Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Doctorante
autre
Tél : 04 72 44 81 42
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 811 à 840 sur 962 au total
Expression pattern and surprisingly gene length shape codon usage in Caenorhabditis Drosophila and Arabidopsis
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 96 : 4482-4487
Article dans une revue
voir la publicationJaDis: computing distances between nucleic acid sequences
Bioinformatics . 15 : 424-425
Article dans une revue
voir la publicationIs the evolution of transposable elements modular?
Genetica . 107 : 15-25
Article dans une revue
voir la publicationProteome composition and codon usage in spirochaetes: species-specific and DNA strand-specific mutational biases.
Nucleic Acids Research . 27 ( 7 ) : 1642-9
Article dans une revue
voir la publicationNew insulin-like proteins with atypical disulfide bond pattern characterized in Caenorhabditis elegans by comparative sequence analysis and homology modeling
Genome Research . 8 : 348-353
Article dans une revue
voir la publicationHighly conserved RNA sequences that are sensors of environmental stress
Molecular and Cellular Biology . 18 : 7371-7382
Article dans une revue
voir la publicationSensitivity of the relative-rate test to taxonomic sampling
Molecular Biology and Evolution . 15 ( 9 ) : 1091-1098
Article dans une revue
voir la publicationMicrosporidia amitochondrial protists possess a 70-kDa heat shock protein gene of mitochondrial evolutionary origin
Molecular Biology and Evolution . 15 : 683-689
Article dans une revue
voir la publicationSaccharomyces boulardii Fungemia in a Patient Receiving Ultra‐levure Therapy
Clinical Infectious Diseases . 27 ( 1 ) : 222-223
DOI: 10.1086/517685
Article dans une revue
voir la publicationMolecular diversity of rhizobia occurring on native shrubby legumes in southeastern Australia
Applied and Environmental Microbiology . 64 ( 10 ) : 3989-97
Article dans une revue
voir la publicationWhat is the state of the art in molecular systematics of marine Porifera ?
Hydrobiologia .
Acte de congrès
voir la publicationThe non-redundant Bacillus subtilis (NRSub) database: update 1998
Nucleic Acids Research . 26 ( 1 ) : 60-62
DOI: 10.1093/nar/26.1.60
Article dans une revue
voir la publicationMultiple sequence alignment with Clustal X
Trends in Biochemical Sciences . 23 ( 10 ) : 403-405
Article dans une revue
voir la publicationInferring pattern and process: maximum-likelihood implementation of a nonhomogeneous model of DNA sequence evolution for phylogenetic analysis
Molecular Biology and Evolution . 15 ( 7 ) : 871-879
Article dans une revue
voir la publicationMicrosporidian Encephalitozoon cuniculi a unicellular eukaryote with an unusual chromosomal dispersion of ribosomal genes and a LSU rRNA reduced to the universal core
Nucleic Acids Research . 26 : 3513-3520
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic analysis and genome size of Ostreococcus tauri (Chlorophyta Prasinophyceae)
Journal of Phycology . 34 : 844-849
Article dans une revue
voir la publicationModel of the influence of time and mild temperature on Listeria monocytogenes nonlinear survival curves
International Journal of Food Microbiology . 40 : 185-195
Article dans une revue
voir la publicationNEURAL NETWORKS AS AN ALTERNATIVE METHOD FOR PREDICTING BACTERIAL GROWTH RATE FROM THE BEGINNING OF A GROWTH CURVE
Industrial Applications of Neural Networks . : 451-457
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationSearching for regulatory elements in human noncoding sequences
Current Opinion in Structural Biology . 7 : 399-406
Article dans une revue
voir la publicationThe NRSub database: update 1997
Nucleic Acids Research . 25 : 53-56
Article dans une revue
voir la publicationExtreme differences in rates of molecular evolution of foraminifera revealed by comparison of ribosomal DNA sequences and the fossil record
Molecular Biology and Evolution . 14 ( 5 ) : 498-505
Article dans une revue
voir la publicationInfluence of atmospheric conditions during incubation on the susceptibilities of Streptococcus pneumoniae isolates to five beta- lactam antibiotics
Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 40 ( 4 ) : 599-601
DOI: 10.1093/jac/40.4.599
Article dans une revue
voir la publicationSimple relationship between acid dissociation constant and minimal pH for microbial growth in laboratory medium
International Journal of Food Microbiology . 35 ( 1 ) : 75-81
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary affinities of the order Perissodactyla and the phylogenetic status of the superordinal taxa Ungulata and Altungulata
Molecular Phylogenetics and Evolution . 7 ( 2 ) : 195-200
Article dans une revue
voir la publicationCloning of the mouse BTG3 gene and definition of a new gene family (the BTG family) involved in the negative control of the cell cycle
Leukemia . 11 ( 3 ) : 370-375
Article dans une revue
voir la publicationCloning and characterization of a gene encoding a novel immunodominant antigen of Trypanosoma cruzi
Molecular and Biochemical Parasitology . 87 : 193-204
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary distances between nucleotide sequences based on the distribution of substitution rates among sites as estimated by parsimony
Molecular Biology and Evolution . 14 ( 3 ) : 287-298
Article dans une revue
voir la publicationReappraisal of the effect of temperature on the growth kinetics of Aeromonas salmonicida
Letters in Applied Microbiology . 25 : 363-366
Article dans une revue
voir la publicationA model describing the relationship between lag time and mild temperature increase duration
International Journal of Food Microbiology . 38 : 157-167
Article dans une revue
voir la publicationHomogeneous Two-Site Immunometric Assay Kinetics as a Theoretical Tool for Data Analysis
Analytical Biochemistry . 251 ( 1 ) : 79-88
Article dans une revue
voir la publication