GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Duret Laurent
Directeur de recherche
CNRS
Batiment Mendel 2eme étage. Bureau 12.025
Les génomes sont le produit de divers processus évolutifs : certains traits génomiques que nous observons aujourd'hui reflètent des contraintes fonctionnelles qui opèrent actuellement ou qui ont opéré dans le passé ; d'autres résultent de processus non-adaptatifs. Pour identifier les caractéristiques du génome qui sont importantes pour son fonctionnement, il faut rechercher celles dont le mode d'évolution s'écarte du modèle neutraliste : c'est le principe même de l'analyse comparative des génomes, qui est au cœur de mon activité de recherche. Mon travail suit une double logique : étudier l'évolution des génomes pour mieux comprendre leur fonctionnement - et inversement, prendre en compte les mécanismes moléculaires du fonctionnement des génomes afin de mieux interpréter l'évolution des séquences. Mon travail se base sur l'analyse bioinformatique et statistique des séquences, mais s'appuie également fortement sur des collaborations étroites avec des biologistes « de paillasse ».
Ces dernières années, mon objectif principal a été d'explorer les conséquences de la recombinaison homologue sur l'évolution du génome. En particulier, nous avons découvert que chez de nombreuses espèces, la recombinaison induit une hérédité non mendélienne, favorisant la fixation des allèles GC (gBGC – pour GC-Biased Gene Conversion). Ce processus non adaptatif a un impact majeur sur l'évolution des paysages génomiques ainsi que sur les processus d'expression des gènes. Nous essayons maintenant de comprendre comment et pourquoi le gBGC évolue, et comment et pourquoi les taux de recombinaison varient dans l'espace (le long des chromosomes) et dans le temps (entre les espèces).
Je cherche également à comprendre comment les contraintes imposées par le coût de l'expression des gènes façonnent l'évolution du génome. Nous avons montré que le niveau d'expression des gènes est un déterminant important des pressions sélectives agissant sur de nombreuses caractéristiques : sur les séquences protéiques, sur le dosage des gènes, sur la précision de l'épissage et sur l'efficacité de la traduction. Nous explorons maintenant comment la variation de l'efficacité de la sélection contribue à l'évolution de la complexité des processus d'expression des gènes à travers les espèces.
Je travaille également, en collaboration avec des chercheurs de Paris et de Gif, sur la génomique de la paramécie. Cet eucaryote unicellulaire présente de nombreuses caractéristiques très particulières qui en font un modèle fantastique pour aborder de nombreux sujets (duplications de génomes entiers, prolifération d'éléments génétiques égoïstes, épissage alternatif, hérédité transgénérationnelle de modifications épigénétiques, …).
Publications
Affichage des publications 31 à 60 sur 173 au total
No Evidence That Nitrogen Limitation Influences the Elemental Composition of Isopod Transcriptomes and Proteomes
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 10 ) : 2605–2620
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voir la publicationQuantification of GC-biased gene conversion in the human genome
Genome Research . 25 ( 8 ) : 1215 - 1228
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voir la publicationOptimization of multiplexed RADseq libraries using low-cost adaptors
Genetica . 143 ( 2 ) : 139-143
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voir la publicationGC-Content evolution in bacterial genomes: The biased gene conversion hypothesis expands
PLoS Genetics . 11 ( 2 ) : 1-20
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voir la publicationOccurrence of a non deleterious gene conversion event in the BRCA1 gene
Genes, Chromosomes & Cancer . 54 : 646-52
DOI: 10.1002/gcc.22278
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voir la publicationEstimation of the RNU2 macrosatellite mutation rate by BRCA1 mutation tracing
Nucleic Acids Research . 42 ( 14 ) : 9121-30
DOI: 10.1093/nar/gku639
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voir la publicationThe spatiotemporal program of DNA replication is associated with specific combinations of chromatin marks in human cells.
PLoS Genetics . 10 ( 5 ) : e1004282
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voir la publicationThe Red Queen Model of Recombination Hotspots Evolution in the Light of Archaic and Modern Human Genomes
PLoS Genetics . 10 : e1004790
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voir la publicationStrong heterogeneity in mutation rate causes misleading hallmarks of natural selection on indel mutations in the human genome
Molecular Biology and Evolution . 31 : 23-36
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voir la publicationComparative population genomics in animals uncovers the determinants of genetic diversity
Nature . 515 ( 7526 ) : 261-263
DOI: 10.1038/nature13685
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voir la publicationGC-Biased Gene Conversion in Yeast Is Specifically Associated with Crossovers: Molecular Mechanisms and Evolutionary Significance
Molecular Biology and Evolution . 30 : 1409--19
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voir la publicationXACT, a long noncoding transcript coating the active X chromosome in human pluripotent cells
Nature Genetics . 45 : 239--41
DOI: 10.1038/ng.2530
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voir la publicationThe origin, evolution, and functional impact of short insertion-deletion variants identified in 179 human genomes
Genome Research . 23 : 749--61
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voir la publicationIs RAD-seq suitable for phylogenetic inference? An in silico assessment and optimization
Ecology and Evolution . 3 ( 4 ) : 846-852
DOI: 10.1002/ece3.512
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voir la publicationGenome-scale coestimation of species and gene trees.
Genome Research . 23 ( 2 ) : 323-330
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voir la publicationXACT, a long non-coding transcript coating the active X chromosome in human pluripotent cells
Epigenetics and Chromatin: Interactions and processes . 6 ( Suppl 1 ) : O33
Acte de congrès
voir la publicationEvidence for Widespread GC-biased Gene Conversion in Eukaryotes
Genome Biology and Evolution . 4 : 787-794
DOI: 10.1093/gbe/evs052
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voir la publicationThe Paramecium Germline Genome Provides a Niche for Intragenic Parasitic DNA: Evolutionary Dynamics of Internal Eliminated Sequences.
PLoS Genetics . 8 ( 10 ) : e1002984
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voir la publicationHigh-quality sequence clustering guided by network topology and multiple alignment likelihood.
Bioinformatics . 28 ( 8 ) : 1078-85
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voir la publicationPreventing dangerous nonsense: selection for robustness to transcriptional error in human genes.
PLoS Genetics . 7 ( 10 ) : e1002276
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voir la publicationFtx is a non-coding RNA which affects Xist expression and chromatin structure within the X-inactivation center region
Human Molecular Genetics . 20 ( 4 ) : 705-718
DOI: 10.1093/hmg/ddq516
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voir la publicationMeiotic recombination favors the spreading of deleterious mutations in human populations
Human Mutation . 32 ( 2 ) : 198-206
DOI: 10.1002/humu.21407
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voir la publicationModélisation des systèmes biologiques, bioinformatique
Rapport de conjoncture 2010 du Comité national de la recherche scientifique . 978-2-271-07263-4 : chapitre 43, 845-858
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationUltra-fast sequence clustering from similarity networks with SiLiX
BMC Bioinformatics . 12(116) : 1-9
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voir la publicationFtx is a non-coding RNA which affects Xist expression and chromatin structure within the X-inactivation center region
Human Molecular Genetics . 20 : 705-718
DOI: 10.1093/hmg/ddq516
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voir la publicationEffector diversification within compartments of the Leptosphaeria maculans genome affected by Repeat-Induced Point mutations
Nature Communications . 2 : 202
DOI: 10.1038/ncomms1189
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voir la publicationParamecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model
Emerging Model Organisms . 2010(1) : 1-55
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voir la publicationGene expression in a paleopolyploid: a transcriptome resource for the ciliate Paramecium tetraurelia.
BMC Genomics . 11 ( 1 ) : 547
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voir la publicationEvolution Moléculaire
Biologie évolutive . 978-2-8041-0161-9 : 114-173
Chapitre d'ouvrage
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