Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 871 à 900 sur 1005 au total

Searching for regulatory elements in human noncoding sequences

L. Duret, P. Bucher

Current Opinion in Structural Biology . 7 : 399-406

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The NRSub database: update 1997

G. Perrière, I. Moszer, T. Gojobori

Nucleic Acids Research . 25 : 53-56

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Extreme differences in rates of molecular evolution of foraminifera revealed by comparison of ribosomal DNA sequences and the fossil record

J. Pawlowski, I. Bolivar, J.F. Fahrni, C. de Vargas, Manolo Gouy, L. Zaninetti

Molecular Biology and Evolution . 14 ( 5 ) : 498-505

DOI: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025786

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Influence of atmospheric conditions during incubation on the susceptibilities of Streptococcus pneumoniae isolates to five beta- lactam antibiotics

M. Chomarat, L. Chollet, M. Peyret, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 40 ( 4 ) : 599-601

DOI: 10.1093/jac/40.4.599

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Simple relationship between acid dissociation constant and minimal pH for microbial growth in laboratory medium

Jean-Pierre Flandrois, L. Rosso, E. Zuber, C. Pichat

International Journal of Food Microbiology . 35 ( 1 ) : 75-81

DOI: 10.1016/S0168-1605(96)01231-7

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Evolutionary affinities of the order Perissodactyla and the phylogenetic status of the superordinal taxa Ungulata and Altungulata

D. Graur, Manolo Gouy, L. Duret

Molecular Phylogenetics and Evolution . 7 ( 2 ) : 195-200

DOI: 10.1006/mpev.1996.0391

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Cloning of the mouse BTG3 gene and definition of a new gene family (the BTG family) involved in the negative control of the cell cycle

F Guéhenneux, L. Duret, Mb Callanan, R Bouhas, S Hayette, C Berthet...

Leukemia . 11 ( 3 ) : 370-375

DOI: 10.1038/sj.leu.2400599

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Cloning and characterization of a gene encoding a novel immunodominant antigen of Trypanosoma cruzi

M. Lesenechal, L. Duret, M.I. Cano, R.A. Mortara, M. Jolivet, M.E. Camargo...

Molecular and Biochemical Parasitology . 87 : 193-204

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Evolutionary distances between nucleotide sequences based on the distribution of substitution rates among sites as estimated by parsimony

N.J. Tourasse, Manolo Gouy

Molecular Biology and Evolution . 14 ( 3 ) : 287-298

DOI: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025764

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Reappraisal of the effect of temperature on the growth kinetics of Aeromonas salmonicida

V. Guérin-Faublée, Sandrine Charles, M. Chomarat, Jean-Pierre Flandrois

Letters in Applied Microbiology . 25 : 363-366

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A model describing the relationship between lag time and mild temperature increase duration

S. Breand, G. Fardel, Jean-Pierre Flandrois, L. Rosso, R. Tomassone

International Journal of Food Microbiology . 38 : 157-167

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Homogeneous Two-Site Immunometric Assay Kinetics as a Theoretical Tool for Data Analysis

Emmanuel Zuber, Gérard Mathis, Jean-Pierre Flandrois

Analytical Biochemistry . 251 ( 1 ) : 79-88

DOI: 10.1006/abio.1997.2243

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A Descriptive Model for the Kinetics of a Homogeneous Fluorometric Immunoassay

Emmanuel Zuber, Laurent Rosso, Bruno Darbouret, Françoise Socquet, Gérard Mathis, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Immunoassay and Immunochemistry . 18 ( 1 ) : 21-47

DOI: 10.1080/01971529708005803

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The particular behaviour of Listeria monocytogenes under sub-optimal conditions

S. Bajard, L. Rosso, G. Fardel, J.P. Flandrois

International Journal of Food Microbiology . 29 ( 2-3 ) : 201-211

DOI: 10.1016/0168-1605(95)00031-3

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Phylogenetic position of the order Lagomorpha (rabbits hares and allies)

D. Graur, L. Duret, Manolo Gouy

Nature . 379 : 333-335

DOI: 10.1038/379333a0

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On-line tools for sequence retrieval and multivariate statistics in molecular biology

G. Perrière, J. Thioulouse

Computer Applications in the Biosciences . 12 : 63-69

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SEAVIEW and PHYLO_WIN: two graphic tools for sequence alignment and molecular phylogeny

N. Galtier, Manolo Gouy, Christian Gautier

Bioinformatics . 12 ( 6 ) : 543-548

DOI: 10.1093/bioinformatics/12.6.543

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Application of a modified disc diffusion technique to antimicrobial susceptibility testing of Vibrio anguillarum and Aeromonas salmonicida clinical isolates

V. Guerin-Faublée, Marie Laure Delignette-Muller, M. Vigneulle, Jean-Pierre Flandrois

Veterinary Microbiology . 51 : 137-149

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Differential growth of Listeria monocytogenes at 4 and 8°C: Consequences for the Shelf Life of Chilled Products

L. Rosso, S. Bajard, Jean-Pierre Flandrois, C. Lahellec, J. Fournaud, P. Veit

Journal of Food Protection . 59 ( 9 ) : 944-949

DOI: 10.4315/0362-028X-59.9.944

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Evaluation of an expert system linked to a rapid antibiotic susceptibility testing system for the detection of β-lactam resistance phenotypes

Jean-Pierre Flandrois, G. Vedel, M. Peyret, J.P. Gayral, Patrick Millot

Research in Microbiology . 147 ( 4 ) : 297-309

DOI: 10.1016/0923-2508(96)81390-8

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The particular behaviour of Listeria monocytogenes under sub-optimal conditions

S. Bajard, L. Rosso, G. Fardel, Jean-Pierre Flandrois

International Journal of Food Microbiology . 29 : 201-211

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Use of mathematics and statistics in nutrition modelling

G Ciuperca, R Tomassone, Jp Flandrois

Annales de zootechnie . 45 ( Suppl1 ) : 143-152

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Correspondence discriminant analysis: a multivariate method for comparing classes of protein and nucleic acid sequences

G. Perrière, J.R. Lobry, J. Thioulouse

Computer Applications in the Biosciences . 12 : 519-524

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LALNVIEW: a graphical viewer for pairwise sequence alignments

L. Duret, E. Gasteiger, G. Perrière

Computer Applications in the Biosciences . 12 : 507-510

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NRSub: a non-redundant database for Bacillus subtilis

G. Perrière, I. Moszer, T. Gojobori

Nucleic Acids Research . 24 : 41-45

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Early origin of foraminifera suggested by SSU rRNA gene sequences

J. Pawlowski, I. Bolivar, J.F. Fahrni, T. Cavalier-Smith, Manolo Gouy

Molecular Biology and Evolution . 13 ( 3 ) : 445-450

DOI: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025605

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Sequence heterogeneities among 16S ribosomal RNA sequences, and their effect on phylogenetic analyses at the species level.

Valérie Cilia, Bénédicte Lafay, Richard Christen

Molecular Biology and Evolution . 13 ( 3 ) : 451-61

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An economic approach to the MIC.

M. Delignette-Muller, Jean-Pierre Flandrois, Catherine Chapuis

Zentralblatt fur Bakteriologie : international journal of medical microbiology . 284 ( 1 ) : 67-74

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Isolation and characterization of a cDNA encoding a chicken actin-like protein

J.J. Michaille, Manolo Gouy, Simon Blanchet, L. Duret

Gene . 154 ( 2 ) : 205-209

DOI: 10.1016/0378-1119(94)00865-P

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