GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Duret Laurent
Directeur de recherche
CNRS
Batiment Mendel 2eme étage. Bureau 12.025
Les génomes sont le produit de divers processus évolutifs : certains traits génomiques que nous observons aujourd'hui reflètent des contraintes fonctionnelles qui opèrent actuellement ou qui ont opéré dans le passé ; d'autres résultent de processus non-adaptatifs. Pour identifier les caractéristiques du génome qui sont importantes pour son fonctionnement, il faut rechercher celles dont le mode d'évolution s'écarte du modèle neutraliste : c'est le principe même de l'analyse comparative des génomes, qui est au cœur de mon activité de recherche. Mon travail suit une double logique : étudier l'évolution des génomes pour mieux comprendre leur fonctionnement - et inversement, prendre en compte les mécanismes moléculaires du fonctionnement des génomes afin de mieux interpréter l'évolution des séquences. Mon travail se base sur l'analyse bioinformatique et statistique des séquences, mais s'appuie également fortement sur des collaborations étroites avec des biologistes « de paillasse ».
Ces dernières années, mon objectif principal a été d'explorer les conséquences de la recombinaison homologue sur l'évolution du génome. En particulier, nous avons découvert que chez de nombreuses espèces, la recombinaison induit une hérédité non mendélienne, favorisant la fixation des allèles GC (gBGC – pour GC-Biased Gene Conversion). Ce processus non adaptatif a un impact majeur sur l'évolution des paysages génomiques ainsi que sur les processus d'expression des gènes. Nous essayons maintenant de comprendre comment et pourquoi le gBGC évolue, et comment et pourquoi les taux de recombinaison varient dans l'espace (le long des chromosomes) et dans le temps (entre les espèces).
Je cherche également à comprendre comment les contraintes imposées par le coût de l'expression des gènes façonnent l'évolution du génome. Nous avons montré que le niveau d'expression des gènes est un déterminant important des pressions sélectives agissant sur de nombreuses caractéristiques : sur les séquences protéiques, sur le dosage des gènes, sur la précision de l'épissage et sur l'efficacité de la traduction. Nous explorons maintenant comment la variation de l'efficacité de la sélection contribue à l'évolution de la complexité des processus d'expression des gènes à travers les espèces.
Je travaille également, en collaboration avec des chercheurs de Paris et de Gif, sur la génomique de la paramécie. Cet eucaryote unicellulaire présente de nombreuses caractéristiques très particulières qui en font un modèle fantastique pour aborder de nombreux sujets (duplications de génomes entiers, prolifération d'éléments génétiques égoïstes, épissage alternatif, hérédité transgénérationnelle de modifications épigénétiques, …).
Publications
Affichage des publications 151 à 163 sur 163 au total
Highly conserved RNA sequences that are sensors of environmental stress
Molecular and Cellular Biology . 18 : 7371-7382
Article dans une revue
voir la publicationSearching for regulatory elements in human noncoding sequences
Current Opinion in Structural Biology . 7 : 399-406
Article dans une revue
voir la publicationCloning of the mouse BTG3 gene and definition of a new gene family (the BTG family) involved in the negative control of the cell cycle
Leukemia . 11 ( 3 ) : 370-375
Article dans une revue
voir la publicationCloning and characterization of a gene encoding a novel immunodominant antigen of Trypanosoma cruzi
Molecular and Biochemical Parasitology . 87 : 193-204
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary affinities of the order Perissodactyla and the phylogenetic status of the superordinal taxa Ungulata and Altungulata
Molecular Phylogenetics and Evolution . 7 ( 2 ) : 195-200
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic position of the order Lagomorpha (rabbits hares and allies)
Nature . 379 : 333-335
DOI: 10.1038/379333a0
Article dans une revue
voir la publicationLALNVIEW: a graphical viewer for pairwise sequence alignments
Computer Applications in the Biosciences . 12 : 507-510
Article dans une revue
voir la publicationIsolation and characterization of a cDNA encoding a chicken actin-like protein
Gene . 154 ( 2 ) : 205-209
Article dans une revue
voir la publicationStatistical analysis of vertebrate sequences reveals that long genes are scarce in GC-rich isochores
Journal of Molecular Evolution . 40 : 308-317
Article dans une revue
voir la publicationRearrangement of CCND1 (BCL1/PRAD1) 3' untranslated region in mantle-cell lymphomas and t(11q13)-associated leukemias
Blood . 83 : 3689-3696
Article dans une revue
voir la publicationHOVERGEN: a database of homologous vertebrate genes
Nucleic Acids Research . 22 ( 12 ) : 2360-2365
Article dans une revue
voir la publicationSequence analysis reveals that the BTG1 anti-proliferative gene is conserved throughout evolution in its coding and 3' non-coding regions
Gene . 129 ( 2 ) : 303-306
Article dans une revue
voir la publicationBTG1, a member of a new family of antiproliferative genes.
EMBO Journal . 11 ( 4 ) : 1663-1670
Article dans une revue
voir la publication