Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 1021 à 1050 sur 1085 au total

Insect muscle actins differ distinctly from invertebrate and vertebrate cytoplasmic actins

N. Mounier, Manolo Gouy, Dominique Mouchiroud, J.C. Prudhomme

Journal of Molecular Evolution . 34 : 406-415

DOI: 10.1007/BF00162997

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Evolution of the primate beta-globin gene region: nucleotide sequence of the delta-beta-globin intergenic region of gorilla and phylogenetic relationships between African apes and man

P. Perrin-Pecontal, Manolo Gouy, V.M. Nigon, G. Trabuchet

Journal of Molecular Evolution . 34 : 17-30

DOI: 10.1007/BF00163849

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Monod's bacterial growth model revisited

J.R. Lobry, Jean-Pierre Flandrois, G. Carret, A. Pavé

Bulletin of Mathematical Biology . 54(1) : 117-122

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Maintenance requirements of Escherichia coli ATCC 25922 in the presence of sub-inhibitory concentrations of various antibiotics

J.R. Lobry, G. Carret, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 29 : 121-127

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Marinobacter hydrocarbonoclasticus gen. nov., sp. nov., a new, extremely halotolerant, hydrocarbon-degrading marine bacterium.

Michel J. Gauthier, Bénédicte Lafay, Richard Christen, Luis Fernandez, M. Acquaviva, Patricia Bonin...

International Journal of Systematic Bacteriology . 42 ( 4 ) : 568-76

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An analysis of partial 28S ribosomal RNA sequence suggests early radiations of sponges

Bénédicte Lafay, Nicole Boury-Esnault, Jean Vacelet, Richard Christen

BioSystems . 28 : 139-151

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A FORTRAN subroutine for the determination of parameter confidence limits in non-linear Models

J.R. Lobry, L. Rosso, Jean-Pierre Flandrois

Binary . 3 : 86-93

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Susceptibility to Aminoglycosides of 63 Strains of Stomatococcus mucilaginosus Isolated from Sputum

Monique Chomarat, Marie-Gabrielle Vital, Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 276 ( 1 ) : 63-67

DOI: 10.1016/S0934-8840(11)80219-7

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[Expert systems and antibiotic sensitivity test].

Jean-Pierre Flandrois, G. Carret

Annales de Biologie Clinique . 49 ( 3 ) : 166-71

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Coagulase-negative staphylococci emerging during teicoplanin therapy and problems in the determination of their sensitivity

Monique Chomarat, Daniel Espinouse, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 27 ( 4 ) : 475-480

DOI: 10.1093/jac/27.4.475

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Identification des organismes et construction de phylogénies moléculaires par comparaison de séquences d'acides nucléiques

Richard Christen, Bénédicte Lafay, Philippe Elbaze, Valérie Boivin, Valérie O. Cilia

Océanis : Série de documents océanographiques . 17 ( 3 ) : 239-256

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Regulation of the acetate operon in Escherichia coli: purification and functional characterization of the IclR repressor.

Jc Cortay, D. Negre, A. Galinier, B. Duclos, G. Perriere, Aj Cozzone

EMBO Journal . 10 : 675-679

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Primary structure of the intergenic region between aceK and iclR in the Escherichia coli chromosome.

A. Galinier, F. Bleicher, D. Negre, G. Perriere, B. Duclos, Aj Cozzone...

Gene . 97 : 149-150

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Comparison of estimates of Monod's growth model from the same data set

J.R. Lobry, Jean-Pierre Flandrois

Binary . 3 : 20-23

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Time-killing curves of Pseudomonas aeruginosa strains exposed to polymyxin B

M. Peyret, Jean-Pierre Flandrois, G. Fardel

Pathologie Biologie . 39 : 446-450

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Etude sur quatre ans des cas de yersiniose dans un service d'hépato-gastro-entérologie de la région lyonnaise

Jean-Pierre Flandrois, F. Bailly, M. Peyret, L. Descos

Médecine et Maladies Infectieuses . 21 : 371-375

DOI: 10.1016/S0399-077X(05)81308-3

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[Influence of the culture medium (Isosensitest or Mueller-Hinton) on the results of antibiotics susceptibility testing and its interpretation].

Jean-Pierre Flandrois, M. Peyret, J Zindel

Pathologie Biologie . 39 ( 5 ) : 455-60

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[Time-killing curves of Pseudomonas aeruginosa strains exposed to polymyxin B].

M. Peyret, Jean-Pierre Flandrois, G. Fardel

Pathologie Biologie . 39 ( 5 ) : 446-50

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Biphasic kinetics of bacterial killing by quinolones

G. Carret, Jean-Pierre Flandrois, Jean R Lobry

Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 27 ( 3 ) : 319-327

DOI: 10.1093/jac/27.3.319

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Preparation of a Latex Reagent for the Detection of Anti-Staphylococcus aureus Ribitol Teichoic Acid Antibodies

Michèle de Montclos, Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 274 ( 1 ) : 50-60

DOI: 10.1016/S0934-8840(11)80974-6

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[Mathematical study of the sensitivity curves of Escherichia coli exposed to polymyxins].

M. Peyret, G. Carret, C. Carré, G. Fardel, Jean-Pierre Flandrois

Pathologie Biologie . 38 ( 5 ) : 441-5

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Mathematical study of the sensitivity curves of Escherichia coli exposed to polymyxins

M. Peyret, Jean-Pierre Flandrois, G. Fardel

Pathologie Biologie . 38 : 441-445

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Molecular phylogeny of Rodentia Lagomorpha Primates Artiodactyla and Carnivora and molecular clocks

W.-H. Li, Manolo Gouy, P.M. Sharp, C. O'Huigin, Y.W. Yang

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 87 ( 17 ) : 6703-6707

DOI: 10.1073/pnas.87.17.6703

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Isolation ofSporosarcina ureae from a bronchial biopsy in a child with cystic fibrosis

Jean-Pierre Flandrois, M. Chomarat, M. Montclos, F. Breysse

European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . 9 ( 4 ) : 302-303

DOI: 10.1007/bf01968068

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Phylogenetic analysis based on rRNA sequences supports the archaebacterial rather than the eocyte tree

Manolo Gouy, W.-H. Li

Nature . 339 : 145-147

DOI: 10.1038/339145a0

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[Value of enzymuria during antibacterial therapy].

C Flandrois, Jean-Pierre Flandrois, D Coullioud, I Maire

Pathologie Biologie . 37 ( 5 Pt 2 ) : 657-63

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Bacterial Strain Characterization Using Mathematical Modelling of Growth

Marie-Joëlle Rochet, Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 271 ( 1 ) : 2-10

DOI: 10.1016/S0934-8840(89)80047-7

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Date of the monocot-dicot divergence estimated from chloroplast DNA sequence data

K.H. Wolfe, Manolo Gouy, Y.W. Yang, P.M. Sharp, W.-H. Li

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 86 ( 16 ) : 6201-6205

DOI: 10.1073/pnas.86.16.6201

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