Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 721 à 750 sur 1006 au total

ROSO : Research on Optimized Oligonucleotide Probes for Microarrays

N. Reymond, H. Charles, L. Duret, Federica Calevro, G. Beslon, J.-M. Fayard

Bioinformatics . 20 : 271-273

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Grid as a bioinformatic tool

N. Jacq, Christophe Blanchet, C. Combet, E. Cornillot, L. Duret, K. Kurata...

Parallel Computing . 30 : 1093-1107

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Update of NUREBASE: nuclear hormone receptor functional genomics

D. Ruau, J. Duarte, T. Ourjdal, G. Perrière, V. Laudet, M. Robinson-Rechavi

Nucleic Acids Research . 32 : D165-D167

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Update of NUREBASE : nuclear hormone receptor functional genomics

D. Ruau, J. Duarte, T. Ourjdal, Guy Perrière, V. Laudet, M. Robinson-Rechavi

Nucleic Acids Research . 32 : D165-D167

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Phylogenetic analysis of the complete genome sequence of Encephalitozoon cuniculi supports the fungal origin of microsporidia and reveals a high frequency of fast-evolving genes

F. Thomarat, Christian Vivarès, Manolo Gouy

Journal of Molecular Evolution . 59 : 780-791

DOI: 10.1007/s00239-004-2673-0

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A Bayesian Mixture Model for Across-Site Heterogeneities in the Amino-Acid Replacement Process

Nicolas Lartillot, Herve Philippe

Molecular Biology and Evolution . 21 ( 6 ) : 1095-1109

DOI: 10.1093/molbev/msh112

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The evolutionary history of quorum-sensing in bacteria

E. Lerat, N.A. Moran

Molecular Biology and Evolution . 21 : 903-913

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Ψ-Φ: Exploring the outer limits of bacterial pseudogenes

E. Lerat, H. Ochman

Genome Research . 14 : 2273--2278

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Hypervariable and highly divergent intron/exon organizations in the chordate Oikopleura dioica

R. Edvardsen, E. Lerat, A.D. Maeland, M. Flat, R. Tewari, M.F. Jensen...

Journal of Molecular Biology . 59 : 448-457

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Reversing gene erosion: Reconstructing ancestral bacterial genomes from gene-content and order data

J.V. Earnest-Deyoung, E. Lerat, B.M.E. Moret

incollection . 3240 : 1-13

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Physical and transcript map of the autosomal dominant colobomatous microphthalmia locus on chromosome 15q12-q15 and refinement to a 4.4 Mb region.

Laetitia Michon, Laurette Morlé, Muriel Bozon, L. Duret, Jean-Christophe Zech, Jacqueline Godet...

European Journal of Human Genetics . 12 ( 7 ) : 574-8

DOI: 10.1038/sj.ejhg.5201197

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Grid as a bioinformatic tool

N. Jacq, Christophe Blanchet, C. Combet, E. Cornillot, L. Duret, K. Kurata...

Parallel Computing . 30 : 1093-1107

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Recombination drives the evolution of GC-content in the human genome

J. Meunier, L. Duret

Molecular Biology and Evolution . 21 : 984-990

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Evidence of Selection on the Domesticated ERVWE1 env Retroviral Element Involved in Placentation

B. Bonnaud, O. Bouton, G. Oriol, V. Cheynet, L. Duret, Frédéric Mallet

Molecular Biology and Evolution . 21 : 1895-1901

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Identitag, a relational database for SAGE tag identification and interspecies comparison of SAGE libraries.

C. Keime, F. Damiola, D. Mouchiroud, L. Duret, O. Gandrillon

BMC Bioinformatics . ( 5 ) : 143

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The European ribosomal RNA database

Jan Wuyts, Guy Perrière, Yves van de Peer

Nucleic Acids Research . 32 : D101-D103

DOI: 10.1093/nar/gkh065

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Phylogenetic analysis of polyketide synthase I domains from soil metagenomic libraries allows selection of promising clones.

Aurélien Ginolhac, Cyrille Jarrin, B. Gillet, P. Robe, P. Pujic, K. Tuphile...

Applied and Environmental Microbiology . 70 : 5522-5527

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Phylogenetic study and identification of Vibrio splendidus-related strains based on gyrB gene sequences.

Frédérique Le Roux, Mélanie Gay, Christophe Lambert, Jean-Louis Nicolas, Manolo Gouy, Franck Berthe

Diseases of Aquatic Organisms . 58 ( 2-3 ) : 143-150

DOI: 10.3354/dao058143

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How does susceptibility prevalence impact on the performance of disk diffusion susceptibility testing?

B. Lamy, G. Carret, Jean-Pierre Flandrois, Marie Laure Delignette-Muller

Diagnostic Microbiology and Infectious Disease . 49 : 131-139

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Comparative analysis of a genome fragment of an uncultivated mesopelagic crenarchaeote reveals multiple horizontal gene transfers

P. Lopez-Garcia, Céline Brochier-Armanet, D. Moreira, F. Rodriguez-Valera

Environmental Microbiology . 6 : 19-34

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Molecular analysis of the hypervariable regions in the minicircle of kinetoplastic genome in Trypanosoma cruzi, agent of Chagas'disease

Jenny Telleria, Bénédicte Lafay, Myrna Virreira, Christian Barnabé, Michel Tibayrenc, M. Svoboda

VII INTERNATIONAL MEETING ON MOLECULAR EPIDEMIOLOGY AND EVOLUTIONARY GENETICS OF INFECTIOUS DISEASES (MEEGID VII) .

Acte de congrès

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Brucella est un ochrobactrum à génome réduit

Corinne Teyssier, Bénédicte Lafay, Agnès Masnou, Estelle Jumas-Bilak, Hélène Marchandin

VI eme Congrès de la Société Française de Microbiologie .

Acte de congrès

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CAT : Un Modèle Phylogénétique Bayésien permettant de prendre en compte l'Hétérogénéité des Processus de Substitution entre Sites dans les Alignements Protéiques

Nicolas Lartillot, Herve Philippe

Biosystema 22 . 22 : 97-104

Chapitre d'ouvrage

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$Psi$-$Phi$: Exploring the outer limits of bacterial pseudogenes

E. Lerat, H. Ochman

Genome Research . 14 : 2273-2278

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Invertebrate Data Predict an Early Emergence of Vertebrate Fibrillar Collagen Clades and an Anti-incest Model

Abdel Aouacheria, Caroline Cluzel, Claire Lethias, Manolo Gouy, Robert Garrone, Jean-Yves Exposito

Journal of Biological Chemistry . 279 ( 46 ) : 47711-47719

DOI: 10.1074/jbc.M408950200

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Physical and transcript map of the autosomal dominant colobomatous microphthalmia locus on chromosome 15q12-q15 and refinement to a 4.4 Mb region.

Laurent Michon, L. Morle, M. Bozon, L. Duret, Zech J. C., J. Godet...

European Journal of Human Genetics . ( 12 ) : 574-578

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Evidence of a high rate of selective sweeps in African Drosophila melanogaster

Sylvain Mousset, L. Brazier, M.L. Cariou, F. Chartois, F. Depaulis, M. Veuille

Genetics . 163 : 599-609

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Demography and natural selection have shaped genetic variation in Drosophila melanogaster: a multi-locus approach

S. Glinka, L. Ometto, Sylvain Mousset, W. Stephan, D. de Lorenzo

Genetics . 165 : 1269-1278

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Power of neutrality tests to detect bottlenecks and hitchhiking

F. Depaulis, Sylvain Mousset, M. Veuille

Journal of Molecular Evolution . 57 : S190-S200

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