Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
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Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Ingénieur de recherche CDD
CNRS
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Doctorante
autre
Tél : 04 72 44 81 42
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Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
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Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
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Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
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Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 511 à 540 sur 963 au total
Iron-sulfur (Fe/S) protein biogenesis: phylogenomic and genetic studies of A-type carriers
PLoS Genetics . 5 : 261-268
Article dans une revue
voir la publicationQri7/OSGEPL the mitochondrial version of the universal Kae1/YgjD protein is essential for mitochondrial genome maintenance
Nucleic Acids Research . 37 : 5343-52
Article dans une revue
voir la publicationComparison of alignment free string distances for complete genome phylogeny
Advances in Data Analysis and Classification . 3 : 95-108
Article dans une revue
voir la publicationModeling of 2-D DNA display.
Electrophoresis . 30 ( 21 ) : 3649-56
Article dans une revue
voir la publicationFull-Length Genome Characterization of a Novel Simian Immunodeficiency Virus Lineage (SIVolc) from Olive Colobus (Procolobus verus) and New SIVwrcPbb Strains from Western Red Colobus (Piliocolobus badius badius) from the Taï Forest in Ivory Coast
Journal of Virology . 83 ( 1 ) : 428-439
DOI: 10.1128/JVI.01725-08
Article dans une revue
voir la publicationGenomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila.
FASEB Journal . 23 ( 5 ) : 1482-9
DOI: 10.1096/fj.08-123513
Article dans une revue
voir la publicationThe evolutionary dynamics of the Helena retrotransposon revealed by sequenced Drosophila genomes.
BMC Evolutionary Biology . 9 : 174
Article dans une revue
voir la publicationQri7/OSGEPL, the mitochondrial version of the universal Kae1/YgjD protein, is essential for mitochondrial genome maintenance.
Nucleic Acids Research . : epub ahead of print
DOI: 10.1093/nar/gkp557
Article dans une revue
voir la publicationComputational Methods for Evaluating Phylogenetic Models of Coding Sequence Evolution with Dependence between Codons
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 7 ) : 1663 - 1676
Article dans une revue
voir la publicationIn Retrospect: Lamarck's treatise at 200
Nature . 460 ( 7256 ) : 688-689
DOI: 10.1038/460688a
Article dans une revue
voir la publicationDifferential retention of metabolic genes following whole-genome duplication
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 5 ) : 1067-1072
Article dans une revue
voir la publicationDatabases of Homologous Gene Families for Comparative Genomics
BMC Bioinformatics . 10 (Suppl.6) :S3 : 13
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of the mitochondrial ribosomal proteome
16th Annual Meeting of the Society of Molecular Biology and Evolution (SMBE'08) .
Poster
voir la publicationDynamic nature of the proximal AZFc region of the human Y chromosome: multiple independent deletion and duplication events revealed by microsatellite analysis.
Human Mutation . 29 ( 10 ) : 1171-80
DOI: 10.1002/humu.20757
Article dans une revue
voir la publicationTranscription-Induced Mutational Strand Bias and Its Effect on Substitution Rates in Human Genes
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 1 ) : 131-142
Article dans une revue
voir la publicationSex-specific genetic structure and social organization in Central Asia: insights from a multi-locus study.
PLoS Genetics . 4 ( 9 ) : e1000200
Article dans une revue
voir la publicationAncient bacteria liked it hot
Nature . 451 : 635-636
DOI: 10.1038/451635a
Article dans une revue
voir la publicationISG20L2, a novel vertebrate nucleolar exoribonuclease involved in Ribosome biogenesis.
Molecular and Cellular Proteomics . 7 : epub ahead of print
Article dans une revue
voir la publicationTranslational control of intron splicing in eukaryotes
Nature . 451 ( 7176 ) : 359-362
DOI: 10.1038/nature06495
Article dans une revue
voir la publicationBiased Gene Conversion and its Impact on Human Genome Evolution
incollection . -- : 273-277
Article dans une revue
voir la publicationRemote access to ACNUC nucleotide and protein sequence databases at PBIL
Biochimie . 90 ( 4 ) : 555-562
Article dans une revue
voir la publicationPolymorphism of the Staphylococcus aureus Panton-Valentine LeukocidinGenes and Its Possible Link with the Fitness of Community-Associated Methicillin-Resistant S. aureus
Journal of Infectious Diseases . 198 ( 5 ) : 792-794
DOI: 10.1086/590914
Article dans une revue
voir la publicationAcquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54 C5)methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer
Molecular Microbiology . 67 : 323-335
Article dans une revue
voir la publicationGiant viruses giant chimeras: The multiple evolutionary histories of Mimivirus genes
BMC Evolutionary Biology . 8 : 1-7
Article dans une revue
voir la publicationAcquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54, C5)-methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer.
Molecular Microbiology . 67 ( 2 ) : 323-35
Article dans une revue
voir la publicationExploring the FL-160-CRP gene family through sequence variability of the complement regulatory protein (CRP) expressed by the trypomastigote stage of Trypanosoma cruzi.
Infection, Genetics and Evolution . 8 ( 3 ) : 258-66
Article dans une revue
voir la publicationQuantitative predictions for DNA two-dimensional display according to size and nucleotide sequence composition
Electrophoresis . 29 ( 6 ) : 1264 - 1272
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic Mixture Models for Proteins
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 363 : 3965-3976
Article dans une revue
voir la publicationBayesian Comparisons of Codon Substitution Models
Genetics . 180 ( 3 ) : 1579-1591
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voir la publicationBayesian computation for statistical models with intractable normalizing constants
Pré-publication
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