Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Stagiaire
UCBL
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Doctorante
UCBL
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorant
UCBL
Stagiaire
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Stagiaire
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Stagiaire
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 301 à 330 sur 1098 au total
IsoSel: Protein Isoform Selector for phylogenetic reconstructions
PLoS ONE . 12 : e0174250
Article dans une revue
voir la publicationRecord of Nile seasonality in Nubian neonates.
Isotopes in Environmental and Health Studies . 53 ( 3 ) : 223-242
Article dans une revue
voir la publicationStrain-specific estimation of epidemic success provides insights into the transmission dynamics of tuberculosis
Scientific Reports . 7 : 45326
DOI: 10.1038/srep45326
Article dans une revue
voir la publicationThe CO dehydrogenase accessory protein CooT is a novel nickel-binding protein.
Metallomics . 9 ( 5 ) : 575-583
DOI: 10.1039/c7mt00063d
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary history of LTR-retrotransposons among 20 Drosophila species
Mobile DNA . 8 : 7
Article dans une revue
voir la publicationA newly evolved W(olbachia) sex chromosome in pillbug!
Peer Community In Evolutionary Biology .
Article dans une revue
voir la publicationContinental-level population differentiation and environmental adaptation in the mushroom Suillus brevipes
Molecular Ecology . 26 ( 7 ) : 2063-2076
DOI: 10.1111/mec.13892
Article dans une revue
voir la publicationThe sunflower genome provides insights into oil metabolism, flowering and Asterid evolution
Nature . 546 ( 7656 ) : 148-152
DOI: 10.1038/nature22380
Article dans une revue
voir la publicationThe Evolution of Sex Chromosomes and Dosage Compensation in Plants
Genome Biology and Evolution . 9 : 627-645
DOI: 10.1093/gbe/evw282
Article dans une revue
voir la publicationThe fitness cost of mis-splicing is the main determinant of alternative splicing patterns
Genome Biology . 18 : 208
Article dans une revue
voir la publicationLess effective selection leads to larger genomes
Genome Research . 27 : 1016-1028
Article dans une revue
voir la publicationNew Insights into the Classification and Integration Specificity of Streptococcus Integrative Conjugative Elements through Extensive Genome Exploration
Frontiers in Microbiology . 6 ( 6 ) : 1483
Article dans une revue
voir la publicationA glimpse into an unexplored world: very high diversity of integrative and mobilizable elements in Streptococci
8th ASM conference on Streptococcal Genetics .
Poster
voir la publicationThe Complex Admixture History and Recent Southern Origins of Siberian Populations
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 7 ) : 1777-1795
Article dans une revue
voir la publicationRefining the Y chromosome phylogeny with southern African sequences
Human Genetics . 135 ( 5 ) : 541 - 553
Article dans une revue
voir la publicationA genomic history of Aboriginal Australia
Nature . 538 ( 7624 ) : 207-214
DOI: 10.1038/nature18299
Article dans une revue
voir la publicationHigh-Resolution Mapping of Crossover and Non-crossover Recombination Events by Whole-Genome Re-sequencing of an Avian Pedigree
PLoS Genetics . 12 ( 5 ) : e1006044
Article dans une revue
voir la publicationDivergence in gene expression within and between two closely related flycatcher species
Molecular Ecology . 25 ( 9 ) : 2015-2028
DOI: 10.1111/mec.13596
Article dans une revue
voir la publicationThe non-equilibrium allele frequency spectrum in a Poisson random field framework
Theoretical Population Biology . 111 : 51-64
Article dans une revue
voir la publicationDetection and interpretation of shared genetic influences on 42 human traits
Nature Genetics . 48 ( 7 ) : 709-717
DOI: 10.1038/ng.3570
Article dans une revue
voir la publicationDetection of Allelic Frequency Differences between the Sexes in Humans: A Signature of Sexually Antagonistic Selection
Genome Biology and Evolution . 8 ( 5 ) : 1489-1500
DOI: 10.1093/gbe/evw090
Article dans une revue
voir la publicationHow and how much does RAD-seq bias genetic diversity estimates?
BMC Evolutionary Biology . 16 : 240
Article dans une revue
voir la publicationAncestral Reconstruction: Theory and Practice
Encyclopedia of Evolutionary Biology . : 70–77
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationOxygen isotope fractionation between bird eggshell calcite and body water: application to fossil eggs from Lanzarote (Canary Islands)
The Science of Nature Naturwissenschaften . 103 ( 9-10 )
Article dans une revue
voir la publicationGenome-wide analysis identifies gain and loss/change of function within the small multigenic insecticidal Albumin 1 family of Medicago truncatula
BMC Plant Biology . 16 ( 1 ) : 63
Article dans une revue
voir la publicationNovel genomic island modifies DNA with 7-deazaguanine derivatives
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 113 : e1452-e1459
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary history of the mammalian synaptonemal complex
Chromosoma . 125 : 355-60
Article dans une revue
voir la publicationClosing the gap between rocks and clocks using total-evidence dating
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 371 : 20150136
Article dans une revue
voir la publicationLower prevalence but similar fitness in a parasitic fungus at higher radiation levels near Chernobyl
Molecular Ecology . 25 ( 14 ) : 3370-83
DOI: 10.1111/mec.13675
Article dans une revue
voir la publicationThe changing view of eukaryogenesis - fossils, cells, lineages and how they all come together
Journal of Cell Science . 129 ( 20 ) : 3695-3703
DOI: 10.1242/jcs.178566
Article dans une revue
voir la publication