Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Doctorante
autre
Tél : 04 72 44 81 42
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 871 à 900 sur 962 au total
Phylogenetic position of foraminifera inferred from LSU rRNA gene sequences
Molecular Biology and Evolution . 11 ( 6 ) : 929-938
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voir la publicationHOVERGEN: a database of homologous vertebrate genes
Nucleic Acids Research . 22 ( 12 ) : 2360-2365
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voir la publicationMolecular Phylogenetic Analysis of Nitrobacter spp
International Journal of Systematic Bacteriology . 44 ( 1 ) : 83-86
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voir la publicationHeterogeneity of hepatitis C virus genotypes in France
Journal of General Virology . 75 ( Pt 5) : 1063-1070
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voir la publicationPhylogenetic analysis and assessment of the genera Vibrio, Photobacterium, Aeromonas, and Plesiomonas deduced from small-subunit rRNA sequences.
International Journal of Systematic Bacteriology . 44 ( 3 ) : 416-26
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voir la publicationMathematical model of the interactions between Micrococcus spp. and Pseudomonas aeruginosa on agar surface
The Journal of applied bacteriology . 77 ( 6 ) : 727-732
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voir la publication[Post-antibiotic effect of three aminoglycosides against Klebsiella pneumoniae].
Pathologie Biologie . 42 ( 5 ) : 419-24
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voir la publicationAn accurate diffusion method for determining bacterial sensitivity to antibiotics
Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 34 ( 1 ) : 73-81
DOI: 10.1093/jac/34.1.73
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voir la publicationMolecular phylogeny of Eubacteria: a new multiple tree analysis method applied to 15 sequence data sets questions the monophyly of Gram-positive bacteria
Research in Microbiology . 145 ( 7 ) : 531-541
Article dans une revue
voir la publicationColiGene: object-centered representation for the study of E coli gene expressivity by sequence analysis
Biochimie . 75 : 415-422
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voir la publicationBuilding large knowledge bases in molecular biology
In Proceedings of the First International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology . 1 : 345-353
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voir la publicationMorphological and molecular phylogeny of ophiuroids
Eigth International Echinoderm Conference .
Acte de congrès
voir la publicationAn analysis of partial 28S ribosomal RNA sequence suggests early radiations within the phylum Porifera
4th International Porifera Congress "Sponges in Time and Space" .
Acte de congrès
voir la publicationSequence analysis reveals that the BTG1 anti-proliferative gene is conserved throughout evolution in its coding and 3' non-coding regions
Gene . 129 ( 2 ) : 303-306
Article dans une revue
voir la publicationObject-oriented knowledge bases for the analysis of prokaryotic and eukaryotic genomes
In Proceedings of the 1st International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology . 1 : 319-327
Article dans une revue
voir la publicationAn unexpected correlation between cardinal temperatures of microbial growth highlighted by a new model
Journal of Theoretical Biology . 162 : 447-463
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voir la publicationActinomyces pyogenes: susceptibility of 103 clinical animal isolates to 22 antimicrobial agents
Veterinary Research . 24 ( 3 ) : 251-259
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voir la publicationMathematical model for comparison of time-killing curves.
Antimicrobial Agents and Chemotherapy . 37 ( 8 ) : 1685-1689
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voir la publicationAntimicrobial susceptibility testing of actinomyces pyogenes: Comparison of disk diffusion test and Api ATB Strep system with the Agar dilution method
Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 279 ( 3 ) : 377-386
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voir la publicationA statistical evaluation of the bactericidal effects of ceftibuten in combination with aminoglycosides and ciprofloxacin
Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 32 ( 5 ) : 685-694
DOI: 10.1093/jac/32.5.685
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voir la publicationMolecular phylogeny of the symbiotic actinomycetes of the genus Frankia matches host-plant infection processes.
Molecular Biology and Evolution .
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voir la publicationNucleotide sequence of nifD from Frankia alni strain ArI3: phylogenetic inferences
Molecular Biology and Evolution . 9 ( 3 ) : 495-506
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voir la publication[Comparative study of two systems for the determination of the sensitivity of yeasts to antifungal agents].
Pathologie Biologie . 40 ( 5 ) : 495-9
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voir la publicationGram-positive infections in neutropenic patients: glycopeptide antibiotic choice
Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 29 ( 4 ) : 462-463
DOI: 10.1093/jac/29.4.462
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voir la publicationComparative variation of morphological and molecular evolution through geologic time: 28S ribosomal RNA versus morphology in echinoids.
Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 338 ( 1286 ) : 365-82
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voir la publicationPhylogenetic analysis of the pathogenic anaerobe Clostridium perfringens using the 16S rRNA nucleotide sequence.
International Journal of Systematic Bacteriology . 42 ( 2 ) : 312-4
Article dans une revue
voir la publicationBTG1, a member of a new family of antiproliferative genes.
EMBO Journal . 11 ( 4 ) : 1663-1670
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voir la publicationInsect muscle actins differ distinctly from invertebrate and vertebrate cytoplasmic actins
Journal of Molecular Evolution . 34 : 406-415
DOI: 10.1007/BF00162997
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of the primate beta-globin gene region: nucleotide sequence of the delta-beta-globin intergenic region of gorilla and phylogenetic relationships between African apes and man
Journal of Molecular Evolution . 34 : 17-30
DOI: 10.1007/BF00163849
Article dans une revue
voir la publicationMonod's bacterial growth model revisited
Bulletin of Mathematical Biology . 54(1) : 117-122
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