Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 391 à 420 sur 1072 au total

Diet of ancient Egyptians inferred from stable isotope systematics

Alexandra Touzeau, Romain Amiot, Janne Blichert-Toft, Jean-Pierre Flandrois, François Fourel, Vincent Grossi...

Journal of Archaeological Science . 46 : 114-124

DOI: 10.1016/j.jas.2014.03.005

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MUBII-TB-DB: a database of mutations associated with antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis.

Jean-Pierre Flandrois, Gérard Lina, Oana Dumitrescu

BMC Bioinformatics . 15 ( 1 ) : 107

DOI: 10.1186/1471-2105-15-107

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Mycobacterium Species Related to M. leprae and M. lepromatosis from Cows with Bovine Nodular Thelitis

D. Pin, V. Guerin-Faublee, V. Garreau, F. Breysse, Oana Dumitrescu, Jean-Pierre Flandrois...

Emerging Infectious Diseases . 20 : 2111-4

DOI: 10.3201/eid2012.140184

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Promiscuous Nickel Import in Human Pathogens: Structure, Thermodynamics, and Evolution of Extracytoplasmic Nickel-Binding Proteins

Hugo Lebrette, Céline Brochier-Armanet, Barbara Zambelli, Hilde de Reuse, Elise Borezée-Durant, Stéfano Ciurli...

Structure . 22 ( 10 ) : 1421-1432

DOI: 10.1016/j.str.2014.07.012

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Protein SYCP2 Is an Ancient Component of the Metazoan Synaptonemal Complex

J. Fraune, M. Alsheimer, J. Redolfi, Céline Brochier-Armanet, R. Benavente

Cytogenetic and genome research . 144 : 299-305

DOI: 10.1159/000381080

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Plant, animal, and fungal micronutrient queuosine is salvaged by members of the DUF2419 protein family

R. Zallot, Céline Brochier-Armanet, K. W. Gaston, F. Forouhar, P. A. Limbach, J. F. Hunt...

ACS Chemical Biology . 9 ( 8 ) : 1812-1825

DOI: 10.1021/cb500278k

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Ail and PagC-Related Proteins in the Entomopathogenic Bacteria of Photorhabdus Genus

Annabelle Mouammine, Anne Lanois, Sylvie Pages, Bénédicte Lafay, Virginie Molle, Marc Canova...

PLoS ONE . 9 ( 10 ) : e110060

DOI: 10.1371/journal.pone.0110060

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Contribution of graphs to the analysis of bacterial genome architecture

Olivier Poirion, Bénédicte Lafay

BioNetVisA workshop, ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology .

Acte de congrès

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Structuration of the bacterial replicon space

Olivier Poirion, Bénédicte Lafay

ECCB'14 . CD

Acte de congrès

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Chromosome formation in bacteria

Olivier Poirion, Bénédicte Lafay

EMBO Conference "Microbiology after the genomics revolution : Genomes 2014" .

Acte de congrès

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Hijacking of Host Cellular Functions by an Intracellular Parasite, the Microsporidian Anncaliia algerae

Johan Panek, Hicham El Alaoui, Anne Mone, Serge Urbach, Edith Demettre, Catherine Texier...

PLoS ONE . 9 ( 6 ) : e100791

DOI: 10.1371/journal.pone.0100791

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Microsporidian Genomes Harbor a Diverse Array of Transposable Elements that Demonstrate an Ancestry of Horizontal Exchange with Metazoans.

Nicolas Parisot, Adrian Pelin, Cyrielle Gasc, Valérie Polonais, Abdel Belkorchia, Johan Panek...

Genome Biology and Evolution . 6 ( 9 ) : 2289-300

DOI: 10.1093/gbe/evu178

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Standard Sister Clade Comparison Fails when Testing Derived Character States

Jos Käfer, S. Mousset

Systematic Biology . 63 ( 4 ) : 601-609

DOI: 10.1093/sysbio/syu024

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Exploiting the architecture and the features of the microsporidian genomes to investigate diversity and impact of these parasites on ecosystems

E Peyretaillade, D Boucher, N Parisot, C Gasc, R Butler, J-F Pombert...

Heredity . : 25182222

DOI: 10.1038/hdy.2014.78

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An angiosperm-wide analysis of the gynodioecy-dioecy pathway.

Mathilde Dufaÿ, P. Champelovier, J Käfer, Jean-Pierre Henry, Sylvain Mousset, Gabriel A.B. Marais

Annals of Botany . 114 : 539-548

DOI: 10.1093/aob/mcu134

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Comparative population genomics in animals uncovers the determinants of genetic diversity

Jonathan Romiguier, P Gayral, M Ballenghien, Arnaud Bernard, V Cahais, Anne Chenuil...

Nature . 515 ( 7526 ) : 261-263

DOI: 10.1038/nature13685

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Phylogenomic test of the hypotheses for the evolutionary origin of eukaryotes

Nc. Rochette, Céline Brochier-Armanet, M. Gouy

Molecular Biology and Evolution . 31 ( 4 ) : 832-45

DOI: 10.1093/molbev/mst272

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Fungal evolutionary genomics provides insight into the mechanisms of adaptive divergence in eukaryotes

Pierre P. Gladieux, Jeanne Ropars, Helene Badouin, Antoine Branca, Gabriela G. Aguileta, Damien M. de Vienne...

Molecular Ecology . 23 ( 4 ) : 753-773

DOI: 10.1111/mec.12631

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Optimization of the reactional medium and a food impact study for a colorimetric in situ Salmonella spp. detection method

L. Morand, D. Michel, Jean-Pierre Flandrois, T. Junillon, D. Mosticon, B. Mallen...

International Journal of Food Microbiology . 181 : 48-52

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Enhanced tetrazolium violet reduction of Salmonella spp. by magnesium addition to the culture media

T. Junillon, L. Morand, Jean-Pierre Flandrois

Food Microbiology . 42 : 132-135

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Ribosomal proteins: Toward a next generation standard for prokaryotic systematics?

Hemalatha Golaconda Ramulu, Mathieu Groussin, Emmanuel Talla, Rémi Planel, Vincent Daubin, Céline Brochier-Armanet

Molecular Phylogenetics and Evolution . 75 : 103 - 117

DOI: 10.1016/j.ympev.2014.02.013

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Anaerobic oxidation of long-chain n-alkanes by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon, Archaeoglobus fulgidus.

Nadia Khelifi, Oulfat Amin Ali, Philippe Roche, Vincent Grossi, Céline Brochier-Armanet, Odile Valette...

The International Society of Microbiologial Ecology Journal . : 18

DOI: 10.1038/ismej.2014.58

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Halomonas olivaria sp. nov., a moderately halophilic bacterium isolated from olive-processing effluents

A. Amouric, Pierre-Pol Liebgott, M. Joseph, Céline Brochier-Armanet, J. Lorquin

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 64 ( Pt 1 ) : 46 - 54

DOI: 10.1099/ijs.0.049007-0

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Global phylogenomic analysis disentangles the complex evolutionary history of DNA replication in archaea.

Kasie Raymann, Patrick Forterre, Céline Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo

Genome Biology and Evolution . 6 ( 1 ) : 192-212

DOI: 10.1093/gbe/evu004

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“One code to find them all”: a perl tool to conveniently parse RepeatMasker output files

Marc Bailly-Bechet, Annabelle Haudry, Emmanuelle Lerat

Mobile DNA . 5 : 13

DOI: 10.1186/1759-8753-5-13

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Dioecy is associated with higher diversification rates in flowering plants

Jos Käfer, Hugo J de Boer, Sylvain Mousset, Anneleen Kool, Mathilde Dufaÿ, Gabriel A.B. Marais

Journal of Evolutionary Biology . 27 : 1478-1490

DOI: 10.1111/jeb.12385

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Reductive genome evolution at both ends of bacterial population size spectrum

Bérénice Batut, Carole Knibbe, Gabriel Marais, Vincent Daubin

Nature Reviews Microbiology . 12 ( 12 ) : 841-850

DOI: 10.1038/nrmicro3331

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