Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Doctorante
autre
Tél : 04 72 44 81 42
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 151 à 180 sur 962 au total
Comparative Transcriptomics Analyses across Species, Organs, and Developmental Stages Reveal Functionally Constrained lncRNAs
Molecular Biology and Evolution .
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voir la publicationGC-biased gene conversion conceals the prediction of the nearly neutral theory in avian genomes
Genome Biology . 20 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of replication origins in vertebrate genomes: rapid turnover despite selective constraints
Nucleic Acids Research . 47 ( 10 ) : 5114-5125
DOI: 10.1093/nar/gkz182
Article dans une revue
voir la publicationPopulation genomics supports clonal reproduction and multiple independent gains and losses of parasitic abilities in the most devastating nematode pest
Evolutionary Applications . 13 : 1-16
DOI: 10.1111/eva.12881
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voir la publicationThe phytopathogenic nature of Dickeya aquatica 174/2 and the dynamic early evolution of Dickeya pathogenicity
Environmental Microbiology . 21 ( 8 ) : 2809-2835
Article dans une revue
voir la publicationFrancisella tularensis: FupA mutation contributes tofluoroquinolone resistance by increasing vesicle secretion and biofilm formation
Emerging microbes & infections . 8 ( 1 ) : 808-822
Article dans une revue
voir la publicationComparative genomics and proteogenomics highlight key molecular players involved in Frankia sporulation
Research in Microbiology . 170 ( 4-5 ) : 202-213
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary placement of Methanonatronarchaeia
Nature Microbiology .
Article dans une revue
voir la publicationGeneSpy, a user-friendly and flexible genomic context visualizer
Bioinformatics . 35 ( 2 ) : 329-331
Article dans une revue
voir la publicationArticle 5. L’émergence des eucaryotes : une mosaïque d’ADN
101 secrets de l’ADN. CNRS Éditions, Paris, pp 39-41 . : 39-41
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationRepeat in genomes: how and why you should consider them in genome analyses
Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology . 2 : 210-220
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDetecting adaptive convergent amino acid evolution
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 374 ( 1777 ) : 1-11
Article dans une revue
voir la publicationComplete human mtDNA genome sequences from Vietnam and the phylogeography of Mainland Southeast Asia
Scientific Reports . 8 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationGenetic structure and sex-biased gene flow in the history of southern African populations
American Journal of Physical Anthropology . 167 ( 3 ) : 656-671
DOI: 10.1002/ajpa.23694
Article dans une revue
voir la publicationMatriclans shape populations: Insights from the Angolan Namib Desert into the maternal genetic history of southern Africa
American Journal of Physical Anthropology . 165 ( 3 ) : 518-535
Article dans une revue
voir la publicationHigh-resolution mitochondrial DNA analysis sheds light on human diversity, cultural interactions, and population mobility in Northwestern Amazonia
American Journal of Physical Anthropology . 165 ( 2 ) : 238-255
Article dans une revue
voir la publicationStrong selection during the last millennium for African ancestry in the admixed population of Madagascar
Nature Communications . 9 ( 1 ) : 932
Article dans une revue
voir la publicationThe Comoros Show the Earliest Austronesian Gene Flow into the Swahili Corridor
American Journal of Human Genetics . 102 ( 1 ) : 58-68
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voir la publicationCultural Innovations Influence Patterns of Genetic Diversity in Northwestern Amazonia
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 11 ) : 2719-2735
Article dans une revue
voir la publicationBiased Inference of Selection Due to GC-Biased Gene Conversion and the Rate of Protein Evolution in Flycatchers When Accounting for It
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 10 ) : 2475-2486
Article dans une revue
voir la publicationSex‐biased gene expression, sexual antagonism and levels of genetic diversity in the collared flycatcher ( Ficedula albicollis ) genome
Molecular Ecology . 27 ( 18 ) : 3572-3581
DOI: 10.1111/mec.14789
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voir la publicationPositive selection on human gamete-recognition genes
PeerJ . 6 : e4259
DOI: 10.7717/peerj.4259
Article dans une revue
voir la publicationClose inbreeding and low genetic diversity in Inner Asian human populations despite geographical exogamy
Scientific Reports . 8 : 9397
Article dans une revue
voir la publicationA novel subfamily of bacterial AAT-fold basic amino acid decarboxylases and functional characterization of its first representative: Pseudomonas aeruginosa LdcA
Genome Biology and Evolution . 10 ( 11 ) : 3058-3075
DOI: 10.1093/gbe/evy228
Article dans une revue
voir la publicationUnbiased Estimate of Synonymous and Nonsynonymous Substitution Rates with Nonstationary Base Composition
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 3 ) : 734-742
Article dans une revue
voir la publicationPASTA repeats of the protein kinase StkP interconnect cell constriction and separation of Streptococcus pneumoniae
Nature Microbiology . 3 ( 2 ) : 197-209
Article dans une revue
voir la publicationObligate sugar oxidation in Mesotoga spp., phylum Thermotogae , in the presence of either elemental sulfur or hydrogenotrophic sulfate-reducers as electron acceptor
Environmental Microbiology . 20 ( 1 ) : 281-292
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voir la publicationLoss-of-Function Mutations in UNC45A Cause a Syndrome Associating Cholestasis, Diarrhea, Impaired Hearing, and Bone Fragility
American Journal of Human Genetics . 102 ( 3 ) : 364 - 374
Article dans une revue
voir la publicationConditional Approximate Bayesian Computation: A New Approach for Across-Site Dependency in High-Dimensional Mutation–Selection Models
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 11 ) : 2819-2834
Article dans une revue
voir la publication