SAGE libraries.
BMC Bioinformatics . 5 : 143
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