Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Doctorante
autre
Tél : 04 72 44 81 42
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 751 à 780 sur 962 au total
A mathematical method for determining genome divergence and species delineation using AFLP
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 : 573-586
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voir la publicationNUREBASE: database of nuclear hormone receptors
Nucleic Acids Research . 30 : 364-368
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voir la publicationAutomatic RNA secondary structure prediction with a comparative approach
Journal of Computational Chemistry . 26 ( 5 ) : 521-530
Article dans une revue
voir la publicationFunctional and evolutionary analysis of a eukaryotic parasitic genome
Current Opinion in Microbiology . 5 : 499-505
Article dans une revue
voir la publicationModeling the Lag Time of Listeria monocytogenes from Viable Count Enumeration and Optical Density Data
Applied and Environmental Microbiology . 68 : 5816-5825
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voir la publicationThe relative abundance of dinucleotides in transposable elements in five species
Molecular Biology and Evolution . 19 : 964-967
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voir la publicationCodon usage by transposable elements and their host genes in five species
Journal of Molecular Evolution . 54 : 625-637
Article dans une revue
voir la publicationHaplotype tests using coalescent simulations conditional on the number of segregating sites
Molecular Biology and Evolution . 18 : 1136-1138
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voir la publicationOrganisation Fonctionnement et Evolution des Génomes de Métazoaires : Mais où est donc passée la sélection naturelle ?
incollection . -- : 287-289
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voir la publicationWhy do genes have introns? Recombination might add a new piece to the puzzle
Trends in Genetics . 17 : 172-175
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voir la publicationAnalysis of pFQ31 a 8551-bp cryptic plasmid from the symbiotic nitrogen-fixing actinomycete Frankia
FEMS Microbiology Letters . 197 : 111-116
Article dans une revue
voir la publicationLipid phosphate phosphatases in Arabidopsis. Regulation of the AtLPP1 gene in response to stress
Journal of Biological Chemistry . 276 ( 23 ) : 20300-20308
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voir la publicationSpatial Modeling of Nitrifier Microhabitats in Soil
Soil Science Society of America Journal . 65 ( 6 ) : 1709
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voir la publicationComparaison de séquences d'éléments transposables et de gènes d'hôte chez cinq espèces : A. thaliana, C. elegans, D. melanogaster, H. sapiens et S. cerevisiae
Thèse
voir la publicationDoes recombination improve selection on codon usage? Lessons from nematode and fly complete genomes
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 98 : 5688-5692
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voir la publicationDeterminants of CpG islands: expression in early embryo and isochore structure
Genome Research . 11 : 1854-1860
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voir la publicationSynonymous codon usage accuracy of translation and gene length in Caenorhabditis elegans
Journal of Molecular Evolution . 52 : 275-280
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voir la publicationGC-content evolution in mammalian genomes: the biased gene conversion hypothesis
Genetics . 159 : 907-911
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voir la publicationPlant Physiol.A Medicago truncatula homoglutathione synthetase is derived from glutathione synthetase by gene duplication
Plant Physiology . 126 : 1706-1715
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voir la publicationThe elevated GC content at exonic third sites is not evidence against neutralist models of isochore evolution
Molecular Biology and Evolution . 18 : 757-762
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voir la publicationIntragenomic base content variation is a potential source of biases when searching for horizontally transferred genes
Molecular Biology and Evolution . 18 ( 9 ) : 1838-1840
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voir la publicationNrh, a human homologue of Nr-13 associates with Bcl-Xs and is an inhibitor of apoptosis
Oncogene . 20 : 5846-5855
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voir la publicationMolecular evidence for the existence of two species of Marteilia in Europe
Journal of Eukaryotic Microbiology . 48 ( 4 ) : 449-454
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voir la publicationGenome sequence and gene compaction of the eukaryote parasite Encephalitozoon cuniculi
Nature . 414 : 450-453
DOI: 10.1038/35106579
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voir la publicationA mathematical model describing the thermal virus inactivation
Vaccine . 19 : 3575-3582
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voir la publicationComparaison de séquences d`éléments transposables et de gènes d`hôtes chez cinq espèces : A. Thaliana C. Elegans D. Melanogaster H. Sapiens S. Cerevisiae
incollection . -- : 347-354
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voir la publicationSmall-subunit rRNA genotyping of rhizobia nodulating Australian Acacia spp.
Applied and Environmental Microbiology . 67 ( 1 ) : 396-402
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voir la publicationFitness and competitive growth advantage of new gentamicin-susceptible MRSA clones spreading in French hospitals
Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 47 ( 3 ) : 277-283
DOI: 10.1093/jac/47.3.277
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voir la publicationGene flow in a facultative apomictic poacea the savanna grass Hyparrhenia diplandra
Genetics . 156 : 823-831
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voir la publicationSelective sweep near the In(2L)t inversion breakpoint in an African population of Drosophila melanogaster
Genetical Research . 76 : 149-158
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