Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Stagiaire
CNRS
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Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Ingénieur de recherche CDD
CNRS
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Doctorante
autre
Tél : 04 72 44 81 42
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Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Stagiaire
UCBL
Stagiaire
UCBL
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
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Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Stagiaire
UCBL
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
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Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Stagiaire
UCBL
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Chercheur invité
UCBL
Stagiaire
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 691 à 720 sur 952 au total
CAT : Un Modèle Phylogénétique Bayésien permettant de prendre en compte l'Hétérogénéité des Processus de Substitution entre Sites dans les Alignements Protéiques
Biosystema 22 . 22 : 97-104
Chapitre d'ouvrage
voir la publication$Psi$-$Phi$: Exploring the outer limits of bacterial pseudogenes
Genome Research . 14 : 2273-2278
Article dans une revue
voir la publicationInvertebrate Data Predict an Early Emergence of Vertebrate Fibrillar Collagen Clades and an Anti-incest Model
Journal of Biological Chemistry . 279 ( 46 ) : 47711-47719
Article dans une revue
voir la publicationPhysical and transcript map of the autosomal dominant colobomatous microphthalmia locus on chromosome 15q12-q15 and refinement to a 4.4 Mb region.
European Journal of Human Genetics . ( 12 ) : 574-578
Article dans une revue
voir la publicationEvidence of a high rate of selective sweeps in African Drosophila melanogaster
Genetics . 163 : 599-609
Article dans une revue
voir la publicationDemography and natural selection have shaped genetic variation in Drosophila melanogaster: a multi-locus approach
Genetics . 165 : 1269-1278
Article dans une revue
voir la publicationPower of neutrality tests to detect bottlenecks and hitchhiking
Journal of Molecular Evolution . 57 : S190-S200
Article dans une revue
voir la publicationMitochondrial DNA evidence for admixed origins of central Siberian populations
American Journal of Physical Anthropology . 120 ( 3 ) : 211-224
Article dans une revue
voir la publicationNeutral effect of recombination on base composition in Drosophila
Genetical Research . 81 : 79-89
Article dans une revue
voir la publicationPlacenta-Specific INSL4 Expression Is Mediated by a Human Endogenous Retrovirus Element
Biology of Reproduction . 68 : 1422-1429.
Article dans une revue
voir la publicationPatterns of selection against transposons inferred from the distribution of Tc1 Tc3 and Tc5 insertions in the mut-7 line of the nematode Caenorhabditis elegans
Genetics . 165 : 1127-1135
Article dans une revue
voir la publicationG+C3 structuring along the genome: a common feature in prokaryotes
Molecular Biology and Evolution . 20 : 471-483
Article dans une revue
voir la publicationThe source of laterally transferred genes in bacterial genomes
Genome Biology . 4 : R57.1-R57.12
Article dans une revue
voir la publicationRTKdb: database of Receptor Tyrosine Kinase
Nucleic Acids Research . 31 : 353-358
Article dans une revue
voir la publicationQuelques problèmes statistiques rencontrés dans l`estimation de la température minimale de croissance de Listeria monocytogenes
Revue de Statistique Appliquée . LI : 59-71
Article dans une revue
voir la publicationMgtC as a horizontally-acquired virulence factor of intracellular bacterial pathogens: evidence from molecular phylogeny and comparative genomics.
Journal of Molecular Evolution . 57 ( 4 ) : 479-86
Article dans une revue
voir la publicationFrom gene trees to organismal phylogeny in prokaryotes: the case of the gamma-Proteobacteria
PLoS Biology . 1 ( 1 ) : 101-109
Article dans une revue
voir la publicationSequence divergence within transposable element families in the Drosophila melanogaster genome
Genome Research . 13 : 1889-1896
Article dans une revue
voir la publicationIntegrated databanks access and sequence/structure analysis services at the PBIL.
Nucleic Acids Research . 31 ( 13 ) : 3393-3399
DOI: 10.1093/nar/gkg530
Article dans une revue
voir la publicationPatterns of selection against transposons inferred from the distribution of Tc1, Tc3 and Tc5 insertions in the mut-7 line of the nematode Caenorhabditis elegans.
Genetics . 165 ( 3 ) : 1127-35
Article dans une revue
voir la publicationROSO: a software to search optimized oligonucleotide probes for microarrays
14. Rencontres Régionales de la Recherche .
Poster
voir la publicationSubcellular localization of 14-3-3 proteins in Toxoplasma gondii tachyzoites and evidence for a lipid raft-associated form
FEMS Microbiology Letters . 224 ( 2 ) : 161-168
Article dans une revue
voir la publicationSubcellular localization of 14-3-3 proteins in Toxoplasma gondii tachyzoites and evidence for a lipid raft-associated form
FEMS Microbiology Letters . 224 : 161-168.
Article dans une revue
voir la publicationPatterns of selection against transposons inferred from the distribution of Tcl, Tc3 and Tc5 insertions in the mut-7 line of the nematode Caenorhabditis elegans.
Genetics . ( 165 ) : 1127-1135
Article dans une revue
voir la publicationUse of Correspondence Discriminant Analysis to predict the subcellular location of bacterial proteins
Computer Methods and Programs in Biomedicine . 70 : 99-105
Article dans une revue
voir la publicationCross-platform comparison and visualisation of gene expression data using co-inertia analysis
BMC Bioinformatics . 4 : 1-15
Article dans une revue
voir la publicationBIBI a bioinformatics bacterial identification tool
Journal of Clinical Microbiology . 41 : 1785-1787
Article dans une revue
voir la publicationRTKdb: database of Receptor Tyrosine Kinase.
Nucleic Acids Research . 31 ( 1 ) : 353-8
Article dans une revue
voir la publicationA method to study the microscale 3-D spatial distribution of Bacteria in soil.
Mycological Research . 107 : 1221-1230
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic analysis of proteins homologous to the Salmonella MgtC virulence factor
ASM Conference on Salmonella: Pathogenesis, Epidemiology, and Vaccine Development .
Acte de congrès
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