GECO Génomique Computationnelle et Evolutive

Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Equipe Baobab

L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.

BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.

BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.

Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.

Publications

Affichage des publications 1201 à 1230 sur 1402 au total

A mathematical model describing the thermal virus inactivation

C. Noel, Sandrine Charles, A. Francon, Jean-Pierre Flandrois

Vaccine . 19 : 3575-3582

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Comparaison de séquences d`éléments transposables et de gènes d`hôtes chez cinq espèces : A. Thaliana C. Elegans D. Melanogaster H. Sapiens S. Cerevisiae

E. Lerat

incollection . -- : 347-354

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Small-subunit rRNA genotyping of rhizobia nodulating Australian Acacia spp.

Bénédicte Lafay, Jeremy J. Burdon

Applied and Environmental Microbiology . 67 ( 1 ) : 396-402

DOI: 10.1128/AEM.67.1.396-402.2001

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Fitness and competitive growth advantage of new gentamicin-susceptible MRSA clones spreading in French hospitals

Jean-Pierre Flandrois, F. Laurent

Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 47 ( 3 ) : 277-283

DOI: 10.1093/jac/47.3.277

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Gene flow in a facultative apomictic poacea the savanna grass Hyparrhenia diplandra

J. Durand, L. Garnier, I. Dajoz, Sylvain Mousset, M. Veuille

Genetics . 156 : 823-831

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Selective sweep near the In(2L)t inversion breakpoint in an African population of Drosophila melanogaster

F. Depaulis, L. Brazier, Sylvain Mousset, A. Turbe, M. Veuille

Genetical Research . 76 : 149-158

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Identification and molecular analysis of BANP

Anne-Marie Birot, Laurent Duret, Laurent Bartholin, Bénédicte Santalucia, Isabelle Tigaud, Jean-Pierre Magaud...

Gene . 253 ( 2 ) : 189-196

DOI: 10.1016/S0378-1119(00)00244-4

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EuGene an eurocaryotic gene finder that combines several sources of evidence

Thomas Schiex, A. Moisan, L. Duret, Pierre Rouzé

Journées ouvertes biologie informatique mathématiques .

Acte de congrès

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tRNA gene number and codon usage in the C. elegans genome are co-adapted for optimal translation of highly expressed genes

L. Duret

Trends in Genetics . 16 : 287-289

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HOBACGEN: database system for comparative genomics in bacteria

G. Perrière, L. Duret, Manolo Gouy

Genome Research . 10 : 379-385

DOI: 10.1101/gr.10.3.379

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The covariation between TpA deficiency CpG deficiency and G+C content of human isochores is due to a mathematical artifact

L. Duret, N. Galtier

Molecular Biology and Evolution . 17 : 1620-1625

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Nature and structure of human genes that generate retropseudogenes

I. Goncalves, L. Duret, Dominique Mouchiroud

Genome Research . 10 : 672-678

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Determinants of substitution rates in mammalian genes: expression pattern affects selection intensity but not mutation rate

L. Duret, Dominique Mouchiroud

Molecular Biology and Evolution . 17 : 68-74

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Use of a TT virus ORF1 recombinant protein to detect anti-TT virus antibodies in human sera

C. Ott, L. Duret, I. Chemin, C. Trepo, B. Mandrand, F. Komurian-Pradel

Journal of General Virology . 81 : 2949-2958

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Infering regulatory elements from a whole genome. An application to the analysis of genome of $\itemize{Helicobacter Pylori}$ $\sigma_{80}$ family of promoter signals

A. Vanet, Laurent Marsan, A. Labigne, Marie-France Sagot

Journal of Molecular Biology . 297 ( 1 ) : 335-353

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Inferring regulatory elements from a whole genome. An application to the analysis of the genome of Helicobacter pylori sigma 80 family of promoter signals

A. Vanet, L. Marsan, A. Labigne, M.-F. Sagot

Journal of Molecular Biology . 297 : 335-353

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Algorithms for extracting structured motifs using a suffix tree with application to promoter and regulatory site consensus identification

L. Marsan, M.-F. Sagot

Journal of Computational Biology . 7 : 345-360

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The Enhanced Microbial Genomes Library

G. Perrière, P. Bessieres, B. Labedan

Nucleic Acids Research . 27 : 63-65

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EMGLib: the enhanced microbial genomes library (update 2000)

G. Perrière, P. Bessieres, B. Labedan

Nucleic Acids Research . 28 ( 1 ) : 68-71

DOI: 10.1093/nar/28.1.68

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Phylogenetic analysis of the small subunit ribosomal RNA of Marteilia refringens validates the existence of phylum Paramyxea (Desportes and Perkins 1990)

F.C. Berthe, F. Le Roux, E. Peyretaillade, P. Peyret, D. Rodriguez, Manolo Gouy...

Journal of Eukaryotic Microbiology . 47 ( 3 ) : 288-293

DOI: 10.1111/j.1550-7408.2000.tb00049.x

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Codon usage and the origin of P elements

E. Lerat, C. Biémont, P. Capy

Molecular Biology and Evolution . 17 : 467-468

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Transposons but not retrotransposons are located preferentially in regions of high recombination rate in Caenorhabditis elegans

L. Duret, Gabriel Marais, C. Biémont

Genetics . 156 : 1661-1669

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Chromosomal distribution and coding capacity of the human endogenous retrovirus HERV-W family

C. Voisset, O. Bouton, F. Bedin, L. Duret, B. Mandrand, Frédéric Mallet...

AIDS Research and Human Retroviruses . 16 : 731-740

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Multiple alignments for structural functional or phylogenetic analyses of homologous sequences

L. Duret, S. Abdeddaim

incollection . -- : 51-76

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Sequence of the Small Subunit Ribosomal RNA Gene of Perkinsus atlanticus-like Isolated from Carpet Shell Clam in Galicia Spain

A. Figueras, G. Lorenzo, M.C. Ordas, Manolo Gouy, B. Novoa

Marine Biotechnology . 2 : 419-428

DOI: 10.1007/s101260000015

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Phylogénies moléculaires et génomes

Céline Brochier-Armanet, H. Philippe

incollection . 206 : 50-53

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The evolutionary history of ribosomal protein RpS14: horizontal gene transfer at the heart of the ribosome

Céline Brochier, Hervé Philippe, David Moreira

Trends in Genetics . 16 ( 12 ) : 529-533

DOI: 10.1016/s0168-9525(00)02142-9

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Absence of translationally selected synonymous codon usage bias in Helicobacter pylori.

Bénédicte Lafay, John C. Atherton, Paul M. Sharp

Microbiology . 146 ( Pt 4) : 851-60

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Molecular Systematics of sponges (Porifera)

Carole Borchiellini, Catherine Chombard, Bénédicte Lafay, Nicole Boury-Esnault

Hydrobiologia . 420 ( 1 ) : 15-27

DOI: 10.1023/A:1003996517083

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