GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 1201 à 1230 sur 1408 au total
The elevated GC content at exonic third sites is not evidence against neutralist models of isochore evolution
Molecular Biology and Evolution . 18 : 757-762
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voir la publicationSome approximation results for the maximum agreement forest problem
Approximation, Randomization and Combinatorial Optimization: Algorithms and Techniques (APPROX RANDOM 2001) . 2129 : 159-169
Acte de congrès
voir la publicationIntragenomic base content variation is a potential source of biases when searching for horizontally transferred genes
Molecular Biology and Evolution . 18 ( 9 ) : 1838-1840
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voir la publicationNrh, a human homologue of Nr-13 associates with Bcl-Xs and is an inhibitor of apoptosis
Oncogene . 20 : 5846-5855
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voir la publicationMolecular evidence for the existence of two species of Marteilia in Europe
Journal of Eukaryotic Microbiology . 48 ( 4 ) : 449-454
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voir la publicationGenome sequence and gene compaction of the eukaryote parasite Encephalitozoon cuniculi
Nature . 414 : 450-453
DOI: 10.1038/35106579
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voir la publicationA mathematical model describing the thermal virus inactivation
Vaccine . 19 : 3575-3582
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voir la publicationComparaison de séquences d`éléments transposables et de gènes d`hôtes chez cinq espèces : A. Thaliana C. Elegans D. Melanogaster H. Sapiens S. Cerevisiae
incollection . -- : 347-354
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voir la publicationSmall-subunit rRNA genotyping of rhizobia nodulating Australian Acacia spp.
Applied and Environmental Microbiology . 67 ( 1 ) : 396-402
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voir la publicationFitness and competitive growth advantage of new gentamicin-susceptible MRSA clones spreading in French hospitals
Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 47 ( 3 ) : 277-283
DOI: 10.1093/jac/47.3.277
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voir la publicationGene flow in a facultative apomictic poacea the savanna grass Hyparrhenia diplandra
Genetics . 156 : 823-831
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voir la publicationSelective sweep near the In(2L)t inversion breakpoint in an African population of Drosophila melanogaster
Genetical Research . 76 : 149-158
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voir la publicationIdentification and molecular analysis of BANP
Gene . 253 ( 2 ) : 189-196
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voir la publicationEuGene an eurocaryotic gene finder that combines several sources of evidence
Journées ouvertes biologie informatique mathématiques .
Acte de congrès
voir la publicationtRNA gene number and codon usage in the C. elegans genome are co-adapted for optimal translation of highly expressed genes
Trends in Genetics . 16 : 287-289
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voir la publicationHOBACGEN: database system for comparative genomics in bacteria
Genome Research . 10 : 379-385
DOI: 10.1101/gr.10.3.379
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voir la publicationThe covariation between TpA deficiency CpG deficiency and G+C content of human isochores is due to a mathematical artifact
Molecular Biology and Evolution . 17 : 1620-1625
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voir la publicationNature and structure of human genes that generate retropseudogenes
Genome Research . 10 : 672-678
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voir la publicationDeterminants of substitution rates in mammalian genes: expression pattern affects selection intensity but not mutation rate
Molecular Biology and Evolution . 17 : 68-74
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voir la publicationUse of a TT virus ORF1 recombinant protein to detect anti-TT virus antibodies in human sera
Journal of General Virology . 81 : 2949-2958
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voir la publicationInfering regulatory elements from a whole genome. An application to the analysis of genome of $\itemize{Helicobacter Pylori}$ $\sigma_{80}$ family of promoter signals
Journal of Molecular Biology . 297 ( 1 ) : 335-353
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voir la publicationInferring regulatory elements from a whole genome. An application to the analysis of the genome of Helicobacter pylori sigma 80 family of promoter signals
Journal of Molecular Biology . 297 : 335-353
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voir la publicationAlgorithms for extracting structured motifs using a suffix tree with application to promoter and regulatory site consensus identification
Journal of Computational Biology . 7 : 345-360
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voir la publicationThe Enhanced Microbial Genomes Library
Nucleic Acids Research . 27 : 63-65
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voir la publicationEMGLib: the enhanced microbial genomes library (update 2000)
Nucleic Acids Research . 28 ( 1 ) : 68-71
DOI: 10.1093/nar/28.1.68
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voir la publicationPhylogenetic analysis of the small subunit ribosomal RNA of Marteilia refringens validates the existence of phylum Paramyxea (Desportes and Perkins 1990)
Journal of Eukaryotic Microbiology . 47 ( 3 ) : 288-293
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voir la publicationCodon usage and the origin of P elements
Molecular Biology and Evolution . 17 : 467-468
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voir la publicationTransposons but not retrotransposons are located preferentially in regions of high recombination rate in Caenorhabditis elegans
Genetics . 156 : 1661-1669
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voir la publicationChromosomal distribution and coding capacity of the human endogenous retrovirus HERV-W family
AIDS Research and Human Retroviruses . 16 : 731-740
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voir la publicationMultiple alignments for structural functional or phylogenetic analyses of homologous sequences
incollection . -- : 51-76
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