Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorant
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 301 à 330 sur 1006 au total
GC‐biased gene conversion links the recombination landscape and demography to genomic base composition
BioEssays . 37 ( 12 ) : 1317-1326
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voir la publicationLinked selection and recombination rate variation drive the evolution of the genomic landscape of differentiation across the speciation continuum of Ficedula flycatchers
Genome Research . 25 ( 11 ) : 1656-1665
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voir la publicationEvolutionary Consequences of DNA Methylation on the GC Content in Vertebrate Genomes
G3 . 5 ( 3 ) : 441-447
Article dans une revue
voir la publicationVariation in Rural African Gut Microbiota Is Strongly Correlated with Colonization by Entamoeba and Subsistence
PLoS Genetics . 11 ( 11 ) : e1005658
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voir la publicationAssessment of polycarbonate filter in a molecular analytical system for the microbiological quality monitoring of recycled waters onboard ISS
Life Sciences in Space Research . 6 : 29-35
Article dans une revue
voir la publicationNontuberculous Mycobacteria: An Underestimated Cause of Bioprosthetic Valve Infective Endocarditis
Open Forum Infectious Diseases . 2 ( 2 )
DOI: 10.1093/ofid/ofv047
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voir la publicationAdaptation in toxic environments: arsenic Genomic Islands in the bacterial genus $Thiomonas$
PLoS ONE . 10 ( 9 ) : 0139011
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voir la publicationGC-Content evolution in bacterial genomes: The biased gene conversion hypothesis expands
PLoS Genetics . 11 ( 2 ) : 1-20
Article dans une revue
voir la publicationQuantification of GC-biased gene conversion in the human genome
Genome Research . 25 ( 8 ) : 1215 - 1228
Article dans une revue
voir la publicationOptimization of multiplexed RADseq libraries using low-cost adaptors
Genetica . 143 ( 2 ) : 139-143
Article dans une revue
voir la publicationAnalyse de 32 souches de Legionella pneumophila de sévérités variables afin d'identifier les déterminants de la pathogénicité
JOBIM 2015 - 16èmes Journées Ouvertes en BIologie, Informatique et Mathématiques .
Poster
voir la publicationEvolutionary history of phosphatidylinositol- 3-kinases: ancestral origin in eukaryotes and complex duplication patterns
BMC Evolutionary Biology . 15 : 226
Article dans une revue
voir la publicationMolecular and functional evolution of the fungal diterpene synthase genes
BMC Microbiology . 15 ( 1 ) : 221
Article dans une revue
voir la publicationleBIBIQBPP: a set of databases and a webtool for automatic phylogenetic analysis of prokaryotic sequences
BMC Bioinformatics . 16 ( 1 ) : 251
Article dans une revue
voir la publicationA Toolbox for Nonlinear Regression in R: The Package nistools
Journal of Statistical Software . 66 : 1-21
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of Helicobacter: Acquisition by Gastric Species of Two Histidine-Rich Proteins Essential for Colonization
PLoS Pathogens . 11 ( 12 ) : e1005312
Article dans une revue
voir la publicationExploration of Frankia genomes to identify genetic determinants involved in sporogenesis: Towards promising tracks to understand in plant sporuration
18th International Meeting on Frankia and Actinorhizal plants .
Poster
voir la publicationEvolution and Design Governing Signal Precision and Amplification in a Bacterial Chemosensory Pathway
PLoS Genetics . 11 ( 8 ) : e1005460
Article dans une revue
voir la publicationTaxonomy and Phylogeny of Prokaryotes
Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications . 978-94-017-9118-2 : 145-190
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDraft genome sequence of Mesotoga strain PhosAC3, a mesophilic member of the bacterial order Thermotogales, isolated from a digestor treating phosphogypsum in Tunisia
Standards in Genomic Sciences . 10
Article dans une revue
voir la publicationGenome-wide survey of two-component signal transduction systems in the plant growth-promoting bacterium Azospirillum
BMC Genomics . 16 : 833
Article dans une revue
voir la publicationExtending the conserved phylogenetic core of \textitarchaea disentangles the evolution of the third domain of life
Molecular Biology and Evolution . 32 : 1242-54
Article dans une revue
voir la publicationConstitutive arsenite oxidase expression detected in arsenic-hypertolerant Pseudomonas xanthomarina S11
Research in Microbiology . 166 : 205-14
Article dans une revue
voir la publicationDegeneration of the Nonrecombining Regions in the Mating-Type Chromosomes of the Anther-Smut Fungi
Molecular Biology and Evolution . 32 ( 4 ) : 928-943
Article dans une revue
voir la publicationChaos of Rearrangements in the Mating-Type Chromosomes of the Anther-Smut Fungus Microbotryum lychnidis-dioicae
Genetics . 200 ( 4 ) : 1275-1284
Article dans une revue
voir la publicationSex and parasites: genomic and transcriptomic analysis of Microbotryum lychnidis-dioicae, the biotrophic and plant-castrating anther smut fungus
BMC Genomics . 16 ( 461 ) : np
Article dans une revue
voir la publicationAn evolutionary link between capsular biogenesis and surface motility in bacteria
Nature Reviews Microbiology . 13 ( 5 ) : 318--326
DOI: 10.1038/nrmicro3431
Article dans une revue
voir la publicationThe two-domain tree of life is linked to a new root for the Archaea
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 112 : 6670-6675
Article dans une revue
voir la publicationThe Prediction and Validation of Small CDSs Expand the Gene Repertoire of the Smallest Known Eukaryotic Genomes
PLoS ONE . 10 ( 9 ) : 1-12
Article dans une revue
voir la publicationAssessing Recent Selection and Functionality at Long Noncoding RNA Loci in the Mouse Genome
Genome Biology and Evolution . 7 : 2432-44
DOI: 10.1093/gbe/evv155
Article dans une revue
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