Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Stagiaire
CNRS
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Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Ingénieur de recherche CDD
CNRS
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Doctorante
autre
Tél : 04 72 44 81 42
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Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Stagiaire
UCBL
Stagiaire
UCBL
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
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Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Stagiaire
UCBL
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
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Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
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Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
![](https://lbbe.univ-lyon1.fr/sites/default/files/styles/img__220x220__crop_main/public/media/directory_people/photo/PerriereG.png?itok=3b8Xx5OS)
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Stagiaire
UCBL
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Chercheur invité
UCBL
Stagiaire
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 361 à 390 sur 952 au total
Tracing the origin of megaplasmids and secondary chromosomes in bacterial genomes
SBME . : A049 363
Acte de congrès
voir la publicationVisualization and analysis of an interconnected network of genomic elements
AdO'13: Apprentissage et données Omiques - Atelier de la conférence d'apprentissage Francophone CAp'13 - PFIA 2013 8ème Plate-Forme Intelligence Artificielle . : AdO-13_paper_6
Acte de congrès
voir la publicationLateral Gene Transfer from the Dead.
Systematic Biology . 62 ( 3 ) : 386-397
Article dans une revue
voir la publicationReconstructing the Phylogenetic History of Long-Term Effective Population Size and Life-History Traits Using Patterns of Amino Acid Replacement in Mitochondrial Genomes of Mammals and Birds
Genome Biology and Evolution . 5 ( 7 ) : 1273 - 1290
DOI: 10.1093/gbe/evt083
Article dans une revue
voir la publicationTranscriptome Characterisation of the Ant Formica exsecta with New Insights into the Evolution of Desaturase Genes in Social Hymenoptera
PLoS ONE . 8 ( 7 ) : e68200
Article dans une revue
voir la publicationGenome-scale coestimation of species and gene trees.
Genome Research . 23 ( 2 ) : 323-330
Article dans une revue
voir la publicationNickel import in bacteria, structural study of extracytoplasmic nickel-binding proteins
16. International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC) . 19 : 1
Acte de congrès
voir la publicationXACT, a long non-coding transcript coating the active X chromosome in human pluripotent cells
Epigenetics and Chromatin: Interactions and processes . 6 ( Suppl 1 ) : O33
Acte de congrès
voir la publicationBio++ : Efficient Extensible Libraries and Tools for Computational Molecular Evolution
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 8 ) : 1745 - 1750
Article dans une revue
voir la publicationExperimental assessment of the accuracy of genomic selection in sugarcane
TAG Theoretical and Applied Genetics . 126 ( 10 ) : 2575-2586
Article dans une revue
voir la publicationEgyptian mummies record increasing aridity in the Nile valley from 5500 to 1500yr before present
Earth and Planetary Science Letters . 375 : 92-100
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenies of Central Element Proteins Reveal the Dynamic Evolutionary History of the Mammalian Synaptonemal Complex: Ancient and Recent Components
GENETICS . 195 : 781--793
Article dans une revue
voir la publicationLUCA, ancêtre de tous les êtres vivants
Les Dossiers de la Recherche . 2 : 29--31
Article dans une revue
voir la publicationClassification of bacterial replicons based on the Genetic Information Transmission Systems
11th RECOMB - Comparative Genomics 2013 .
Acte de congrès
voir la publicationCellular Source and Mechanisms of High Transcriptome Complexity in the Mammalian Testis
Cell Reports . 3 ( 6 ) : 2179-2190
Article dans une revue
voir la publicationLife in an arsenic-containing gold mine: genome and physiology of the autotrophic arsenite-oxidizing bacterium rhizobium sp. NT-26.
Genome Biology and Evolution . 5 ( 5 ) : 934-53
DOI: 10.1093/gbe/evt061
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic Patterns of GC-Biased Gene Conversion in Placental Mammals and the Evolutionary Dynamics of Recombination Landscapes
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 3 ) : 489-502
Article dans une revue
voir la publicationAn Experimentally Tested Scenario for the Structural Evolution of Eukaryotic Cys2His2 Zinc Fingers from Eubacterial Ros Homologs
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 7 ) : 1504 - 1513
Article dans une revue
voir la publicationA Branch-Heterogeneous Model of Protein Evolution for Efficient Inference of Ancestral Sequences
Systematic Biology . 62 ( 4 ) : 523-538
Article dans une revue
voir la publicationTPMS: a set of utilities for querying collections of gene trees.
BMC Bioinformatics . 14 : 109
Article dans une revue
voir la publicationGeographical delimitation of a partial selective sweep in African \textitDrosophila melanogaster
Molecular ecology . 21 : 5702--14
DOI: 10.1111/mec.12004
Article dans une revue
voir la publicationThe genetic prehistory of southern Africa
Nature Communications . 3 : 1143
DOI: 10.1038/ncomms2140
Article dans une revue
voir la publicationBridging Near and Remote Oceania: mtDNA and NRY Variation in the Solomon Islands
Molecular Biology and Evolution . 29 ( 2 ) : 545-564
Article dans une revue
voir la publicationBringing together linguistic and genetic evidence to test the Bantu expansion
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 279 ( 1741 ) : 3256-3263
Article dans une revue
voir la publicationThe endogenous retrovirus ENS-1 provides active binding sites for transcription factors in embryonic stem cells that specify extra embryonic tissue
Retrovirology . 9 ( 1 ) : 21
Article dans une revue
voir la publicationRevisiting an Old Riddle: What Determines Genetic Diversity Levels within Species?
PLoS Biology . 10 ( 9 ) : e1001388
Article dans une revue
voir la publicationA Fine-Scale Chimpanzee Genetic Map from Population Sequencing
Science . 336 ( 6078 ) : 193-198
Article dans une revue
voir la publicationThe ABO blood group is a trans-species polymorphism in primates
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 45 ) : 18493 - 18498
Article dans une revue
voir la publicationEvidence for Widespread GC-biased Gene Conversion in Eukaryotes
Genome Biology and Evolution . 4 : 787-794
DOI: 10.1093/gbe/evs052
Article dans une revue
voir la publicationToward community standards in the quest for orthologs
Bioinformatics . 28 ( 6 ) : 900-904
Article dans une revue
voir la publication