Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés

Membres

Nos activités de recherche, centrées sur les interactions interspécifiques (écologie des communautés) visent à mieux comprendre les processus écologiques et évolutifs structurant les assemblages d’espèces et la biodiversité à différentes échelles temporelles et spatiales. Notre équipe aborde ces questions majeures à l’aide de modèles biologiques contrastés (communautés de grands mammifères africains, d’insectes, microbiote, plantes) sous 3 angles complémentaires :

  • Nos travaux sont fortement ancrés dans le cadre conceptuel de la biologie évolutive en étudiant (i) la diversité des réponses adaptatives mises en œuvre par les organismes face aux pressions sélectives de leur environnement, (ii) leurs conséquences sur la démographie des populations et à terme (iii) la dynamique et la composition des communautés d’espèces.
  • Notre recherche est étroitement liée à des questions sociétales de conservation et de gestion de la biodiversité en intégrant à la fois le fonctionnement des systèmes socio-écologiques et le contexte du changement climatique. Nous menons des études expérimentales, gérons et assurons le suivi à long terme de plusieurs réseaux d’observation de communautés.
  • La problématique méthodologique occupe également une place centrale dans notre équipe, avec le développement de nouveaux outils de traitement statistique et de modélisation de données écologiques. Cette activité conduit à l’élaboration de méthodes et logiciels que nous développons et distribuons librement.

Les programmes de recherche de l’équipe:

Le fonctionnement des communautés des savanes africaines

Le programme de recherches interdisciplinaires à long terme mené dans la Zone Atelier Hwange, au Zimbabwe, s’intéresse au fonctionnement des communautés animales et végétales au sein du parc national de Hwange et aux interactions entre cette aire protégée et les humains vivant à sa périphérie. Les recherches s’articulent autour de trois axes : (1) Dynamique de la population d’éléphants et effets de celle-ci et de sa gestion sur le fonctionnement du socio-écosystème ; (2) Interactions au sein et entre niveaux trophiques et réponses de ces interactions aux actions de gestion (e.g. chasse sportive, gestion de l’eau) et aux changements climatiques ; (3) Ecologie humaine et mécanismes de coexistence humains-faune sauvage pour une conservation intégrée et un fonctionnement durable du socio-écosystème. Ces recherches sont complétées par des travaux plus récents dans le parc de Hluhluwe, en Afrique du Sud, qui portent sur le rôles des conditions environnementales sur le succès de chasse des grands carnivores africains. Nous travaillons en collaboration étroite avec l’IRL (International Research Lab) Rehabs.
Contact : Marion Valeix

L’étude du masting et de la dynamique des communautés de consommateurs de fruits

Le masting est une stratégie de reproduction souvent rencontrée chez les plantes pérennes, caractérisée par des fructifications hautement fluctuantes dans le temps et synchronisées à l’échelle de la population. Les fructifications constituent une ressource pulsée impactant fortement la dynamique éco-évolutive des communautés de consommateurs de fruits et la régénération forestière. Notre méconnaissance de ce système constitue un point de blocage pour comprendre la dynamique des écosystèmes forestiers et son devenir dans le contexte du changement climatique. Nos travaux menés sur les chênes tempérés visent à mieux comprendre (i) les causes proximales du masting, (ii) les mécanismes qui sous-tendent la coexistence d’espèces en compétition pour une ressource hautement fluctuante et (iii) la coévolution des stratégies d’exploitation de la ressource fluctuante par les consommateurs et des stratégies de fructification des arbres forestiers. Sur la base des résultats obtenus, des scenarii seront proposés sur le devenir de la régénération forestière dans le contexte du changement climatique.

Contact : Samuel Venner

L’analyse statistique de données écologiques

L’étude de la structure et de la dynamique des assemblages d’espèces et la compréhension des processus qui en sont à l’origine nécessite la collecte de données dont la nature se complexifie avec les développements technologiques pour leur acquisition (e.g. GPS, loggers, imagerie satellite, données moléculaires). Les méthodes d'analyse de ces données  offrent de nouvelles perspectives sur les processus écologiques à l'œuvre dans les communautés. Les méthodes d’analyse multivariée permettent ainsi d’analyser les structures spatiales, en intégrant des informations sur les espèces (traits fonctionnels, morphologie, phylogénie), la variation spatio-temporelle des relations espèces-environnement ou sur la diversité de la perception de la relation hommes-aires protégées. Nous modélisons aussi des données multi-’omiques’ de type dose-réponse au sein des communautés afin de mieux comprendre les chemins des effets adverses (Adverse Outcome Pathway) et mieux en apprécier les risques pour l’environnement. Ces innovations méthodologiques sont mises à la disposition de la communauté scientifique à travers le développement, la distribution et la maintenance de logiciels (librairies pour le langage R : ade4, adegraphics, adephylo, ade4TkGUI, nlstools, fitdistrplus, DRomics, seqinr).

Contacts : Marie Laure Delignette-Muller, Stéphane Dray, Anne-Béatrice Dufour, Jean Lobry, Jean Thioulouse

 

 

Publications

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