Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
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Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Ingénieur de recherche CDD
CNRS
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Doctorante
autre
Tél : 04 72 44 81 42
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Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
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Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
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Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
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Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 451 à 480 sur 963 au total
On the last common ancestor and early evolution of eukaryotes: reconstructing the history of mitochondrial ribosomes.
Research in Microbiology . 162 ( 1 ) : 53-70
Article dans une revue
voir la publicationA eukaryotic-like sulfiredoxin involved in oxidative stress responses and in the reduction of the sulfinic form of 2 Cys-peroxiredoxin in the cyanobacterium Anabaena PCC 7120
New Phytologist . 191 : 1108-1118
Article dans une revue
voir la publicationSpecificity shifts in the rRNA and tRNA nucleotide targets of archaeal and bacterial m5U methyltransferases.
RNA . 17 ( 1 ) : 45-53
DOI: 10.1261/rna.2323411
Article dans une revue
voir la publicationCharacteristics of a phylogenetically ambiguous, arsenic-oxidizing Thiomonas sp., Thiomonas arsenitoxydans strain 3As(T) sp. nov.
Archives of Microbiology . 193 : 439-449
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic and genetic variation among Fe(II)-oxidizing acidithiobacilli supports the view that these comprise multiple species with different ferrous iron oxidation pathways
Microbiology . 155 : 111-122
Article dans une revue
voir la publicationAn oxygen reduction chain in the hyperthermophilic anaerobe Thermotoga maritima highlights horizontal gene transfer between Thermococcales and Thermotogales
Environmental Microbiology . 13 : 2132-45
Article dans une revue
voir la publicationComparative analysis of transposable elements in the melanogaster subgroup sequenced genomes.
Gene . 473 ( 2 ) : 100-9
Article dans une revue
voir la publicationCharacterization of heterotrophic prokaryote subgroups in the Sfax coastal solar salterns by combining flow cytometry cell sorting and phylogenetic analysis
Extremophiles . 15 : 347-358
Article dans une revue
voir la publicationSpecificity shifts in the rRNA and tRNA nucleotide targets of archaeal and bacterial m5U methyltransferases.
RNA . 17 ( 1 ) : 45-53
DOI: 10.1261/rna.2323411
Article dans une revue
voir la publicationAn efficient method to find potentially universal population genetic markers applied to metazoans
BMC Evolutionary Biology . 10 ( 276 ) : 1-17
Article dans une revue
voir la publicationGenetic perspectives on forager-farmer interaction in the Luangwa Valley of Zambia
American Journal of Physical Anthropology . 141 ( 3 ) : 382-394
Article dans une revue
voir la publicationConservation of Neutral Substitution Rate and Substitutional Asymmetries in Mammalian Genes
Genome Biology and Evolution . 2 : 19-28
DOI: 10.1093/gbe/evp056
Article dans une revue
voir la publicationMolecular evolution of genes in avian genomes
Genome Biology . 11 ( 6 ) : 17 p.
Article dans une revue
voir la publicationIn the heartland of Eurasia: the multilocus genetic landscape of Central Asian populations
European Journal of Human Genetics .
Article dans une revue
voir la publicationMode de vie et diversité génétique dans les populations humaines d'Asie Centrale
Thèse
voir la publicationFrequency of the AGT Pro11Leu polymorphism in humans: Does diet matter?
Annals of Human Genetics . 74 ( 1 ) : 57-64
Article dans une revue
voir la publicationLooking for signatures of sex-specific demography and local adaptation on the X chromosome.
Genome Biology . 11 ( 1 ) : 203
Article dans une revue
voir la publicationEvolution Moléculaire
Biologie évolutive . 978-2-8041-0161-9 : 114-173
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationParamecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model
Emerging Model Organisms . 2010(1) : 1-55
Article dans une revue
voir la publicationGene expression in a paleopolyploid: a transcriptome resource for the ciliate Paramecium tetraurelia.
BMC Genomics . 11 ( 1 ) : 547
Article dans une revue
voir la publicationConcepts et méthodes en phylogénie moléculaire
Springer . 978-2-287-99047-2
Ouvrage
voir la publicationConcepts et méchodes en phylogénie moléculaire
incollection . -- : 63-65
Article dans une revue
voir la publicationDetecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests
BMC Bioinformatics . 11 ( 324 ) : 13
Article dans une revue
voir la publicationSpecies identification of staphylococci by amplification and sequencing of the gene compared to the gene and by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . : 343-354
Article dans une revue
voir la publicationBiosynthesis of wyosine derivatives in tRNA: an ancient and highly diverse pathway in Archaea.
Molecular Biology and Evolution . 27 ( 9 ) : 2062-77
Article dans une revue
voir la publicationThe Pseudomonas aeruginosa patatin-like protein PlpD is the archetype of a novel Type V secretion system
Environmental Microbiology . 12 ( 6 ) : 1498-512
Article dans une revue
voir la publicationStatistical Potentials for Improved Structurally Constrained Evolutionary Models
Molecular Biology and Evolution . 27 ( 7 ) : 1546 - 1560
Article dans une revue
voir la publicationGenes devoid of full-length transposable element insertions are involved in development and in the regulation of transcription in human and closely related species.
Journal of Molecular Evolution . 71 ( 3 ) : 180-91
Article dans une revue
voir la publicationDetecting positive selection within genomes: the problem of biased gene conversion
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 365 ( 1552 ) : 2571-2580
Article dans une revue
voir la publication