Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Doctorante
autre
Tél : 04 72 44 81 42
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 781 à 810 sur 962 au total
Identification and molecular analysis of BANP
Gene . 253 ( 2 ) : 189-196
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voir la publicationEuGene an eurocaryotic gene finder that combines several sources of evidence
Journées ouvertes biologie informatique mathématiques .
Acte de congrès
voir la publicationtRNA gene number and codon usage in the C. elegans genome are co-adapted for optimal translation of highly expressed genes
Trends in Genetics . 16 : 287-289
Article dans une revue
voir la publicationHOBACGEN: database system for comparative genomics in bacteria
Genome Research . 10 : 379-385
DOI: 10.1101/gr.10.3.379
Article dans une revue
voir la publicationThe covariation between TpA deficiency CpG deficiency and G+C content of human isochores is due to a mathematical artifact
Molecular Biology and Evolution . 17 : 1620-1625
Article dans une revue
voir la publicationNature and structure of human genes that generate retropseudogenes
Genome Research . 10 : 672-678
Article dans une revue
voir la publicationDeterminants of substitution rates in mammalian genes: expression pattern affects selection intensity but not mutation rate
Molecular Biology and Evolution . 17 : 68-74
Article dans une revue
voir la publicationUse of a TT virus ORF1 recombinant protein to detect anti-TT virus antibodies in human sera
Journal of General Virology . 81 : 2949-2958
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voir la publicationThe Enhanced Microbial Genomes Library
Nucleic Acids Research . 27 : 63-65
Article dans une revue
voir la publicationEMGLib: the enhanced microbial genomes library (update 2000)
Nucleic Acids Research . 28 ( 1 ) : 68-71
DOI: 10.1093/nar/28.1.68
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic analysis of the small subunit ribosomal RNA of Marteilia refringens validates the existence of phylum Paramyxea (Desportes and Perkins 1990)
Journal of Eukaryotic Microbiology . 47 ( 3 ) : 288-293
Article dans une revue
voir la publicationCodon usage and the origin of P elements
Molecular Biology and Evolution . 17 : 467-468
Article dans une revue
voir la publicationTransposons but not retrotransposons are located preferentially in regions of high recombination rate in Caenorhabditis elegans
Genetics . 156 : 1661-1669
Article dans une revue
voir la publicationChromosomal distribution and coding capacity of the human endogenous retrovirus HERV-W family
AIDS Research and Human Retroviruses . 16 : 731-740
Article dans une revue
voir la publicationMultiple alignments for structural functional or phylogenetic analyses of homologous sequences
incollection . -- : 51-76
Article dans une revue
voir la publicationSequence of the Small Subunit Ribosomal RNA Gene of Perkinsus atlanticus-like Isolated from Carpet Shell Clam in Galicia Spain
Marine Biotechnology . 2 : 419-428
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voir la publicationPhylogénies moléculaires et génomes
incollection . 206 : 50-53
Article dans une revue
voir la publicationThe evolutionary history of ribosomal protein RpS14: horizontal gene transfer at the heart of the ribosome
Trends in Genetics . 16 ( 12 ) : 529-533
Article dans une revue
voir la publicationAbsence of translationally selected synonymous codon usage bias in Helicobacter pylori.
Microbiology . 146 ( Pt 4) : 851-60
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voir la publicationMolecular Systematics of sponges (Porifera)
Hydrobiologia . 420 ( 1 ) : 15-27
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voir la publicationA nonhyperthermophilic common ancestor to extant life forms
Science . 283 ( 5399 ) : 220-221
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voir la publicationAccounting for evolutionary rate variation among sequence sites consistently changes universal phylogenies deduced from rRNA and protein-coding genes
Molecular Phylogenetics and Evolution . 13 : 159-168
Article dans une revue
voir la publicationCharacterization of Unexpected Growth of Escherichia coli O157:H7 by Modeling
Applied and Environmental Microbiology . 65 : 5322-5327
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voir la publicationA model describing the relationship between regrowth lag time and mild temperature increase for Listeria monocytogenes
International Journal of Food Microbiology . 46 : 251-261
Article dans une revue
voir la publicationSynonymous codon usage variation among Giardia lamblia genes and isolates.
Molecular Biology and Evolution . 16 ( 11 ) : 1484-95
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voir la publicationRetrotransposons and retroviruses: analysis of the envelope gene
Molecular Biology and Evolution . 16 : 1198-1207
Article dans une revue
voir la publicationRegulation of dauer larva development in Caenorhabditis elegans by daf-18, a homologue of the tumour suppressor PTEN
Current Biology - CB . 9 ( 6 ) : 329-334
Article dans une revue
voir la publicationHuman and nematode orthologs--lessons from the analysis of 1800 human genes and the proteome of Caenorhabditis elegans
Gene . 238 : 163-170
Article dans une revue
voir la publicationMolecular characterization and placental expression of HERV-W a new human endogenous retrovirus family
Journal of Virology . 73 : 1175-1185
Article dans une revue
voir la publicationHOVERGEN: comparative analysis of homologous vertebrate genes
incollection . 978-0-7923-8573-8 : 21-35
Chapitre d'ouvrage
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