Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 631 à 660 sur 1006 au total

Early archives of genetically-restricted proviral DNA in the female genital tract after heterosexual transmission of HIV-1

N. Chomont, H. Hocini, G. Gresenguet, Céline Brochier-Armanet, H. Bouhlal, L. Andreoletti...

AIDS. Official journal of the international AIDS Society . 21 : 153--162

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Phylogenomics of the archaeal flagellum: rare horizontal gene transfer in a unique motility structure

Elie Desmond-Le Quéméner, Céline Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo

BMC Evolutionary Biology . 7 : 53-70

DOI: 10.1186/1471-2148-7-106

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Identification and molecular characterization of new STLV-1 and STLV-3 strains in wild-caught nonhuman primates in Cameroon

Florian Liegeois, Bénédicte Lafay, William M. Switzer, Sabrina Locatelli, Eitel Mpoudi-Ngolé, Severin Loul...

Virology . 371 ( 2 ) : 405-417

DOI: 10.1016/j.virol.2007.09.037

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Evaluation of the models handling heterotachy in phylogenetic inference

Yan Zhou, Nicolas Rodrigue, Nicolas Lartillot, Herve Philippe

BMC Evolutionary Biology . 7 : 206-219

DOI: 10.1186/1471-2148-7-206

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Suppression of Long-Branch Attraction Artefacts in the Animal Phylogeny Using a Site-Heterogeneous Model

Nicolas Lartillot, Henner Brinkmann, Herve Philippe

BMC Evolutionary Biology . 7 ( Suppl 1 ) : S4

DOI: 10.1186/1471-2148-7-S1-S4

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A New Method for Assessing the Effect of Replication on DNA Base Composition Asymmetry

A. Necşulea, J.R. Lobry

incollection . 7 : 379-381

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Maintenance in the chicken genome of the retroviral-like cENS gene family specifically expressed in early embryos

Emmanuelle Lerat, Anne-Marie Birot, Jacques Samarut, Anne Mey

Journal of Molecular Evolution . 65 ( 3 ) : 215-227

DOI: 10.1007/s00239-007-9001-4

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Predictions for whole genome 2D display according to size and sequence composition

Bénédicte Lafay, Jean-François Mercier, Christine Kingsburry, Gary W. Slater

3rd SCOPE meeting on Microbial Environmental Genomics (MicroEnGenIII ) .

Acte de congrès

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Genetic diversity and phylogeographic clustering of SIVcpzPtt in wild chimpanzees in Cameroon.

Fran van Heuverswyn, Yingying Li, Elizabeth Bailes, Cecile Neel, Bénédicte Lafay, Brandon F Keele...

Virology . 368 ( 1 ) : 155-71

DOI: 10.1016/j.virol.2007.06.018

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Prevalence and genetic diversity of simian immunodeficiency virus infection in wild red colobus Monkeys (Piliocolobus badius badius) from the Taï Forest, Côte d'Ivoire

Sabrina Locatelli, Florian Liegeois, Bénédicte Lafay, Amy D Roeder, M. W. Bruford, Pierre Formenty...

2nd Congress of the European Federation of Primatology .

Acte de congrès

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Molecular characterization of a simian immunodeficiency virus lineage (SIVwrc) from western red colobus (Piliocolobus badius badius)

Florian Liegeois, Sabrina Locatelli, Bénédicte Lafay, Pierre Formenty, Valérie Courgnaud, Eric Delaporte...

14th International Workshop of HIV Dynamics & Evolution .

Acte de congrès

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Simian immunodeficiency virus infection in wildliving red colobus monkey (Piliocolobus badius badius) from the Taï forest, Côte D'Ivoire

Sabrina Locatelli, Florian Liegeois, Bénédicte Lafay, A.D. Roeder, M. W. Bruford, R. Noë...

14th International Workshop of HIV Dynamics & Evolution .

Acte de congrès

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Molecular diversity of legume root-nodule bacteria in Kakadu National Park, Northern Territory, Australia.

Bénédicte Lafay, Jeremy J Burdon

PLoS ONE . 2 ( 3 ) : e277

DOI: 10.1371/journal.pone.0000277

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Identification and characterization of human Mex-3 proteins, a novel family of evolutionarily conserved RNA-binding proteins differentially localized to processing bodies.

Karine Buchet-Poyau, Julien Courchet, Hervé Le Hir, Bertrand Séraphin, Jean-Yves Scoazec, L. Duret...

Nucleic Acids Research . 35 ( 4 ) : 1289-300

DOI: 10.1093/nar/gkm016

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Investigating the effects of prehistoric migrations in Siberia: genetic variation and the origins of Yakuts

Brigitte Pakendorf, Innokentij Novgorodov, Vladimir Osakovskij, Al’bina Danilova, Artur Protod’jakonov, Mark Stoneking

Human Genetics . 120 ( 3 ) : 334-353

DOI: 10.1007/s00439-006-0213-2

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Melanesian and Asian origins of Polynesians: mtDNA and Y chromosome gradients across the Pacific

M. Kayser, S. Brauer, R. Cordaux, A. Casto, O. Lao, L.A. Zhivotovsky...

Molecular Biology and Evolution . 23 : 2234-2244

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Global trends of whole genome duplications revealed by the genome sequence of the ciliate Paramecium tetraurelia

Jean-Marc Aury, Olivier Jaillon, * Laurent Duret, Benjamin Noel, Claire Jubin, Betina M. Porcel...

Nature . 444 ( 7116 ) : 171-178

DOI: 10.1038/nature05230

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GC Content Evolution of the Human and Mouse Genomes : Insights from the Study of Processed Pseudogenes in Regions of Different Recombination Rates.

A. Khelifi, J. Meunier, L. Duret, Dominique Mouchiroud

Journal of Molecular Evolution . 62 : 745-752

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Insights into social insects from the genome of the honeybee Apis mellifera

G.M. Weinstock, G.E. Robinson, R.A. Gibbs, K.C. Worley, J.D. Evans, R. Maleszka...

Nature . 443 : 931-949

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Origin and molecular evolution of receptor tyrosine kinases with immunoglobulin-like domains.

Julien Grassot, Manolo Gouy, Guy Perrière, Guy Mouchiroud

Molecular Biology and Evolution . 23 ( 6 ) : 1232-41

DOI: 10.1093/molbev/msk007

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Efficient Likelihood Computations with Nonreversible Models of Evolution

Bastien Boussau, Manolo Gouy

Systematic Biology . 55 ( 5 ) : 756-768

DOI: 10.1080/10635150600975218

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Phylogeography of a subterranean amphipod reveals cryptic diversity and dynamic evolution in extreme environments

T. Lefébure, C.J. Douady, Manolo Gouy, P. Trontel, J. Briolay, J. Gibert

Molecular Ecology . 15 : 1797-1806

DOI: 10.1111/j.1365-294X.2006.02888.x

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Mycobacterium bovis Infection

S. Mignard, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Medical Microbiology . 56 : 1033-1041

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Molecular diversity of rhizobia nodulating the invasive legume Cytisus scoparius in Australia.

Bénédicte Lafay, Jeremy J. Burdon

Journal of Applied Microbiology . 100 ( 6 ) : 1228-38

DOI: 10.1111/j.1365-2672.2006.02902.x

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Bradyrhizobia isolated from root nodules of Parasponia (Ulmaceae) do not constitute a separate coherent lineage.

Bénédicte Lafay, Erika Bullier, Jeremy J. Burdon

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 56 ( Pt 5 ) : 1013-8

DOI: 10.1099/ijs.0.63897-0

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A maximum likelihood framework for protein design

Claudia Kleinman, Nicolas Rodrigue, Cécile Bonnard, Hervé Philippe, Nicolas Lartillot

BMC Bioinformatics . 7 : 326-336

DOI: 10.1186/1471-2105-7-326

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Quantitative prediction for two-dimensional bacterial genomic displays

Jean-François Mercier, Bénédicte Lafay, Gary W. Slater

American Physical Society Meeting .

Acte de congrès

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No Evidence for Tissue-Specific Adaptation of Synonymous Codon Usage in Humans

M. Sémon, J.R. Lobry, L. Duret

Molecular Biology and Evolution . 23 : 523-529

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