GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Duret Laurent
Directeur de recherche
CNRS
Batiment Mendel 2eme étage. Bureau 12.025
Les génomes sont le produit de divers processus évolutifs : certains traits génomiques que nous observons aujourd'hui reflètent des contraintes fonctionnelles qui opèrent actuellement ou qui ont opéré dans le passé ; d'autres résultent de processus non-adaptatifs. Pour identifier les caractéristiques du génome qui sont importantes pour son fonctionnement, il faut rechercher celles dont le mode d'évolution s'écarte du modèle neutraliste : c'est le principe même de l'analyse comparative des génomes, qui est au cœur de mon activité de recherche. Mon travail suit une double logique : étudier l'évolution des génomes pour mieux comprendre leur fonctionnement - et inversement, prendre en compte les mécanismes moléculaires du fonctionnement des génomes afin de mieux interpréter l'évolution des séquences. Mon travail se base sur l'analyse bioinformatique et statistique des séquences, mais s'appuie également fortement sur des collaborations étroites avec des biologistes « de paillasse ».
Ces dernières années, mon objectif principal a été d'explorer les conséquences de la recombinaison homologue sur l'évolution du génome. En particulier, nous avons découvert que chez de nombreuses espèces, la recombinaison induit une hérédité non mendélienne, favorisant la fixation des allèles GC (gBGC – pour GC-Biased Gene Conversion). Ce processus non adaptatif a un impact majeur sur l'évolution des paysages génomiques ainsi que sur les processus d'expression des gènes. Nous essayons maintenant de comprendre comment et pourquoi le gBGC évolue, et comment et pourquoi les taux de recombinaison varient dans l'espace (le long des chromosomes) et dans le temps (entre les espèces).
Je cherche également à comprendre comment les contraintes imposées par le coût de l'expression des gènes façonnent l'évolution du génome. Nous avons montré que le niveau d'expression des gènes est un déterminant important des pressions sélectives agissant sur de nombreuses caractéristiques : sur les séquences protéiques, sur le dosage des gènes, sur la précision de l'épissage et sur l'efficacité de la traduction. Nous explorons maintenant comment la variation de l'efficacité de la sélection contribue à l'évolution de la complexité des processus d'expression des gènes à travers les espèces.
Je travaille également, en collaboration avec des chercheurs de Paris et de Gif, sur la génomique de la paramécie. Cet eucaryote unicellulaire présente de nombreuses caractéristiques très particulières qui en font un modèle fantastique pour aborder de nombreux sujets (duplications de génomes entiers, prolifération d'éléments génétiques égoïstes, épissage alternatif, hérédité transgénérationnelle de modifications épigénétiques, …).
Publications
Affichage des publications 121 à 150 sur 173 au total
Patterns of selection against transposons inferred from the distribution of Tc1 Tc3 and Tc5 insertions in the mut-7 line of the nematode Caenorhabditis elegans
Genetics . 165 : 1127-1135
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voir la publicationPatterns of selection against transposons inferred from the distribution of Tcl, Tc3 and Tc5 insertions in the mut-7 line of the nematode Caenorhabditis elegans.
Genetics . ( 165 ) : 1127-1135
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voir la publicationIntegrated databanks access and sequence/structure analysis services at the PBIL.
Nucleic Acids Research . 31 ( 13 ) : 3393-3399
DOI: 10.1093/nar/gkg530
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voir la publicationPatterns of selection against transposons inferred from the distribution of Tc1, Tc3 and Tc5 insertions in the mut-7 line of the nematode Caenorhabditis elegans.
Genetics . 165 ( 3 ) : 1127-35
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voir la publicationROSO: a software to search optimized oligonucleotide probes for microarrays
14. Rencontres Régionales de la Recherche .
Poster
voir la publicationSubcellular localization of 14-3-3 proteins in Toxoplasma gondii tachyzoites and evidence for a lipid raft-associated form
FEMS Microbiology Letters . 224 ( 2 ) : 161-168
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voir la publicationSubcellular localization of 14-3-3 proteins in Toxoplasma gondii tachyzoites and evidence for a lipid raft-associated form
FEMS Microbiology Letters . 224 : 161-168.
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voir la publicationExpected Relationship Between the Silent Substitution Rate and the GC Content: Implications for the Evolution of Isochores
Journal of Molecular Evolution . 54 : 129-133.
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voir la publicationDetecting genomic features under weak selective pressure: the example of codon usage in animals and plants
Bioinformatics . 18 : S91-S91
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voir la publicationROSO: A software to search optimized oligonucleotide probes for microarrays
COST853: Agricultural Biomarkers for Array-Technology .
Acte de congrès
voir la publicationROSO : A Software to Search Optimized Oligonucleotide Probes for Microarrays
10. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) .
Poster
voir la publicationComparative sequence analysis of the X-inactivation center region in mouse, human, and bovine.
Genome Research . 12 : 894-908
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voir la publicationVanishing GC-Rich Isochores in Mammalian Genomes
Genetics . 162 : 1837-1848
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voir la publicationComparative sequence analysis of the X-inactivation center region in mouse human and bovine
Genome Research . 12 : 894-908.
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voir la publicationEvolution of synonymous codon usage in metazoans
Current Opinion in Genetics and Development . 12 : 640-649
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voir la publicationOrganisation Fonctionnement et Evolution des Génomes de Métazoaires : Mais où est donc passée la sélection naturelle ?
incollection . -- : 287-289
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voir la publicationWhy do genes have introns? Recombination might add a new piece to the puzzle
Trends in Genetics . 17 : 172-175
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voir la publicationDeterminants of CpG islands: expression in early embryo and isochore structure
Genome Research . 11 : 1854-1860
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voir la publicationSynonymous codon usage accuracy of translation and gene length in Caenorhabditis elegans
Journal of Molecular Evolution . 52 : 275-280
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voir la publicationGC-content evolution in mammalian genomes: the biased gene conversion hypothesis
Genetics . 159 : 907-911
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voir la publicationPlant Physiol.A Medicago truncatula homoglutathione synthetase is derived from glutathione synthetase by gene duplication
Plant Physiology . 126 : 1706-1715
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voir la publicationThe elevated GC content at exonic third sites is not evidence against neutralist models of isochore evolution
Molecular Biology and Evolution . 18 : 757-762
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voir la publicationDoes recombination improve selection on codon usage? Lessons from nematode and fly complete genomes
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 98 : 5688-5692
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voir la publicationThe covariation between TpA deficiency CpG deficiency and G+C content of human isochores is due to a mathematical artifact
Molecular Biology and Evolution . 17 : 1620-1625
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voir la publicationNature and structure of human genes that generate retropseudogenes
Genome Research . 10 : 672-678
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voir la publicationDeterminants of substitution rates in mammalian genes: expression pattern affects selection intensity but not mutation rate
Molecular Biology and Evolution . 17 : 68-74
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voir la publicationUse of a TT virus ORF1 recombinant protein to detect anti-TT virus antibodies in human sera
Journal of General Virology . 81 : 2949-2958
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voir la publicationIdentification and molecular analysis of BANP
Gene . 253 ( 2 ) : 189-196
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voir la publicationEuGene an eurocaryotic gene finder that combines several sources of evidence
Journées ouvertes biologie informatique mathématiques .
Acte de congrès
voir la publicationtRNA gene number and codon usage in the C. elegans genome are co-adapted for optimal translation of highly expressed genes
Trends in Genetics . 16 : 287-289
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