GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 1231 à 1260 sur 1416 au total
Algorithms for extracting structured motifs using a suffix tree with application to promoter and regulatory site consensus identification
Journal of Computational Biology . 7 : 345-360
Article dans une revue
voir la publicationThe Enhanced Microbial Genomes Library
Nucleic Acids Research . 27 : 63-65
Article dans une revue
voir la publicationEMGLib: the enhanced microbial genomes library (update 2000)
Nucleic Acids Research . 28 ( 1 ) : 68-71
DOI: 10.1093/nar/28.1.68
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic analysis of the small subunit ribosomal RNA of Marteilia refringens validates the existence of phylum Paramyxea (Desportes and Perkins 1990)
Journal of Eukaryotic Microbiology . 47 ( 3 ) : 288-293
Article dans une revue
voir la publicationCodon usage and the origin of P elements
Molecular Biology and Evolution . 17 : 467-468
Article dans une revue
voir la publicationTransposons but not retrotransposons are located preferentially in regions of high recombination rate in Caenorhabditis elegans
Genetics . 156 : 1661-1669
Article dans une revue
voir la publicationChromosomal distribution and coding capacity of the human endogenous retrovirus HERV-W family
AIDS Research and Human Retroviruses . 16 : 731-740
Article dans une revue
voir la publicationMultiple alignments for structural functional or phylogenetic analyses of homologous sequences
incollection . -- : 51-76
Article dans une revue
voir la publicationSequence of the Small Subunit Ribosomal RNA Gene of Perkinsus atlanticus-like Isolated from Carpet Shell Clam in Galicia Spain
Marine Biotechnology . 2 : 419-428
Article dans une revue
voir la publicationPhylogénies moléculaires et génomes
incollection . 206 : 50-53
Article dans une revue
voir la publicationThe evolutionary history of ribosomal protein RpS14: horizontal gene transfer at the heart of the ribosome
Trends in Genetics . 16 ( 12 ) : 529-533
Article dans une revue
voir la publicationAbsence of translationally selected synonymous codon usage bias in Helicobacter pylori.
Microbiology . 146 ( Pt 4) : 851-60
Article dans une revue
voir la publicationMolecular Systematics of sponges (Porifera)
Hydrobiologia . 420 ( 1 ) : 15-27
Article dans une revue
voir la publicationA nonhyperthermophilic common ancestor to extant life forms
Science . 283 ( 5399 ) : 220-221
Article dans une revue
voir la publicationAccounting for evolutionary rate variation among sequence sites consistently changes universal phylogenies deduced from rRNA and protein-coding genes
Molecular Phylogenetics and Evolution . 13 : 159-168
Article dans une revue
voir la publicationCharacterization of Unexpected Growth of Escherichia coli O157:H7 by Modeling
Applied and Environmental Microbiology . 65 : 5322-5327
Article dans une revue
voir la publicationA model describing the relationship between regrowth lag time and mild temperature increase for Listeria monocytogenes
International Journal of Food Microbiology . 46 : 251-261
Article dans une revue
voir la publicationSynonymous codon usage variation among Giardia lamblia genes and isolates.
Molecular Biology and Evolution . 16 ( 11 ) : 1484-95
Article dans une revue
voir la publicationRetrotransposons and retroviruses: analysis of the envelope gene
Molecular Biology and Evolution . 16 : 1198-1207
Article dans une revue
voir la publicationRegulation of dauer larva development in Caenorhabditis elegans by daf-18, a homologue of the tumour suppressor PTEN
Current Biology . 9 ( 6 ) : 329-334
Article dans une revue
voir la publicationHuman and nematode orthologs--lessons from the analysis of 1800 human genes and the proteome of Caenorhabditis elegans
Gene . 238 : 163-170
Article dans une revue
voir la publicationMolecular characterization and placental expression of HERV-W a new human endogenous retrovirus family
Journal of Virology . 73 : 1175-1185
Article dans une revue
voir la publicationHOVERGEN: comparative analysis of homologous vertebrate genes
incollection . 978-0-7923-8573-8 : 21-35
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationExpression pattern and surprisingly gene length shape codon usage in Caenorhabditis Drosophila and Arabidopsis
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 96 : 4482-4487
Article dans une revue
voir la publicationPromoter sequences and algorithmical methods for identifying them
Research in Microbiology . 150 : 779-799
Article dans une revue
voir la publicationJaDis: computing distances between nucleic acid sequences
Bioinformatics . 15 : 424-425
Article dans une revue
voir la publicationIs the evolution of transposable elements modular?
Genetica . 107 : 15-25
Article dans une revue
voir la publicationProteome composition and codon usage in spirochaetes: species-specific and DNA strand-specific mutational biases.
Nucleic Acids Research . 27 ( 7 ) : 1642-9
Article dans une revue
voir la publicationNew insulin-like proteins with atypical disulfide bond pattern characterized in Caenorhabditis elegans by comparative sequence analysis and homology modeling
Genome Research . 8 : 348-353
Article dans une revue
voir la publicationHighly conserved RNA sequences that are sensors of environmental stress
Molecular and Cellular Biology . 18 : 7371-7382
Article dans une revue
voir la publication