GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Duret Laurent
Directeur de recherche
CNRS
Batiment Mendel 2eme étage. Bureau 12.025
Les génomes sont le produit de divers processus évolutifs : certains traits génomiques que nous observons aujourd'hui reflètent des contraintes fonctionnelles qui opèrent actuellement ou qui ont opéré dans le passé ; d'autres résultent de processus non-adaptatifs. Pour identifier les caractéristiques du génome qui sont importantes pour son fonctionnement, il faut rechercher celles dont le mode d'évolution s'écarte du modèle neutraliste : c'est le principe même de l'analyse comparative des génomes, qui est au cœur de mon activité de recherche. Mon travail suit une double logique : étudier l'évolution des génomes pour mieux comprendre leur fonctionnement - et inversement, prendre en compte les mécanismes moléculaires du fonctionnement des génomes afin de mieux interpréter l'évolution des séquences. Mon travail se base sur l'analyse bioinformatique et statistique des séquences, mais s'appuie également fortement sur des collaborations étroites avec des biologistes « de paillasse ».
Ces dernières années, mon objectif principal a été d'explorer les conséquences de la recombinaison homologue sur l'évolution du génome. En particulier, nous avons découvert que chez de nombreuses espèces, la recombinaison induit une hérédité non mendélienne, favorisant la fixation des allèles GC (gBGC – pour GC-Biased Gene Conversion). Ce processus non adaptatif a un impact majeur sur l'évolution des paysages génomiques ainsi que sur les processus d'expression des gènes. Nous essayons maintenant de comprendre comment et pourquoi le gBGC évolue, et comment et pourquoi les taux de recombinaison varient dans l'espace (le long des chromosomes) et dans le temps (entre les espèces).
Je cherche également à comprendre comment les contraintes imposées par le coût de l'expression des gènes façonnent l'évolution du génome. Nous avons montré que le niveau d'expression des gènes est un déterminant important des pressions sélectives agissant sur de nombreuses caractéristiques : sur les séquences protéiques, sur le dosage des gènes, sur la précision de l'épissage et sur l'efficacité de la traduction. Nous explorons maintenant comment la variation de l'efficacité de la sélection contribue à l'évolution de la complexité des processus d'expression des gènes à travers les espèces.
Je travaille également, en collaboration avec des chercheurs de Paris et de Gif, sur la génomique de la paramécie. Cet eucaryote unicellulaire présente de nombreuses caractéristiques très particulières qui en font un modèle fantastique pour aborder de nombreux sujets (duplications de génomes entiers, prolifération d'éléments génétiques égoïstes, épissage alternatif, hérédité transgénérationnelle de modifications épigénétiques, …).
Publications
Affichage des publications 61 à 90 sur 176 au total
Paramecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model
Emerging Model Organisms . 2010(1) : 1-55
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voir la publicationGene expression in a paleopolyploid: a transcriptome resource for the ciliate Paramecium tetraurelia.
BMC Genomics . 11 ( 1 ) : 547
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voir la publicationEvolution Moléculaire
Biologie évolutive . 978-2-8041-0161-9 : 114-173
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDetecting positive selection within genomes: the problem of biased gene conversion
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 365 ( 1552 ) : 2571-2580
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voir la publicationParamecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model
Emerging Model Organisms . 2010 : 1-55
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voir la publicationThe relationship among gene expression, the evolution of gene dosage, and the rate of protein evolution
PLoS Genetics . 6 ( 5 ) : e1000944
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voir la publicationMutation Patterns in the Human Genome:More Variable Than Expected
PLoS Biology . 7(2) e1000028 : 803-806
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voir la publicationMonoallelic expression and tissue specificity are associated with high crossover rates
Trends in Genetics . 25(12) : 519-522
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voir la publicationGC-biased gene conversion promotes the fixation of deleterious amino acid changes in primates
Trends in Genetics . 25(1) : 1-5
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voir la publicationThe relationship between DNA replication and human genome organization.
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 4 ) : 729-741
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voir la publicationComment on “Human-Specific Gain of Function in a Developmental Enhancer”
Science . 323(5915) : 714-715
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voir la publicationBiased Gene Conversion and the Evolution of Mammalian Genomic Landscapes
Annual Review of Genomics and Human Genetics . 10 : 285-311
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voir la publicationL’évolution des chromosomes sexuels humains
Biofutur . 304 : 40-41
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voir la publicationDifferential retention of metabolic genes following whole-genome duplication
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 5 ) : 1067-1072
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voir la publicationDatabases of Homologous Gene Families for Comparative Genomics
BMC Bioinformatics . 10 (Suppl.6) :S3 : 13
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voir la publicationTranslational control of intron splicing in eukaryotes
Nature . 451 ( 7176 ) : 359-362
DOI: 10.1038/nature06495
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voir la publicationBiased Gene Conversion and its Impact on Human Genome Evolution
incollection . -- : 273-277
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voir la publicationISG20L2, a novel vertebrate nucleolar exoribonuclease involved in Ribosome biogenesis.
Molecular and Cellular Proteomics . 7 : epub ahead of print
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voir la publicationAnalysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: A somatic view of the germline
Genome Research . 18 : 585-596
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voir la publicationAnalysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: a somatic view of the germline.
Genome Research . 18 ( 4 ) : 585-96
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voir la publicationPervasive positive selection on duplicated and nonduplicated vertebrate protein coding genes
Genome Research . 18 : 1393-1402
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voir la publicationThe Impact of Recombination on Nucleotide Substitutions in the Human Genome
PLoS Genetics . 4 : 1-19
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voir la publicationNeutral Theory: The Null Hypothesis of Molecular Evolution
Nature Education . 1 ( 1 ) : 803-806
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voir la publicationGenome-wide studies highlight indirect links between human replication origins and gene regulation.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 105 ( 41 ) : 15837-42
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voir la publicationUnexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome
BMC Bioinformatics . 8 : 1-11
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voir la publicationAdaptation or biased gene conversion? Extending the null hypothesis of molecular evolution
Trends in Genetics . 23 ( 6 ) : 273-277
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voir la publicationUnexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome.
BMC Bioinformatics . 8 : 154
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voir la publicationIdentification and characterization of human Mex-3 proteins, a novel family of evolutionarily conserved RNA-binding proteins differentially localized to processing bodies.
Nucleic Acids Research . 35 ( 4 ) : 1289-300
DOI: 10.1093/nar/gkm016
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voir la publicationInsights into social insects from the genome of the honeybee Apis mellifera
Nature . 443 : 931-949
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voir la publicationGC Content Evolution of the Human and Mouse Genomes : Insights from the Study of Processed Pseudogenes in Regions of Different Recombination Rates.
Journal of Molecular Evolution . 62 : 745-752
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