GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Duret Laurent
Directeur de recherche
CNRS
Batiment Mendel 2eme étage. Bureau 12.025
Les génomes sont le produit de divers processus évolutifs : certains traits génomiques que nous observons aujourd'hui reflètent des contraintes fonctionnelles qui opèrent actuellement ou qui ont opéré dans le passé ; d'autres résultent de processus non-adaptatifs. Pour identifier les caractéristiques du génome qui sont importantes pour son fonctionnement, il faut rechercher celles dont le mode d'évolution s'écarte du modèle neutraliste : c'est le principe même de l'analyse comparative des génomes, qui est au cœur de mon activité de recherche. Mon travail suit une double logique : étudier l'évolution des génomes pour mieux comprendre leur fonctionnement - et inversement, prendre en compte les mécanismes moléculaires du fonctionnement des génomes afin de mieux interpréter l'évolution des séquences. Mon travail se base sur l'analyse bioinformatique et statistique des séquences, mais s'appuie également fortement sur des collaborations étroites avec des biologistes « de paillasse ».
Ces dernières années, mon objectif principal a été d'explorer les conséquences de la recombinaison homologue sur l'évolution du génome. En particulier, nous avons découvert que chez de nombreuses espèces, la recombinaison induit une hérédité non mendélienne, favorisant la fixation des allèles GC (gBGC – pour GC-Biased Gene Conversion). Ce processus non adaptatif a un impact majeur sur l'évolution des paysages génomiques ainsi que sur les processus d'expression des gènes. Nous essayons maintenant de comprendre comment et pourquoi le gBGC évolue, et comment et pourquoi les taux de recombinaison varient dans l'espace (le long des chromosomes) et dans le temps (entre les espèces).
Je cherche également à comprendre comment les contraintes imposées par le coût de l'expression des gènes façonnent l'évolution du génome. Nous avons montré que le niveau d'expression des gènes est un déterminant important des pressions sélectives agissant sur de nombreuses caractéristiques : sur les séquences protéiques, sur le dosage des gènes, sur la précision de l'épissage et sur l'efficacité de la traduction. Nous explorons maintenant comment la variation de l'efficacité de la sélection contribue à l'évolution de la complexité des processus d'expression des gènes à travers les espèces.
Je travaille également, en collaboration avec des chercheurs de Paris et de Gif, sur la génomique de la paramécie. Cet eucaryote unicellulaire présente de nombreuses caractéristiques très particulières qui en font un modèle fantastique pour aborder de nombreux sujets (duplications de génomes entiers, prolifération d'éléments génétiques égoïstes, épissage alternatif, hérédité transgénérationnelle de modifications épigénétiques, …).
Publications
Affichage des publications 31 à 60 sur 163 au total
The Red Queen Model of Recombination Hotspots Evolution in the Light of Archaic and Modern Human Genomes
PLoS Genetics . 10 : e1004790
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voir la publicationStrong heterogeneity in mutation rate causes misleading hallmarks of natural selection on indel mutations in the human genome
Molecular Biology and Evolution . 31 : 23-36
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voir la publicationComparative population genomics in animals uncovers the determinants of genetic diversity
Nature . 515 ( 7526 ) : 261-263
DOI: 10.1038/nature13685
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voir la publicationIs RAD-seq suitable for phylogenetic inference? An in silico assessment and optimization
Ecology and Evolution . 3 ( 4 ) : 846-852
DOI: 10.1002/ece3.512
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voir la publicationGenome-scale coestimation of species and gene trees.
Genome Research . 23 ( 2 ) : 323-330
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voir la publicationXACT, a long non-coding transcript coating the active X chromosome in human pluripotent cells
Epigenetics and Chromatin: Interactions and processes . 6 ( Suppl 1 ) : O33
Acte de congrès
voir la publicationEvidence for Widespread GC-biased Gene Conversion in Eukaryotes
Genome Biology and Evolution . 4 : 787-794
DOI: 10.1093/gbe/evs052
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voir la publicationThe Paramecium Germline Genome Provides a Niche for Intragenic Parasitic DNA: Evolutionary Dynamics of Internal Eliminated Sequences.
PLoS Genetics . 8 ( 10 ) : e1002984
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voir la publicationHigh-quality sequence clustering guided by network topology and multiple alignment likelihood.
Bioinformatics . 28 ( 8 ) : 1078-85
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voir la publicationFtx is a non-coding RNA which affects Xist expression and chromatin structure within the X-inactivation center region
Human Molecular Genetics . 20 ( 4 ) : 705-718
DOI: 10.1093/hmg/ddq516
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voir la publicationMeiotic recombination favors the spreading of deleterious mutations in human populations
Human Mutation . 32 ( 2 ) : 198-206
DOI: 10.1002/humu.21407
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voir la publicationModélisation des systèmes biologiques, bioinformatique
Rapport de conjoncture 2010 du Comité national de la recherche scientifique . 978-2-271-07263-4 : chapitre 43, 845-858
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationPreventing dangerous nonsense: selection for robustness to transcriptional error in human genes.
PLoS Genetics . 7 ( 10 ) : e1002276
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voir la publicationEffector diversification within compartments of the Leptosphaeria maculans genome affected by Repeat-Induced Point mutations
Nature Communications . 2 : 202
DOI: 10.1038/ncomms1189
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voir la publicationUltra-fast sequence clustering from similarity networks with SiLiX
BMC Bioinformatics . 12(116) : 1-9
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voir la publicationFtx is a non-coding RNA which affects Xist expression and chromatin structure within the X-inactivation center region
Human Molecular Genetics . 20 : 705-718
DOI: 10.1093/hmg/ddq516
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voir la publicationParamecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model
Emerging Model Organisms . 2010(1) : 1-55
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voir la publicationGene expression in a paleopolyploid: a transcriptome resource for the ciliate Paramecium tetraurelia.
BMC Genomics . 11 ( 1 ) : 547
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voir la publicationEvolution Moléculaire
Biologie évolutive . 978-2-8041-0161-9 : 114-173
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDetecting positive selection within genomes: the problem of biased gene conversion
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 365 ( 1552 ) : 2571-2580
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voir la publicationParamecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model
Emerging Model Organisms . 2010 : 1-55
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voir la publicationThe relationship among gene expression, the evolution of gene dosage, and the rate of protein evolution
PLoS Genetics . 6 ( 5 ) : e1000944
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voir la publicationMutation Patterns in the Human Genome:More Variable Than Expected
PLoS Biology . 7(2) e1000028 : 803-806
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voir la publicationMonoallelic expression and tissue specificity are associated with high crossover rates
Trends in Genetics . 25(12) : 519-522
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voir la publicationGC-biased gene conversion promotes the fixation of deleterious amino acid changes in primates
Trends in Genetics . 25(1) : 1-5
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voir la publicationThe relationship between DNA replication and human genome organization.
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 4 ) : 729-741
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voir la publicationComment on “Human-Specific Gain of Function in a Developmental Enhancer”
Science . 323(5915) : 714-715
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voir la publicationBiased Gene Conversion and the Evolution of Mammalian Genomic Landscapes
Annual Review of Genomics and Human Genetics . 10 : 285-311
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voir la publicationL’évolution des chromosomes sexuels humains
Biofutur . 304 : 40-41
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