GECO Génomique Computationnelle et Evolutive

Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Equipe Baobab

L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.

BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.

BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.

Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.

Publications

Affichage des publications 1141 à 1170 sur 1402 au total

BIBI a bioinformatics bacterial identification tool

G. Devulder, G. Perrière, F. Baty, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Clinical Microbiology . 41 : 1785-1787

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RTKdb: database of Receptor Tyrosine Kinase.

Julien Grassot, Guy Mouchiroud, Guy Perrière

Nucleic Acids Research . 31 ( 1 ) : 353-8

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A method to study the microscale 3-D spatial distribution of Bacteria in soil.

A. Dechesne, C. Pallud, D. Debouzie, Jean-Pierre Flandrois, J.P. Gaudet, G.L. Grundmann

Mycological Research . 107 : 1221-1230

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Phylogenetic analysis of proteins homologous to the Salmonella MgtC virulence factor

Anne-Béatrice Blanc-Potard, Bénédicte Lafay

ASM Conference on Salmonella: Pathogenesis, Epidemiology, and Vaccine Development .

Acte de congrès

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A novel method for characterizing the microscale 3D spatial distribution of bacteria in soil

A. Dechesne, C. Pallud, D. Debouzie, J. P. Flandrois, T. M. Vogel, J. P. Gaudet...

Soil Biology and Biochemistry . 35 ( 12 ) : 1537-1546

DOI: 10.1016/S0038-0717(03)00243-8

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Sex chromosomes: how X-Y recombination stops

Gabriel Marais, N. Galtier

Current Biology . 13 : R641-R643

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Genome evolution: recombination speeds up adaptive evolution

Gabriel Marais, B. Charlesworth

Current Biology . 13 : R68-R70

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Biased gene conversion: implications for genome and sex evolution

Gabriel Marais

Trends in Genetics . 19 : 330-338

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Y-chromosomal evidence for a strong reduction in male population size of Yakuts

Brigitte Pakendorf, Bharti Morar, Larissa A Tarskaia, Manfred Kayser, Himla Soodyall, Alexander Rodewald...

Human Genetics . 110 ( 2 ) : 198-200

DOI: 10.1007/s00439-001-0664-4

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Expected Relationship Between the Silent Substitution Rate and the GC Content: Implications for the Evolution of Isochores

G. Piganeau, Dominique Mouchiroud, L. Duret, Christian Gautier

Journal of Molecular Evolution . 54 : 129-133.

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Detecting genomic features under weak selective pressure: the example of codon usage in animals and plants

L. Duret

Bioinformatics . 18 : S91-S91

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Further thoughts on the syntenic distance between genomes

N. Pisanti, M.-F. Sagot

Algorithmica . 34 : 157-180

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Gene finding in eukaryotes

C. Mathé, Thomas Schiex, Pierre Rouzé, Philippe Blayo, Marie-France Sagot

Cloning and expression technologies . : 27-43

Chapitre d'ouvrage

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A phylogenomic approach to bacterial phylogeny: evidence of a core of genes sharing a common history

Vincent Daubin, Manolo Gouy, G. Perrière

Genome Research . 12 : 1080-1090

DOI: 10.1101/gr.187002

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Between-group analysis of microarray data

A.C. Culhane, G. Perrière, E.C. Considine, T.G. Cotter, D.G. Higgins

Bioinformatics . 18 : 1600-1608

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Use and misuse of correspondence analysis in codon usage studies

G. Perrière, J. Thioulouse

Nucleic Acids Research . 30 : 4548-4555

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Recombination rate and the distribution of transposable elements in the Drosophila melanogaster genome

C. Rizzon, Gabriel Marais, Manolo Gouy, C. Biémont

Genome Research . 12 : 400-407

DOI: 10.1101/gr.210802

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What is the relevance of obtaining multiple blood samples for culture? A comprehensive model to optimize the strategy for diagnosing bacteremia

B. Lamy, Pascal Roy, G. Carret, Jean-Pierre Flandrois, Marie Laure Delignette-Muller

Clinical Infectious Diseases . 35 ( 7 ) : 842-850

DOI: 10.1086/342383

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Modelling the competitive growth of Listeria monocytogenes and Listeria innocua in enrichment broths

Marie Cornu, Martin Kalmokoff, Jean-Pierre Flandrois

International Journal of Food Microbiology . 73 ( 2-3 ) : 261-274

DOI: 10.1016/S0168-1605(01)00658-4

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Archaeal phylogeny based on ribosomal proteins

O. Matte-Tailliez, Céline Brochier-Armanet, Patrick Forterre, H. Philippe

Mol Biol Evol . 19 : 631-639

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Eubacterial phylogeny based on translational apparatus proteins

Céline Brochier, Eric Bapteste, David Moreira, Hervé Philippe

Trends in Genetics . 18 ( 1 ) : 1-5

DOI: 10.1016/s0168-9525(01)02522-7

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Conflicting phylogeographic patterns in rRNA and nifD indicate regionally restricted gene transfer in Bradyrhizobium.

Matthew A. Parker, Benedicte Lafay, Jeremy J. Burdon, Peter van Berkum

Microbiology . 148 ( Pt 8 ) : 2557-65

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ROSO: A software to search optimized oligonucleotide probes for microarrays

Hubert Charles, Nancie Reymond, Guillaume Beslon, Laurent Duret, Jean-Michel Fayard

COST853: Agricultural Biomarkers for Array-Technology .

Acte de congrès

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ROSO : A Software to Search Optimized Oligonucleotide Probes for Microarrays

Nancie Reymond, Hubert Charles, Guillaume Beslon, Laurent Duret, Jean-Michel Fayard

10. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) .

Poster

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Comparative sequence analysis of the X-inactivation center region in mouse, human, and bovine.

C. Chureau, M. Prissette, A. Bourdet, Valérie Barbe, L. Cattolico, L. Jones...

Genome Research . 12 : 894-908

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Vanishing GC-Rich Isochores in Mammalian Genomes

L. Duret, M. Sémon, G. Piganeau, Dominique Mouchiroud, N. Galtier

Genetics . 162 : 1837-1848

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Comparative sequence analysis of the X-inactivation center region in mouse human and bovine

C. Chureau, M. Prissette, A. Bourdet, Valérie Barbe, Laurence Cattolico, L. Jones...

Genome Research . 12 : 894-908.

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Evolution of synonymous codon usage in metazoans

L. Duret

Current Opinion in Genetics and Development . 12 : 640-649

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A Basis for Repeated Motifs in Pattern Discovery and Text Mining

Nadia Pisanti, Maxime Crochemore, Roberto Grossi, Marie-France Sagot

Rapport

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Gene finding in eukaryotes

C. Mathé, Thomas Schiex, P. Rouzé, P. Blayo, M.-F. Sagot

incollection . -- : 27-43

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