Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
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Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Doctorante
autre
Tél : 04 72 44 81 42
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Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
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Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
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Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
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Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 271 à 300 sur 965 au total
Optimization of multiplexed RADseq libraries using low-cost adaptors
Genetica . 143 ( 2 ) : 139-143
Article dans une revue
voir la publicationAnalyse de 32 souches de Legionella pneumophila de sévérités variables afin d'identifier les déterminants de la pathogénicité
JOBIM 2015 - 16èmes Journées Ouvertes en BIologie, Informatique et Mathématiques .
Poster
voir la publicationEvolutionary history of phosphatidylinositol- 3-kinases: ancestral origin in eukaryotes and complex duplication patterns
BMC Evolutionary Biology . 15 : 226
Article dans une revue
voir la publicationMolecular and functional evolution of the fungal diterpene synthase genes
BMC Microbiology . 15 ( 1 ) : 221
Article dans une revue
voir la publicationleBIBIQBPP: a set of databases and a webtool for automatic phylogenetic analysis of prokaryotic sequences
BMC Bioinformatics . 16 ( 1 ) : 251
Article dans une revue
voir la publicationA Toolbox for Nonlinear Regression in R: The Package nistools
Journal of Statistical Software . 66 : 1-21
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of Helicobacter: Acquisition by Gastric Species of Two Histidine-Rich Proteins Essential for Colonization
PLoS Pathogens . 11 ( 12 ) : e1005312
Article dans une revue
voir la publicationExploration of Frankia genomes to identify genetic determinants involved in sporogenesis: Towards promising tracks to understand in plant sporuration
18th International Meeting on Frankia and Actinorhizal plants .
Poster
voir la publicationEvolution and Design Governing Signal Precision and Amplification in a Bacterial Chemosensory Pathway
PLoS Genetics . 11 ( 8 ) : e1005460
Article dans une revue
voir la publicationTaxonomy and Phylogeny of Prokaryotes
Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications . 978-94-017-9118-2 : 145-190
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDraft genome sequence of Mesotoga strain PhosAC3, a mesophilic member of the bacterial order Thermotogales, isolated from a digestor treating phosphogypsum in Tunisia
Standards in Genomic Sciences . 10
Article dans une revue
voir la publicationGenome-wide survey of two-component signal transduction systems in the plant growth-promoting bacterium Azospirillum
BMC Genomics . 16 : 833
Article dans une revue
voir la publicationExtending the conserved phylogenetic core of \textitarchaea disentangles the evolution of the third domain of life
Molecular Biology and Evolution . 32 : 1242-54
Article dans une revue
voir la publicationConstitutive arsenite oxidase expression detected in arsenic-hypertolerant Pseudomonas xanthomarina S11
Research in Microbiology . 166 : 205-14
Article dans une revue
voir la publicationDegeneration of the Nonrecombining Regions in the Mating-Type Chromosomes of the Anther-Smut Fungi
Molecular Biology and Evolution . 32 ( 4 ) : 928-943
Article dans une revue
voir la publicationChaos of Rearrangements in the Mating-Type Chromosomes of the Anther-Smut Fungus Microbotryum lychnidis-dioicae
Genetics . 200 ( 4 ) : 1275-1284
Article dans une revue
voir la publicationSex and parasites: genomic and transcriptomic analysis of Microbotryum lychnidis-dioicae, the biotrophic and plant-castrating anther smut fungus
BMC Genomics . 16 ( 461 ) : np
Article dans une revue
voir la publicationAn evolutionary link between capsular biogenesis and surface motility in bacteria
Nature Reviews Microbiology . 13 ( 5 ) : 318--326
DOI: 10.1038/nrmicro3431
Article dans une revue
voir la publicationThe two-domain tree of life is linked to a new root for the Archaea
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 112 : 6670-6675
Article dans une revue
voir la publicationThe Prediction and Validation of Small CDSs Expand the Gene Repertoire of the Smallest Known Eukaryotic Genomes
PLoS ONE . 10 ( 9 ) : 1-12
Article dans une revue
voir la publicationAssessing Recent Selection and Functionality at Long Noncoding RNA Loci in the Mouse Genome
Genome Biology and Evolution . 7 : 2432-44
DOI: 10.1093/gbe/evv155
Article dans une revue
voir la publicationProbabilistic models of eukaryotic evolution: time for integration
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 370 ( 1678 ) : 20140338
Article dans une revue
voir la publicationGenomic data do not support comb jellies as the sister group to all other animals
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 112 ( 50 ) : 15402-15407
Article dans une revue
voir la publicationToward more accurate ancestral protein genotype-phenotype reconstructions with the use of species tree-aware gene trees
Molecular Biology and Evolution . 32 : 13-22
Article dans une revue
voir la publicationOccurrence of a non deleterious gene conversion event in the BRCA1 gene
Genes, Chromosomes & Cancer . 54 : 646-52
DOI: 10.1002/gcc.22278
Article dans une revue
voir la publicationHuman genetic data reveal contrasting demographic patterns between sedentary and nomadic populations that predate the emergence of farming
European Journal of Human Genetics . 22 ( 10 ) : 1201-1207
Article dans une revue
voir la publicationEstimation of the RNU2 macrosatellite mutation rate by BRCA1 mutation tracing
Nucleic Acids Research . 42 ( 14 ) : 9121-30
DOI: 10.1093/nar/gku639
Article dans une revue
voir la publicationTracing Pastoralist Migrations to Southern Africa with Lactase Persistence Alleles
Current Biology - CB . 24 ( 8 ) : 875-879
Article dans une revue
voir la publicationAncient west Eurasian ancestry in southern and eastern Africa
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 111 ( 7 ) : 2632-2637
Article dans une revue
voir la publicationUnraveling the complex maternal history of southern African Khoisan populations
American Journal of Physical Anthropology . 153 ( 3 ) : 435-448
Article dans une revue
voir la publication