GECO Génomique Computationnelle et Evolutive

Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive

Duret Laurent

Directeur de recherche

CNRS

Adresse : 43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Tél : 33 04 72 44 62 97

Courriel

^{Batiment Mendel 2eme étage. Bureau 12.025}

Les génomes sont le produit de divers processus évolutifs : certains traits génomiques que nous observons aujourd'hui reflètent des contraintes fonctionnelles qui opèrent actuellement ou qui ont opéré dans le passé ; d'autres résultent de processus non-adaptatifs. Pour identifier les caractéristiques du génome qui sont importantes pour son fonctionnement, il faut rechercher celles dont le mode d'évolution s'écarte du modèle neutraliste : c'est le principe même de l'analyse comparative des génomes, qui est au cœur de mon activité de recherche. Mon travail suit une double logique : étudier l'évolution des génomes pour mieux comprendre leur fonctionnement - et inversement, prendre en compte les mécanismes moléculaires du fonctionnement des génomes afin de mieux interpréter l'évolution des séquences. Mon travail se base sur l'analyse bioinformatique et statistique des séquences, mais s'appuie également fortement sur des collaborations étroites avec des biologistes « de paillasse ».
Ces dernières années, mon objectif principal a été d'explorer les conséquences de la recombinaison homologue sur l'évolution du génome. En particulier, nous avons découvert que chez de nombreuses espèces, la recombinaison induit une hérédité non mendélienne, favorisant la fixation des allèles GC (gBGC – pour GC-Biased Gene Conversion). Ce processus non adaptatif a un impact majeur sur l'évolution des paysages génomiques ainsi que sur les processus d'expression des gènes. Nous essayons maintenant de comprendre comment et pourquoi le gBGC évolue, et comment et pourquoi les taux de recombinaison varient dans l'espace (le long des chromosomes) et dans le temps (entre les espèces).
Je cherche également à comprendre comment les contraintes imposées par le coût de l'expression des gènes façonnent l'évolution du génome. Nous avons montré que le niveau d'expression des gènes est un déterminant important des pressions sélectives agissant sur de nombreuses caractéristiques : sur les séquences protéiques, sur le dosage des gènes, sur la précision de l'épissage et sur l'efficacité de la traduction. Nous explorons maintenant comment la variation de l'efficacité de la sélection contribue à l'évolution de la complexité des processus d'expression des gènes à travers les espèces.
Je travaille également, en collaboration avec des chercheurs de Paris et de Gif, sur la génomique de la paramécie. Cet eucaryote unicellulaire présente de nombreuses caractéristiques très particulières qui en font un modèle fantastique pour aborder de nombreux sujets (duplications de génomes entiers, prolifération d'éléments génétiques égoïstes, épissage alternatif, hérédité transgénérationnelle de modifications épigénétiques, …).

Publications

Affichage des publications 61 à 90 sur 175 au total

Gene expression in a paleopolyploid: a transcriptome resource for the ciliate Paramecium tetraurelia.

Olivier Arnaiz, Jean-François Goût, Mireille Bétermier, Khaled Bouhouche, Jean Cohen, L. Duret...

BMC Genomics . 11 ( 1 ) : 547

DOI: 10.1186/1471-2164-11-547

2010

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Evolution Moléculaire

L. Duret, T. Bataillon, N. Bierne, Vincent Daubin, J. Dutheil, Christian Gautier...

Biologie évolutive . 978-2-8041-0161-9 : 114-173

2010

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Detecting positive selection within genomes: the problem of biased gene conversion

A. Ratnakumar, Sylvain Mousset, S. Glémin, J. Berglund, N. Galtier, L. Duret...

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 365 ( 1552 ) : 2571-2580

DOI: 10.1098/rstb.2010.0007

2010

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Paramecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model

J. Beisson, M. Bétermier, M-H. Bré, J. Cohen, S. Duharcourt, Laurent Duret...

Emerging Model Organisms . 2010 : 1-55

2010

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The relationship among gene expression, the evolution of gene dosage, and the rate of protein evolution

Jean-François Gout, Daniel Kahn, Laurent Duret

PLoS Genetics . 6 ( 5 ) : e1000944

DOI: 10.1371/journal.pgen.1000944

2010

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Mutation Patterns in the Human Genome:More Variable Than Expected

L. Duret

PLoS Biology . 7(2) e1000028 : 803-806

2009

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Monoallelic expression and tissue specificity are associated with high crossover rates

A. Necşulea, M. Sémon, L. Duret, L.D. Hurst

Trends in Genetics . 25(12) : 519-522

2009

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GC-biased gene conversion promotes the fixation of deleterious amino acid changes in primates

N. Galtier, L. Duret, S. Glémin, Vincent Ranwez

Trends in Genetics . 25(1) : 1-5

2009

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The relationship between DNA replication and human genome organization.

Anamaria Necsulea, Claire Guillet, Jean-Charles Cadoret, Marie-Noëlle Prioleau, L. Duret

Molecular Biology and Evolution . 26 ( 4 ) : 729-741

DOI: 10.1093/molbev/msn303

2009

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Comment on “Human-Specific Gain of Function in a Developmental Enhancer”

L. Duret, N. Galtier

Science . 323(5915) : 714-715

2009

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Biased Gene Conversion and the Evolution of Mammalian Genomic Landscapes

L. Duret, N. Galtier

Annual Review of Genomics and Human Genetics . 10 : 285-311

2009

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L’évolution des chromosomes sexuels humains

Gabriel Marais, L. Duret

Biofutur . 304 : 40-41

2009

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Differential retention of metabolic genes following whole-genome duplication

Jean-François Gout, Laurent Duret, Daniel Kahn

Molecular Biology and Evolution . 26 ( 5 ) : 1067-1072

DOI: 10.1093/molbev/msp026

2009

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Databases of Homologous Gene Families for Comparative Genomics

Simon Penel, Anne-Muriel Arigon Chifolleau, Jean-François Dufayard, Anne-Sophie Sertier, Vincent Daubin, L. Duret...

BMC Bioinformatics . 10 (Suppl.6) :S3 : 13

DOI: 10.1186/1471-2105-10-S6-S3

2009

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Translational control of intron splicing in eukaryotes

Olivier Jaillon, Khaled Bouhouche, Jean-François Gout, Jean-Marc Aury, Benjamin Noel, Baptiste Saudemont...

Nature . 451 ( 7176 ) : 359-362

DOI: 10.1038/nature06495

2008

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Biased Gene Conversion and its Impact on Human Genome Evolution

N. Galtier, L. Duret

incollection . -- : 273-277

2008

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ISG20L2, a novel vertebrate nucleolar exoribonuclease involved in Ribosome biogenesis.

Yohann Couté, Karine Kindbeiter, Stéphane Belin, Régis Dieckmann, L. Duret, Laurent Bezin...

Molecular and Cellular Proteomics . 7 : epub ahead of print

DOI: 10.1074/mcp.M700510-MCP200

2008

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Analysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: A somatic view of the germline

L. Duret, J. Cohen, C. Jubin, P. Dessen, J.-F. Gout, Sylvain Mousset...

Genome Research . 18 : 585-596

DOI: 10.1101/gr.074534.107

2008

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Analysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: a somatic view of the germline.

L. Duret, Jean Cohen, Claire Jubin, Philippe Dessen, Jean-François Goût, Sylvain Mousset...

Genome Research . 18 ( 4 ) : 585-96

DOI: 10.1101/gr.074534.107

2008

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Pervasive positive selection on duplicated and nonduplicated vertebrate protein coding genes

A. Studer, Simon Penel, L. Duret, M. Robinson-Rechavi

Genome Research . 18 : 1393-1402

2008

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The Impact of Recombination on Nucleotide Substitutions in the Human Genome

L. Duret, P.F. Arndt

PLoS Genetics . 4 : 1-19

2008

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Neutral Theory: The Null Hypothesis of Molecular Evolution

L. Duret

Nature Education . 1 ( 1 ) : 803-806

2008

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Genome-wide studies highlight indirect links between human replication origins and gene regulation.

Jean-Charles Cadoret, Françoise Meisch, Vahideh Hassan-Zadeh, Isabelle Luyten, Claire Guillet, L. Duret...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 105 ( 41 ) : 15837-42

DOI: 10.1073/pnas.0805208105

2008

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Unexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome

C. Keime, M. Sémon, Dominique Mouchiroud, L. Duret, Olivier Gandrillon

BMC Bioinformatics . 8 : 1-11

2007

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Adaptation or biased gene conversion? Extending the null hypothesis of molecular evolution

Nicolas Galtier, L. Duret

Trends in Genetics . 23 ( 6 ) : 273-277

DOI: 10.1016/j.tig.2007.03.011

2007

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Unexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome.

Céline Keime, Marie Sémon, Dominique Mouchiroud, Laurent Duret, Olivier Gandrillon

BMC Bioinformatics . 8 : 154

DOI: 10.1186/1471-2105-8-154

2007

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Identification and characterization of human Mex-3 proteins, a novel family of evolutionarily conserved RNA-binding proteins differentially localized to processing bodies.

Karine Buchet-Poyau, Julien Courchet, Hervé Le Hir, Bertrand Séraphin, Jean-Yves Scoazec, L. Duret...

Nucleic Acids Research . 35 ( 4 ) : 1289-300

DOI: 10.1093/nar/gkm016

2007

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Insights into social insects from the genome of the honeybee Apis mellifera

G.M. Weinstock, G.E. Robinson, R.A. Gibbs, K.C. Worley, J.D. Evans, R. Maleszka...

Nature . 443 : 931-949

2006

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GC Content Evolution of the Human and Mouse Genomes : Insights from the Study of Processed Pseudogenes in Regions of Different Recombination Rates.

A. Khelifi, J. Meunier, L. Duret, Dominique Mouchiroud

Journal of Molecular Evolution . 62 : 745-752

2006

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Global trends of whole genome duplications revealed by the genome sequence of the ciliate Paramecium tetraurelia

Jean-Marc Aury, Olivier Jaillon, * Laurent Duret, Benjamin Noel, Claire Jubin, Betina M. Porcel...

Nature . 444 ( 7116 ) : 171-178

DOI: 10.1038/nature05230

2006

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Intérêts scientifiques: "Rien dans un génome n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution moléculaire"...

Publications

Gene expression in a paleopolyploid: a transcriptome resource for the ciliate Paramecium tetraurelia.

Evolution Moléculaire

Detecting positive selection within genomes: the problem of biased gene conversion

Paramecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model

The relationship among gene expression, the evolution of gene dosage, and the rate of protein evolution

Mutation Patterns in the Human Genome:More Variable Than Expected

Monoallelic expression and tissue specificity are associated with high crossover rates

GC-biased gene conversion promotes the fixation of deleterious amino acid changes in primates

The relationship between DNA replication and human genome organization.

Comment on “Human-Specific Gain of Function in a Developmental Enhancer”

Biased Gene Conversion and the Evolution of Mammalian Genomic Landscapes

L’évolution des chromosomes sexuels humains

Differential retention of metabolic genes following whole-genome duplication

Databases of Homologous Gene Families for Comparative Genomics

Translational control of intron splicing in eukaryotes

Biased Gene Conversion and its Impact on Human Genome Evolution

ISG20L2, a novel vertebrate nucleolar exoribonuclease involved in Ribosome biogenesis.

Analysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: A somatic view of the germline

Analysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: a somatic view of the germline.

Pervasive positive selection on duplicated and nonduplicated vertebrate protein coding genes

The Impact of Recombination on Nucleotide Substitutions in the Human Genome

Neutral Theory: The Null Hypothesis of Molecular Evolution

Genome-wide studies highlight indirect links between human replication origins and gene regulation.

Unexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome

Adaptation or biased gene conversion? Extending the null hypothesis of molecular evolution

Unexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome.

Identification and characterization of human Mex-3 proteins, a novel family of evolutionarily conserved RNA-binding proteins differentially localized to processing bodies.

Insights into social insects from the genome of the honeybee Apis mellifera

GC Content Evolution of the Human and Mouse Genomes : Insights from the Study of Processed Pseudogenes in Regions of Different Recombination Rates.

Global trends of whole genome duplications revealed by the genome sequence of the ciliate Paramecium tetraurelia