Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 961 à 990 sur 1005 au total

Preparation of a Latex Reagent for the Detection of Anti-Staphylococcus aureus Ribitol Teichoic Acid Antibodies

Michèle de Montclos, Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 274 ( 1 ) : 50-60

DOI: 10.1016/S0934-8840(11)80974-6

Article dans une revue

voir la publication

[Mathematical study of the sensitivity curves of Escherichia coli exposed to polymyxins].

M. Peyret, G. Carret, C. Carré, G. Fardel, Jean-Pierre Flandrois

Pathologie Biologie . 38 ( 5 ) : 441-5

Article dans une revue

voir la publication

Mathematical study of the sensitivity curves of Escherichia coli exposed to polymyxins

M. Peyret, Jean-Pierre Flandrois, G. Fardel

Pathologie Biologie . 38 : 441-445

Article dans une revue

voir la publication

Molecular phylogeny of Rodentia Lagomorpha Primates Artiodactyla and Carnivora and molecular clocks

W.-H. Li, Manolo Gouy, P.M. Sharp, C. O'Huigin, Y.W. Yang

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 87 ( 17 ) : 6703-6707

DOI: 10.1073/pnas.87.17.6703

Article dans une revue

voir la publication

Isolation ofSporosarcina ureae from a bronchial biopsy in a child with cystic fibrosis

Jean-Pierre Flandrois, M. Chomarat, M. Montclos, F. Breysse

European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . 9 ( 4 ) : 302-303

DOI: 10.1007/bf01968068

Article dans une revue

voir la publication

Phylogenetic analysis based on rRNA sequences supports the archaebacterial rather than the eocyte tree

Manolo Gouy, W.-H. Li

Nature . 339 : 145-147

DOI: 10.1038/339145a0

Article dans une revue

voir la publication

[Value of enzymuria during antibacterial therapy].

C Flandrois, Jean-Pierre Flandrois, D Coullioud, I Maire

Pathologie Biologie . 37 ( 5 Pt 2 ) : 657-63

Article dans une revue

voir la publication

Bacterial Strain Characterization Using Mathematical Modelling of Growth

Marie-Joëlle Rochet, Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 271 ( 1 ) : 2-10

DOI: 10.1016/S0934-8840(89)80047-7

Article dans une revue

voir la publication

Date of the monocot-dicot divergence estimated from chloroplast DNA sequence data

K.H. Wolfe, Manolo Gouy, Y.W. Yang, P.M. Sharp, W.-H. Li

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 86 ( 16 ) : 6201-6205

DOI: 10.1073/pnas.86.16.6201

Article dans une revue

voir la publication

[Interpretative reading and quality control of an antibiotic sensitivity test using an expert system. Application to the API ATB system and Enterobacteriaceae].

M. Peyret, Jean-Pierre Flandrois, G. Carret, C. Pichat

Pathologie Biologie . 37 ( 5 Pt 2 ) : 624-8

Article dans une revue

voir la publication

[Bacteriostatic and bactericidal antibiotics: differences in subinhibitory concentration effects on the growth of Escherichia coli].

S Comby, G. Carret, A. Pavé, Jean-Pierre Flandrois, C. Pichat

Pathologie Biologie . 37 ( 5 ) : 335-40

Article dans une revue

voir la publication

Mathematical modelling of growth of Escherichia coli at subinhibitory levels of chloramphenicol or tetracyclines

Jean-Pierre Flandrois, S. Comby, J.P. Flandrois, G. Carret, C. Pichat

Research in Microbiology . 140 ( 3 ) : 243-254

DOI: 10.1016/0923-2508(89)90079-X

Article dans une revue

voir la publication

RPA190 the gene coding for the largest subunit of yeast RNA polymerase A

S. Memet, Manolo Gouy, C. Marck, A. Sentenac, J.M. Buhler

Journal of Biological Chemistry . 263 ( 6 ) : 2830-2839

DOI: 10.1016/S0021-9258(18)69144-6

Article dans une revue

voir la publication

Mathematical modelling of bacterial growth at subinhibitory levels of aminoglycosides

Jean-Pierre Flandrois, S Comby, G. Carret, C. Pichat

Annales de l'Institut Pasteur / Microbiologie . 139 ( 5 ) : 613-629

DOI: 10.1016/0769-2609(88)90159-7

Article dans une revue

voir la publication

[An expert system as an aid to the validation of results of the antibiogram. Feasibility study based on the example of Staphylococcus aureus].

S Comby, Jean-Pierre Flandrois, A. Pavé

Pathologie Biologie . 36 ( 5 ) : 381-5

Article dans une revue

voir la publication

[Demonstration of an inoculum effect on the estimation of the minimal inhibitory concentration of LY 146032].

Jean-Pierre Flandrois, G. Carret, M. Peyret, Catherine Pichat

Pathologie Biologie . 36 ( 5 ) : 377-80

Article dans une revue

voir la publication

[A mathematical study of the mortality curve of Escherichia coli exposed to aminoglycosides].

Jean-Pierre Flandrois, G. Carret, G. Fardel

Pathologie Biologie . 36 ( 5 ) : 446-51

Article dans une revue

voir la publication

Study of staphylococcus aureus teichoic acid immunodominant site by help of synthetic haptens

Michèle Pérouse de Montclos, Paul Boullanger, Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 267 ( 3 ) : 414-424

DOI: 10.1016/S0176-6724(88)80058-0

Article dans une revue

voir la publication

Corynebacterium JK: surgical infections in non-immunosuppressed patients

Jean-Pierre Flandrois, A. Lepape, P.Y. Carry, M. Chomarat, J.P. Perdrix, J.M. Grozel...

Intensive Care Medicine . 15 ( 1 )

DOI: 10.1007/bf00255631

Article dans une revue

voir la publication

[Use of an expert system as a tool to carry out urinary cyto-bacteriologic tests].

S Comby, G. Carret, Jean-Pierre Flandrois, A. Pavé, M Perouse de Montclos

Annales de Biologie Clinique . 46 ( 8 ) : 669-72

Article dans une revue

voir la publication

Early stages of in vitro killing curve of LY146032 and vancomycin for Staphylococcus aureus.

Jean-Pierre Flandrois, Ghislaine Fardel, G. Carret

Antimicrobial Agents and Chemotherapy . 32 ( 4 ) : 454-457

DOI: 10.1128/AAC.32.4.454

Article dans une revue

voir la publication

[Effect of subinhibitory concentrations of antibiotics on the growth level of bacteria].

G. Carret, B Charpe, A Cheruy, Jean-Pierre Flandrois, A. Pavé, C Couix

Pathologie Biologie . 35 ( 5 ) : 483-93

Article dans une revue

voir la publication

Bacterial growth measurement using an automated system: Mathematical modelling and analysis of growth kinetics

Jean-Pierre Flandrois, A. Corman, G. Carret, A. Pavé, C. Couix

Annales de l'Institut Pasteur / Microbiologie . 137 ( 1 ) : 133-143

DOI: 10.1016/S0769-2609(86)80102-8

Article dans une revue

voir la publication

[Evaluation of the Rapid-ATB system for testing the sensitivity of staphylococci to antibiotics. Comparison with the agar dilution reference method].

P Le Noc, G. Carret, C. Couix, Jean-Pierre Flandrois, J Gayral, J. Robert

Pathologie Biologie . 34 ( 5 Pt 2 ) : 600-3

Article dans une revue

voir la publication

Gelatin and collagen binding to Staphylococcus aureus strains.

G. Carret, H. Emonard, G. Fardel, M. Druguet, D. Herbage, Jp Flandrois

Ann Inst Pasteur Microbiol . 136A : 241-245

Article dans une revue

voir la publication