GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Duret Laurent
Directeur de recherche
CNRS
Batiment Mendel 2eme étage. Bureau 12.025
Les génomes sont le produit de divers processus évolutifs : certains traits génomiques que nous observons aujourd'hui reflètent des contraintes fonctionnelles qui opèrent actuellement ou qui ont opéré dans le passé ; d'autres résultent de processus non-adaptatifs. Pour identifier les caractéristiques du génome qui sont importantes pour son fonctionnement, il faut rechercher celles dont le mode d'évolution s'écarte du modèle neutraliste : c'est le principe même de l'analyse comparative des génomes, qui est au cœur de mon activité de recherche. Mon travail suit une double logique : étudier l'évolution des génomes pour mieux comprendre leur fonctionnement - et inversement, prendre en compte les mécanismes moléculaires du fonctionnement des génomes afin de mieux interpréter l'évolution des séquences. Mon travail se base sur l'analyse bioinformatique et statistique des séquences, mais s'appuie également fortement sur des collaborations étroites avec des biologistes « de paillasse ».
Ces dernières années, mon objectif principal a été d'explorer les conséquences de la recombinaison homologue sur l'évolution du génome. En particulier, nous avons découvert que chez de nombreuses espèces, la recombinaison induit une hérédité non mendélienne, favorisant la fixation des allèles GC (gBGC – pour GC-Biased Gene Conversion). Ce processus non adaptatif a un impact majeur sur l'évolution des paysages génomiques ainsi que sur les processus d'expression des gènes. Nous essayons maintenant de comprendre comment et pourquoi le gBGC évolue, et comment et pourquoi les taux de recombinaison varient dans l'espace (le long des chromosomes) et dans le temps (entre les espèces).
Je cherche également à comprendre comment les contraintes imposées par le coût de l'expression des gènes façonnent l'évolution du génome. Nous avons montré que le niveau d'expression des gènes est un déterminant important des pressions sélectives agissant sur de nombreuses caractéristiques : sur les séquences protéiques, sur le dosage des gènes, sur la précision de l'épissage et sur l'efficacité de la traduction. Nous explorons maintenant comment la variation de l'efficacité de la sélection contribue à l'évolution de la complexité des processus d'expression des gènes à travers les espèces.
Je travaille également, en collaboration avec des chercheurs de Paris et de Gif, sur la génomique de la paramécie. Cet eucaryote unicellulaire présente de nombreuses caractéristiques très particulières qui en font un modèle fantastique pour aborder de nombreux sujets (duplications de génomes entiers, prolifération d'éléments génétiques égoïstes, épissage alternatif, hérédité transgénérationnelle de modifications épigénétiques, …).
Publications
Affichage des publications 151 à 173 sur 173 au total
Determinants of substitution rates in mammalian genes: expression pattern affects selection intensity but not mutation rate
Molecular Biology and Evolution . 17 : 68-74
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voir la publicationTransposons but not retrotransposons are located preferentially in regions of high recombination rate in Caenorhabditis elegans
Genetics . 156 : 1661-1669
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voir la publicationChromosomal distribution and coding capacity of the human endogenous retrovirus HERV-W family
AIDS Research and Human Retroviruses . 16 : 731-740
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voir la publicationMultiple alignments for structural functional or phylogenetic analyses of homologous sequences
incollection . -- : 51-76
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voir la publicationHOVERGEN: comparative analysis of homologous vertebrate genes
incollection . 978-0-7923-8573-8 : 21-35
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationExpression pattern and surprisingly gene length shape codon usage in Caenorhabditis Drosophila and Arabidopsis
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 96 : 4482-4487
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voir la publicationRegulation of dauer larva development in Caenorhabditis elegans by daf-18, a homologue of the tumour suppressor PTEN
Current Biology - CB . 9 ( 6 ) : 329-334
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voir la publicationHuman and nematode orthologs--lessons from the analysis of 1800 human genes and the proteome of Caenorhabditis elegans
Gene . 238 : 163-170
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voir la publicationMolecular characterization and placental expression of HERV-W a new human endogenous retrovirus family
Journal of Virology . 73 : 1175-1185
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voir la publicationNew insulin-like proteins with atypical disulfide bond pattern characterized in Caenorhabditis elegans by comparative sequence analysis and homology modeling
Genome Research . 8 : 348-353
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voir la publicationHighly conserved RNA sequences that are sensors of environmental stress
Molecular and Cellular Biology . 18 : 7371-7382
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voir la publicationSearching for regulatory elements in human noncoding sequences
Current Opinion in Structural Biology . 7 : 399-406
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voir la publicationEvolutionary affinities of the order Perissodactyla and the phylogenetic status of the superordinal taxa Ungulata and Altungulata
Molecular Phylogenetics and Evolution . 7 ( 2 ) : 195-200
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voir la publicationCloning of the mouse BTG3 gene and definition of a new gene family (the BTG family) involved in the negative control of the cell cycle
Leukemia . 11 ( 3 ) : 370-375
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voir la publicationCloning and characterization of a gene encoding a novel immunodominant antigen of Trypanosoma cruzi
Molecular and Biochemical Parasitology . 87 : 193-204
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voir la publicationPhylogenetic position of the order Lagomorpha (rabbits hares and allies)
Nature . 379 : 333-335
DOI: 10.1038/379333a0
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voir la publicationLALNVIEW: a graphical viewer for pairwise sequence alignments
Computer Applications in the Biosciences . 12 : 507-510
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voir la publicationIsolation and characterization of a cDNA encoding a chicken actin-like protein
Gene . 154 ( 2 ) : 205-209
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voir la publicationStatistical analysis of vertebrate sequences reveals that long genes are scarce in GC-rich isochores
Journal of Molecular Evolution . 40 : 308-317
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voir la publicationRearrangement of CCND1 (BCL1/PRAD1) 3' untranslated region in mantle-cell lymphomas and t(11q13)-associated leukemias
Blood . 83 : 3689-3696
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voir la publicationHOVERGEN: a database of homologous vertebrate genes
Nucleic Acids Research . 22 ( 12 ) : 2360-2365
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voir la publicationSequence analysis reveals that the BTG1 anti-proliferative gene is conserved throughout evolution in its coding and 3' non-coding regions
Gene . 129 ( 2 ) : 303-306
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voir la publicationBTG1, a member of a new family of antiproliferative genes.
EMBO Journal . 11 ( 4 ) : 1663-1670
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