Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 601 à 630 sur 1006 au total

Metagenome Annotation Using a Distributed Grid of Undergraduate Students

P. Hingamp, Céline Brochier-Armanet, E. Talla, D. Gautheret, D. Thieffry, C. Herrmann

PLoS Biology . 6 : 239-241

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Full molecular characterization of a simian immunodeficiency virus, SIVwrcpbt from Temminck's red colobus (Piliocolobus badius temminckii) from Abuko Nature Reserve, The Gambia

Sabrina Locatelli, Bénédicte Lafay, Florian Liegeois, Nelson Ting, Eric Delaporte, Martine Peeters

Virology . 376 ( 1 ) : 90-100

DOI: 10.1016/j.virol.2008.01.049

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Prevalence and genetic diversity of simian immunodeficiency virus infection in wild-living red colobus monkeys (Piliocolobus badius badius) from the Taï forest, Côte d'Ivoire SIVwrc in wild-living western red colobus monkeys.

Sabrina Locatelli, Florian Liegeois, Bénédicte Lafay, Amy D Roeder, Michael W Bruford, Pierre Formenty...

Infection, Genetics and Evolution . 8 ( 1 ) : 1-14

DOI: 10.1016/j.meegid.2007.08.004

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A Site- and Time-Heterogeneous Model of Amino Acid Replacement

Samuel Blanquart, Nicolas Lartillot

Molecular Biology and Evolution . 25 ( 5 ) : 842-858

DOI: 10.1093/molbev/msn018

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Etude des patrons d'évolution asymétrique dans les séquences d'ADN

Anamaria Necsulea

Thèse

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Additional molecular support for the new chordate phylogeny.

Frédéric Delsuc, Georgia Tsagkogeorga, Nicolas Lartillot, Herve Philippe

Genesis - The Journal of Genetics and Development . 46 ( 11 ) : 592-604

DOI: 10.1002/dvg.20450

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Parallel Adaptations to High Temperatures in the Archean Eon

Bastien Boussau, Samuel Blanquart, Anamaria Necsulea, Nicolas Lartillot, Manolo Gouy

Nature . 456 ( 7224 ) : 942-945

DOI: 10.1038/nature07393

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Analyse et exploitation de la diversité génétique des polykétides synthases de type I dans l'ADN metagénomique d'un sol

Aurélien Ginolhac, Sandrine Demanèche, Cyrille Jarrin, Patrick Robe, Fabrice Lefevre, Renaud Nalin...

7ème colloque national "Ressources génétiques" . : 201-213

Acte de congrès

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Genome-wide studies highlight indirect links between human replication origins and gene regulation.

Jean-Charles Cadoret, Françoise Meisch, Vahideh Hassan-Zadeh, Isabelle Luyten, Claire Guillet, L. Duret...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 105 ( 41 ) : 15837-42

DOI: 10.1073/pnas.0805208105

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Evolution of the proteome of mitochondrial ribosomes: a clue for the eukaryotic tree?

Elie Desmond-Le Quéméner, Celine Brochier-Armanet, Patrick Forterre, Simonetta Gribaldo

Journées Ouvertes Biologie Informatique et Mathématiques JOBIM .

Poster

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Population genetic inference using a fixed number of segregating sites : a reassessment

S.E. Ramos-Onsins, Sylvain Mousset, T. Mitchell-Olds, W. Stephan

Genetical Research . 89 : 231-244

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A melanocortin 1 receptor allele suggests varying pigmentation among neanderthals

Carles Lalueza-Fox, Holger Römpler, David Caramelli, Claudia Stäubert, Giulio Catalano, David Hughes...

DOI: 10.1126/science.1147417

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A melanocortin 1 receptor allele suggests varying pigmentation among neanderthals

C. Lalueza-Fox, H. Rompler, D. Caramelli, C. Staubert, G. Catalano, D. Hughes...

DOI: 10.1126/science.1147417

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In search of polymorphic Alu insertions with restricted geographic distributions

R. Cordaux, D. Srikanta, J. R. Lee, M. Stoneking, M.A. Batzer

Genomics . 90 : 154-158

DOI: 10.1016/j.ygeno.2007.03.010

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Mating patterns amongst Siberian reindeer herders: Inferences from mtDNA and Y-chromosomal analyses

Brigitte Pakendorf, Innokentij Novgorodov, Vladimir Osakovskij, Mark Stoneking

American Journal of Physical Anthropology . 133 ( 3 ) : 1013-1027

DOI: 10.1002/ajpa.20590

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Unexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome

C. Keime, M. Sémon, Dominique Mouchiroud, L. Duret, Olivier Gandrillon

BMC Bioinformatics . 8 : 1-11

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Identification of Mycobacterium using the EF-Tu encoding (tuf) gene and the tmRNA encoding (ssrA) gene

S. Mignard, J.-P. Flandrois

Journal of Medical Microbiology . 56 ( 8 ) : 1033-1041

DOI: 10.1099/jmm.0.47105-0

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In vitro detection of the enzymatic activity of folate-dependent tRNA(U54 C5)methyltransferase

J. Urbonavicius, Céline Brochier-Armanet, S. Skouloubris, H. Myllykallio, H. Grosjean

Methods in Enzymology . 25 : 103-19

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In vitro detection of the enzymatic activity of folate-dependent tRNA (Uracil-54,-C5)-methyltransferase: evolutionary implications.

Jaunius Urbonavicius, Céline Brochier-Armanet, Stéphane Skouloubris, Hannu Myllykallio, Henri Grosjean

Methods in Enzymology . 425 : 103-19

DOI: 10.1016/S0076-6879(07)25004-9

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Comparative RNomics and modomics in mollicutes: prediction of gene function and evolutionary implications

V. de Crécy-Lagard, C. Marck, Céline Brochier-Armanet, H. Grosjean

IUBMB Life . 59 : 634-58

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A General Comparison of Relaxed Molecular Clock Models

Thomas Lepage, David Bryant, Herve Philippe, Nicolas Lartillot

Molecular Biology and Evolution . 24 ( 12 ) : 2669-2680

DOI: 10.1093/molbev/msm193

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Exploring Fast Computational Strategies for Probabilistic Phylogenetic analysis

Nicolas Rodrigue, Herve Philippe, Nicolas Lartillot

Systematic Biology . 56 : 711-726

DOI: 10.1080/10635150701611258

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A New Method for Assessing the Effect of Replication on DNA Base Composition Asymmetry

A. Necşulea, J.R. Lobry

Molecular Biology and Evolution . 24 : 2169-2179

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Influence of the transposable element neighborhood on human gene expression in normal and tumor tissues

E. Lerat, M. Sémon

Gene . 396 : 303-311

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Horizontal Gene Transfer Regulation in Bacteria as a ‘‘Spandrel'' of DNA Repair Mechanisms

Saliou Fall, Anne Mercier, Franck Bertolla, Alexandra Calteau, Laurent Gueguen, Guy Perrière...

PLoS ONE . 2 ( 10 ) : e1055-e1066

DOI: 10.1371/journal.pone.0001055

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Adaptation or biased gene conversion? Extending the null hypothesis of molecular evolution

Nicolas Galtier, L. Duret

Trends in Genetics . 23 ( 6 ) : 273-277

DOI: 10.1016/j.tig.2007.03.011

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Unexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome.

Céline Keime, Marie Sémon, Dominique Mouchiroud, Laurent Duret, Olivier Gandrillon

BMC Bioinformatics . 8 : 154

DOI: 10.1186/1471-2105-8-154

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Integrating transcription factor binding site information with gene expression datasets

I.B. Jeffery, S.F. Madden, P.A. Mcgettigan, G. Perrière, A.C. Culhane, D.G. Higgins

Bioinformatics . 23 : 298-305

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An archaeal orthologue of the universal protein Kae1 is an iron metalloprotein which exhibits atypical DNA-binding properties and apurinic-endonuclease activity in vitro.

Arnaud Hecker, Nicolas Leulliot, Danièle Gadelle, Marc Graille, Anthony Justome, Pierre Dorlet...

Nucleic Acids Research . 35 ( 18 ) : 6042-51

DOI: 10.1093/nar/gkm554

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