GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 1111 à 1140 sur 1402 au total
Invertebrate Data Predict an Early Emergence of Vertebrate Fibrillar Collagen Clades and an Anti-incest Model
Journal of Biological Chemistry . 279 ( 46 ) : 47711-47719
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voir la publicationRecombination and base composition: the case of the highly self-fertilizing plant Arabidopsis thaliana
Genome Biology . 5 : R45.1-R45.9
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voir la publicationCorrelated evolution of synonymous and nonsynonymous sites in Drosophila
Journal of Molecular Evolution . 59 : 771-779
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voir la publicationPhysical and transcript map of the autosomal dominant colobomatous microphthalmia locus on chromosome 15q12-q15 and refinement to a 4.4 Mb region.
European Journal of Human Genetics . ( 12 ) : 574-578
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voir la publicationContribution of Computational Tree Logic to Biological Regulatory Networks: Example from Pseudomonas Aeruginosa
Lecture Notes in Computer Sciences . 2602 : 47-56
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voir la publicationEvidence of a high rate of selective sweeps in African Drosophila melanogaster
Genetics . 163 : 599-609
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voir la publicationDemography and natural selection have shaped genetic variation in Drosophila melanogaster: a multi-locus approach
Genetics . 165 : 1269-1278
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voir la publicationPower of neutrality tests to detect bottlenecks and hitchhiking
Journal of Molecular Evolution . 57 : S190-S200
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voir la publicationMitochondrial DNA evidence for admixed origins of central Siberian populations
American Journal of Physical Anthropology . 120 ( 3 ) : 211-224
DOI: 10.1002/ajpa.10145
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voir la publicationNeutral effect of recombination on base composition in Drosophila
Genetical Research . 81 : 79-89
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voir la publicationPlacenta-Specific INSL4 Expression Is Mediated by a Human Endogenous Retrovirus Element
Biology of Reproduction . 68 : 1422-1429.
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voir la publicationPatterns of selection against transposons inferred from the distribution of Tc1 Tc3 and Tc5 insertions in the mut-7 line of the nematode Caenorhabditis elegans
Genetics . 165 : 1127-1135
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voir la publicationA basis of tiling motifs for generating repeated patterns and its complexity for higher quorum
International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science 2003 . 2747 : 622-632
Acte de congrès
voir la publicationG+C3 structuring along the genome: a common feature in prokaryotes
Molecular Biology and Evolution . 20 : 471-483
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voir la publicationThe source of laterally transferred genes in bacterial genomes
Genome Biology . 4 : R57.1-R57.12
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voir la publicationRTKdb: database of Receptor Tyrosine Kinase
Nucleic Acids Research . 31 : 353-358
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voir la publicationQuelques problèmes statistiques rencontrés dans l`estimation de la température minimale de croissance de Listeria monocytogenes
Revue de Statistique Appliquée . LI : 59-71
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voir la publicationMgtC as a horizontally-acquired virulence factor of intracellular bacterial pathogens: evidence from molecular phylogeny and comparative genomics.
Journal of Molecular Evolution . 57 ( 4 ) : 479-86
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voir la publicationFrom gene trees to organismal phylogeny in prokaryotes: the case of the gamma-Proteobacteria
PLoS Biology . 1 ( 1 ) : 101-109
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voir la publicationSequence divergence within transposable element families in the Drosophila melanogaster genome
Genome Research . 13 : 1889-1896
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voir la publicationIntegrated databanks access and sequence/structure analysis services at the PBIL.
Nucleic Acids Research . 31 ( 13 ) : 3393-3399
DOI: 10.1093/nar/gkg530
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voir la publicationPatterns of selection against transposons inferred from the distribution of Tc1, Tc3 and Tc5 insertions in the mut-7 line of the nematode Caenorhabditis elegans.
Genetics . 165 ( 3 ) : 1127-35
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voir la publicationROSO: a software to search optimized oligonucleotide probes for microarrays
14. Rencontres Régionales de la Recherche .
Poster
voir la publicationSubcellular localization of 14-3-3 proteins in Toxoplasma gondii tachyzoites and evidence for a lipid raft-associated form
FEMS Microbiology Letters . 224 ( 2 ) : 161-168
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voir la publicationSubcellular localization of 14-3-3 proteins in Toxoplasma gondii tachyzoites and evidence for a lipid raft-associated form
FEMS Microbiology Letters . 224 : 161-168.
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voir la publicationPatterns of selection against transposons inferred from the distribution of Tcl, Tc3 and Tc5 insertions in the mut-7 line of the nematode Caenorhabditis elegans.
Genetics . ( 165 ) : 1127-1135
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voir la publicationOrphan gene finding - An exon assembly approach
Theoretical Computer Science . 290 ( 1 ) : 1407-1431
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voir la publicationPattern inference under many guises
incollection . -- : 245-288
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voir la publicationUse of Correspondence Discriminant Analysis to predict the subcellular location of bacterial proteins
Computer Methods and Programs in Biomedicine . 70 : 99-105
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voir la publicationCross-platform comparison and visualisation of gene expression data using co-inertia analysis
BMC Bioinformatics . 4 : 1-15
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