Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 631 à 660 sur 1098 au total

The evolutionary dynamics of the Helena retrotransposon revealed by sequenced Drosophila genomes.

Adriana Granzotto, Fabrício R Lopes, Emmanuelle Lerat, Cristina Vieira, Claudia M A Carareto

BMC Evolutionary Biology . 9 : 174

DOI: 10.1186/1471-2148-9-174

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Qri7/OSGEPL, the mitochondrial version of the universal Kae1/YgjD protein, is essential for mitochondrial genome maintenance.

Jacques Oberto, Norman Breuil, Arnaud Hecker, Francesca Farina, Céline Brochier-Armanet, Emmanuel Culetto...

Nucleic Acids Research . : epub ahead of print

DOI: 10.1093/nar/gkp557

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Computational Methods for Evaluating Phylogenetic Models of Coding Sequence Evolution with Dependence between Codons

Nicolas Rodrigue, Claudia L Kleinman, Hervé Philippe, Nicolas Lartillot

Molecular Biology and Evolution . 26 ( 7 ) : 1663 - 1676

DOI: 10.1093/molbev/msp078

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In Retrospect: Lamarck's treatise at 200

Dan Graur, Manolo Gouy, David Wool

Nature . 460 ( 7256 ) : 688-689

DOI: 10.1038/460688a

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A White Campion textit(Silene latifolia) floral expressed sequence tag (EST) library: annotation EST-SSR characterization transferability and utility for comparative mapping

Md. Moccia, C. Oger-Desfeux, Gabriel Marais, A. Widmer

BMC Genomics . 10(243) : 1-14

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Silene as a model system in ecology and evolution

G. Bernasconi, J. Antonovics, A. Biere, D. Charlesworth, Lf. Delph, D. Filatov...

Heredity . 103 : 583-589

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Differential retention of metabolic genes following whole-genome duplication

Jean-François Gout, Laurent Duret, Daniel Kahn

Molecular Biology and Evolution . 26 ( 5 ) : 1067-1072

DOI: 10.1093/molbev/msp026

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Databases of Homologous Gene Families for Comparative Genomics

Simon Penel, Anne-Muriel Arigon Chifolleau, Jean-François Dufayard, Anne-Sophie Sertier, Vincent Daubin, L. Duret...

BMC Bioinformatics . 10 (Suppl.6) :S3 : 13

DOI: 10.1186/1471-2105-10-S6-S3

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Evolution of the mitochondrial ribosomal proteome

Elie Desmond-Le Quéméner, Celine Brochier-Armanet, Patrick Forterre, Simonetta Gribaldo

16th Annual Meeting of the Society of Molecular Biology and Evolution (SMBE'08) .

Poster

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Dynamic nature of the proximal AZFc region of the human Y chromosome: multiple independent deletion and duplication events revealed by microsatellite analysis.

Patricia Balaresque, Georgina Bowden, Emma Parkin, Ghada Omran, Evelyne Heyer, Lluis Quintana-Murci...

Human Mutation . 29 ( 10 ) : 1171-80

DOI: 10.1002/humu.20757

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Transcription-Induced Mutational Strand Bias and Its Effect on Substitution Rates in Human Genes

Carina Mugal, Hans-Hennig von Grunberg, Martin Peifer

Molecular Biology and Evolution . 26 ( 1 ) : 131-142

DOI: 10.1093/molbev/msn245

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Sex-specific genetic structure and social organization in Central Asia: insights from a multi-locus study.

Laure Ségurel, Begoña Martínez-Cruz, Lluis Quintana-Murci, Patricia Balaresque, Myriam Georges, Tatiana Hegay...

PLoS Genetics . 4 ( 9 ) : e1000200

DOI: 10.1371/journal.pgen.1000200

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ISG20L2, a novel vertebrate nucleolar exoribonuclease involved in Ribosome biogenesis.

Yohann Couté, Karine Kindbeiter, Stéphane Belin, Régis Dieckmann, L. Duret, Laurent Bezin...

Molecular and Cellular Proteomics . 7 : epub ahead of print

DOI: 10.1074/mcp.M700510-MCP200

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Translational control of intron splicing in eukaryotes

Olivier Jaillon, Khaled Bouhouche, Jean-François Gout, Jean-Marc Aury, Benjamin Noel, Baptiste Saudemont...

Nature . 451 ( 7176 ) : 359-362

DOI: 10.1038/nature06495

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Biased Gene Conversion and its Impact on Human Genome Evolution

N. Galtier, L. Duret

incollection . -- : 273-277

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Polymorphism of the Staphylococcus aureus Panton-Valentine LeukocidinGenes and Its Possible Link with the Fitness of Community-Associated Methicillin-Resistant S. aureus

O. Dumitrescu, A. Tristan, H. Meugnier, M. Bes, Manolo Gouy, J. Etienne...

Journal of Infectious Diseases . 198 ( 5 ) : 792-794

DOI: 10.1086/590914

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Acquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54 C5)methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer

J. Urbonavicius, S. Auxilien, H. Walbott, K. Trachana, B. Golinelli-Pimpaneau, Céline Brochier-Armanet...

Molecular Microbiology . 67 : 323-335

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Giant viruses giant chimeras: The multiple evolutionary histories of Mimivirus genes

D. Moreira, Céline Brochier-Armanet

BMC Evolutionary Biology . 8 : 1-7

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Acquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54, C5)-methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer.

Jaunius Urbonavicius, Sylvie Auxilien, Hélène Walbott, Kalliopi Trachana, Béatrice Golinelli-Pimpaneau, Céline Brochier-Armanet...

Molecular Microbiology . 67 ( 2 ) : 323-35

DOI: 10.1111/j.1365-2958.2007.06047.x

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Exploring the FL-160-CRP gene family through sequence variability of the complement regulatory protein (CRP) expressed by the trypomastigote stage of Trypanosoma cruzi.

Françoise Mathieu-Daudé, Bénédicte Lafay, Olivia Touzet, Joël Lelièvre, Favio Parrado, Marie-France Bosseno...

Infection, Genetics and Evolution . 8 ( 3 ) : 258-66

DOI: 10.1016/j.meegid.2007.12.010

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Quantitative predictions for DNA two-dimensional display according to size and nucleotide sequence composition

Jean-François Mercier, Christine Kingsburry, Gary W. Slater, Bénédicte Lafay

Electrophoresis . 29 ( 6 ) : 1264 - 1272

DOI: 10.1002/elps.200700407

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Phylogenetic Mixture Models for Proteins

Quang Le Si, Nicolas Lartillot, Olivier Gascuel

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 363 : 3965-3976

DOI: 10.1098/rstb.2008.0180

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Bayesian computation for statistical models with intractable normalizing constants

Yves Atchade, Nicolas Lartillot, Christian Robert

Pré-publication

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Improvement of Molecular Phylogenetic Inference and the Phylogeny of Bilateria

Nicolas Lartillot, Herve Philippe

Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 363 ( 1496 ) : 1463-1472

DOI: 10.1098/rstb.2007.2236

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Uniformization for Sampling Realizations of Markov Processes: Applications to Bayesian Implementations of Codon Substitution Models

Nicolas Rodrigue, Herve Philippe, Nicolas Lartillot

Bioinformatics . 24 ( 1 ) : 56-62

DOI: 10.1093/bioinformatics/btm532

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Etude des patrons d`évolution asymétrique dans les séquences d`ADN

A. Necşulea

incollection . -- : 476-482

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Losing helena: The extinction of a drosophila line-like element

Rita Rebollo, Emmanuelle Lerat, Liliana Lopez Kleine, Christian Biémont, Cristina Vieira

BMC Genomics . 9 : 1-11

DOI: 10.1186/1471-2164-9-149

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