Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
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Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Ingénieur de recherche CDD
CNRS
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Doctorante
autre
Tél : 04 72 44 81 42
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Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
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Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
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Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
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Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 481 à 510 sur 963 au total
Paramecium tetraurelia: The Renaissance of an Early Unicellular Model
Emerging Model Organisms . 2010 : 1-55
Article dans une revue
voir la publicationSeaView Version 4: a Multiplatform Graphical User Interface for Sequence Alignment and Phylogenetic Tree Building
Molecular Biology and Evolution . 27 : 221-224
Article dans une revue
voir la publicationThe origin of eukaryotes and their relationship with the Archaea: are we at a phylogenomic impasse?
Nature Reviews Microbiology . 8 ( 10 ) : 743-753
DOI: 10.1038/nrmicro2426
Article dans une revue
voir la publicationDistinct gene set in two different lineages of ammoniaoxidizing archaea supports the phylum Thaumarchaeota
Trends Microbiol . 18(8) : 331-40
Article dans une revue
voir la publicationNitrosopumilus maritimus genome reveals unique mechanisms for nitrification and autotrophy in globally distributed marine crenarchaea
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 107 ( 19 ) : 8818-23
Article dans une revue
voir la publicationStructure, function, and evolution of the Thiomonas spp. genome.
PLoS Genetics . 6 ( 2 ) : e1000859
Article dans une revue
voir la publicationA Phylogenetic Model for Investigating Correlated Evolution of Substitution Rates and Continuous Phenotypic Characters
Molecular Biology and Evolution . 28 ( 1 ) : 729 - 744
Article dans une revue
voir la publicationA Dirichlet Process Covarion Mixture Model and Its Assessments Using Posterior Predictive Discrepancy Tests
Molecular Biology and Evolution . 27 ( 2 ) : 371-384
Article dans une revue
voir la publicationProposals for classification methods dedicated to biological data
International Journal of Biomedical Engineering and Technology (IJBET) . 3 ( 1/2 ) : 4-21
Article dans une revue
voir la publicationThe relationship among gene expression, the evolution of gene dosage, and the rate of protein evolution
PLoS Genetics . 6 ( 5 ) : e1000944
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of the ribosome: testing eukaryotic origins
Archaea and the tree of life .
Acte de congrès
voir la publicationGenetic Admixture History of Eastern Indonesia as Revealed by Y-Chromosome and Mitochondrial DNA Analysis
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 8 ) : 1865-1877
Article dans une revue
voir la publicationGenetic diversity and the emergence of ethnic groups in Central Asia
BMC Genetics . 10 ( 1 ) : 49
Article dans une revue
voir la publicationMutation Patterns in the Human Genome:More Variable Than Expected
PLoS Biology . 7(2) e1000028 : 803-806
Article dans une revue
voir la publicationMonoallelic expression and tissue specificity are associated with high crossover rates
Trends in Genetics . 25(12) : 519-522
Article dans une revue
voir la publicationGC-biased gene conversion promotes the fixation of deleterious amino acid changes in primates
Trends in Genetics . 25(1) : 1-5
Article dans une revue
voir la publicationA Mixture Model and a Hidden Markov Model to Simultaneously Detect Recombination Breakpoints and Reconstruct Phylogenies
Evolutionary Bioinformatics . 5 : 67-79
DOI: 10.4137/EBO.S2242
Article dans une revue
voir la publicationPhylogeny of prokaryotes: does it exist and why should we care?
Research in Microbiology . 160 : 513-21
Article dans une revue
voir la publicationHappy together: genomic insights into the unique Nanoarchaeum/Ignicoccus association.
Journal of Biology . 8 ( 1 ) : 7
DOI: 10.1186/jbiol110
Article dans une revue
voir la publicationComplete genome of the cellulolytic thermophile Acidothermus cellulolyticus 11B provides insights into its ecophysiological and evolutionary adaptations
Genome Research . ( 19 ) : 1033-1043
Article dans une revue
voir la publicationGenomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila
FASEB Journal . 23 : 54-62
Article dans une revue
voir la publicationInfra- and Transspecific Clues to Understanding the Dynamics of Transposable Elements
genome dyn stab . -- : 115-123
Article dans une revue
voir la publicationIdentification of expressed transposable element insertions in the sequenced genome of Drosophila melanogaster
Gene . 439 : 55-62
Article dans une revue
voir la publicationIdentifying repeats and transposable elements in sequenced genomes: how to find your way through the dense forest of programs
Heredity . -- : 1-14
Article dans une revue
voir la publicationThe relationship between DNA replication and human genome organization.
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 4 ) : 729-741
Article dans une revue
voir la publicationFast optimization of statistical potentials for structurally constrained phylogenetic models
BMC Evolutionary Biology . 9 ( 1 ) : 227
Article dans une revue
voir la publicationComment on “Human-Specific Gain of Function in a Developmental Enhancer”
Science . 323(5915) : 714-715
Article dans une revue
voir la publicationBiased Gene Conversion and the Evolution of Mammalian Genomic Landscapes
Annual Review of Genomics and Human Genetics . 10 : 285-311
Article dans une revue
voir la publicationL’évolution des chromosomes sexuels humains
Biofutur . 304 : 40-41
Article dans une revue
voir la publicationA pharmacologically based multiscale mathematical model of angiogenesis and its use in investigating the efficacy of a new cancer treatment strategy.
Journal of Theoretical Biology . 260 ( 4 ) : 545-62
Article dans une revue
voir la publication