Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Stagiaire
UCBL

Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76

Doctorante
UCBL
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL

Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97

Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS

Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL

Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60

Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorant
UCBL

Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44

Directeur de recherche
CNRS

Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42

Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83

Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS

Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82

Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96

Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL

Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 661 à 690 sur 1098 au total
Sequence variability and phylogenetic analyses of the Complement Regulatory Protein expressed by the trypomastigote stage of Trypanosoma cruzi identify a monophyletic group of CRP-like proteins
Xth European Multicolloquium of Parasitology .
Acte de congrès
voir la publicationPervasive positive selection on duplicated and nonduplicated vertebrate protein coding genes
Genome Research . 18 : 1393-1402
Article dans une revue
voir la publicationAnalysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: a somatic view of the germline.
Genome Research . 18 ( 4 ) : 585-96
Article dans une revue
voir la publicationThe Impact of Recombination on Nucleotide Substitutions in the Human Genome
PLoS Genetics . 4 : 1-19
Article dans une revue
voir la publicationNeutral Theory: The Null Hypothesis of Molecular Evolution
Nature Education . 1 ( 1 ) : 803-806
Article dans une revue
voir la publicationAnalysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: A somatic view of the germline
Genome Research . 18 : 585-596
Article dans une revue
voir la publicationDémasquage des gènes spécifiques d'une espèce génomique du complexeAgrobacterium tumefaciens par AFLP et multicapteur à ADN
7. Colloque national du Bureau des Ressources Génétiques . 7
Acte de congrès
voir la publicationAutomatic Identification of Large Collections of Protein-Coding or rRNA Sequences
Biochimie . 90 ( 4 ) : 609-614
Article dans une revue
voir la publicationBioinformatics in the complete genome sequence era
Biochimie . 90 : 553-554
Article dans une revue
voir la publicationAccounting for horizontal gene transfers explains conflicting hypotheses regarding the position of aquificales in the phylogeny of Bacteria
BMC Evolutionary Biology . 8 : 272-272
Article dans une revue
voir la publicationA seven-gene multilocus genus-wide approach to the phylogeny of mycobacteria using supertrees
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 58(part 6) : 1432-1441
Article dans une revue
voir la publicationMesophilic crenarchaeota: proposal for a third archaeal phylum, the Thaumarchaeota.
Nature Reviews Microbiology . 6 ( 3 ) : 245-252
DOI: 10.1038/nrmicro1852
Article dans une revue
voir la publicationA DNA topoisomerase IB in Thaumarchaeota testifies for the presence of this enzyme in the last common ancestor of Archaea and Eucarya.
Biol Direct . 3 : 54
Article dans une revue
voir la publicationLes Archaea : évolution et diversité du troisième domaine du vivant
Bulletin - Société Française de Microbiologie . 23 ( 3 ) : 137-145
Article dans une revue
voir la publicationMetagenome Annotation Using a Distributed Grid of Undergraduate Students
PLoS Biology . 6 : 239-241
Article dans une revue
voir la publicationFull molecular characterization of a simian immunodeficiency virus, SIVwrcpbt from Temminck's red colobus (Piliocolobus badius temminckii) from Abuko Nature Reserve, The Gambia
Virology . 376 ( 1 ) : 90-100
Article dans une revue
voir la publicationPrevalence and genetic diversity of simian immunodeficiency virus infection in wild-living red colobus monkeys (Piliocolobus badius badius) from the Taï forest, Côte d'Ivoire SIVwrc in wild-living western red colobus monkeys.
Infection, Genetics and Evolution . 8 ( 1 ) : 1-14
Article dans une revue
voir la publicationA Site- and Time-Heterogeneous Model of Amino Acid Replacement
Molecular Biology and Evolution . 25 ( 5 ) : 842-858
Article dans une revue
voir la publicationAdditional molecular support for the new chordate phylogeny.
Genesis - The Journal of Genetics and Development . 46 ( 11 ) : 592-604
DOI: 10.1002/dvg.20450
Article dans une revue
voir la publicationEmpirical Profile Mixture Models for Phylogenetic Reconstruction
Bioinformatics . 29 : 2317-2323
Article dans une revue
voir la publicationParallel Adaptations to High Temperatures in the Archean Eon
Nature . 456 ( 7224 ) : 942-945
DOI: 10.1038/nature07393
Article dans une revue
voir la publicationAnalyse et exploitation de la diversité génétique des polykétides synthases de type I dans l'ADN metagénomique d'un sol
7ème colloque national "Ressources génétiques" . : 201-213
Acte de congrès
voir la publicationEvidence for Degeneration of the Y Chromosome in the Dioecious Plant Silene latifolia
Current Biology . 18 : 545-549
Article dans une revue
voir la publicationEvidence for degeneration of the Y chromosome in the dioecious plant Silene latifolia
Current Biology . 18 ( 7 ) : 545-549
Article dans une revue
voir la publicationGenome-wide studies highlight indirect links between human replication origins and gene regulation.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 105 ( 41 ) : 15837-42
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of the proteome of mitochondrial ribosomes: a clue for the eukaryotic tree?
Journées Ouvertes Biologie Informatique et Mathématiques JOBIM .
Poster
voir la publicationPopulation genetic inference using a fixed number of segregating sites : a reassessment
Genetical Research . 89 : 231-244
Article dans une revue
voir la publicationA melanocortin 1 receptor allele suggests varying pigmentation among neanderthals
Autre publication
voir la publicationA melanocortin 1 receptor allele suggests varying pigmentation among neanderthals
Autre publication
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