Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorant
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 451 à 480 sur 1006 au total
Primate evolutionary history contribution to the deciphering of SIV/HIV origin and diversification
Evolution Ottawa - 1th Joint Congress on Evolutionary Biology .
Acte de congrès
voir la publicationDe novo metagenomic assembly reveals abundant novel major lineage of Archaea in hypersaline microbial communities.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal . 6 ( 1 ) : 81-93
Article dans une revue
voir la publicationInteraction between Selection and Biased Gene Conversion in Mammalian Protein-Coding Sequence Evolution Revealed by a Phylogenetic Covariance Analysis
Molecular Biology and Evolution . 30 : 356 - 368
Article dans une revue
voir la publicationRapid De Novo Evolution of X Chromosome Dosage Compensation in Silene latifolia a Plant with Young Sex Chromosomes
PLoS Biology . 10 ( 4 ) : e1001308
Article dans une revue
voir la publicationLateral gene transfer as a support for the tree of life.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 13 ) : 4962-4967
Article dans une revue
voir la publicationHigh-quality sequence clustering guided by network topology and multiple alignment likelihood.
Bioinformatics . 28 ( 8 ) : 1078-85
Article dans une revue
voir la publicationThe evolution of gene expression levels in mammalian organs
Nature . 478 ( 7369 ) : 343-348
DOI: 10.1038/nature10532
Article dans une revue
voir la publicationHigh-throughput sequencing of complete human mtDNA genomes from the Caucasus and West Asia: high diversity and demographic inferences.
European Journal of Human Genetics .
DOI: 10.1038/ejhg.2011.62
Article dans une revue
voir la publicationY-Chromosomal Variation in Sub-Saharan Africa: Insights Into the History of Niger-Congo Groups
Molecular Biology and Evolution . 28 ( 3 ) : 1255-1269
Article dans une revue
voir la publicationLarger mitochondrial DNA than Y-chromosome differences between matrilocal and patrilocal groups from Sumatra
Nature Communications . 2 : 228
DOI: 10.1038/ncomms1235
Article dans une revue
voir la publicationSubstitution rate variation at human CpG sites correlates with non-CpG divergence, methylation level and GC content
Genome Biology . 12 ( 6 ) : R58
Article dans une revue
voir la publicationLactase persistence in central Asia: phenotype, genotype, and evolution.
Human Biology . 83 ( 3 ) : 379-92
DOI: 10.3378/027.083.0304
Article dans une revue
voir la publicationThe Case of the Fickle Fingers: How the PRDM9 Zinc Finger Protein Specifies Meiotic Recombination Hotspots in Humans
PLoS Biology . 9 ( 12 ) : e1001211
Article dans une revue
voir la publicationPreventing dangerous nonsense: selection for robustness to transcriptional error in human genes.
PLoS Genetics . 7 ( 10 ) : e1002276
Article dans une revue
voir la publicationFtx is a non-coding RNA which affects Xist expression and chromatin structure within the X-inactivation center region
Human Molecular Genetics . 20 ( 4 ) : 705-718
DOI: 10.1093/hmg/ddq516
Article dans une revue
voir la publicationMeiotic recombination favors the spreading of deleterious mutations in human populations
Human Mutation . 32 ( 2 ) : 198-206
DOI: 10.1002/humu.21407
Article dans une revue
voir la publicationModélisation des systèmes biologiques, bioinformatique
Rapport de conjoncture 2010 du Comité national de la recherche scientifique . 978-2-271-07263-4 : chapitre 43, 845-858
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationBioinformatics developments for NGS data analysis at PRABI
EMBNet.journal . 17 : 12
Article dans une revue
voir la publicationSpecies identification of staphylococci by amplification and sequencing of the tuf gene compared to the gap gene and by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . 30 ( 3 ) : 343-54
Article dans une revue
voir la publicationSpecies-driven interpretation guidelines in case of a single-sampling strategy for blood culture
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . 30 : 1537-1541
Article dans une revue
voir la publicationPhylogeny and evolution of the Archaea: one hundred genomes later.
Current Opinion in Microbiology . : epub ahead of print
Article dans une revue
voir la publicationGenome sequence of the stramenopile Blastocystis, a human anaerobic parasite.
Genome Biology . 12 ( 3 ) : R29
Article dans une revue
voir la publicationCultivation of the first mesophilic representative ("mesotoga") within the order Thermotogales
Systematic and Applied Microbiology . 34 : 581-585
Article dans une revue
voir la publicationThe GTPase Function of YvcJ and Its Subcellular Relocalization Are Dependent on Growth Conditions in Bacillus subtilis
Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology . 20 : 156-67
Article dans une revue
voir la publicationSurvival of extremely and moderately halophilic isolates of Tunisian solar salterns after UV-B or oxidative stress
Canadian Journal of Microbiology . 57(11) : 923-33
Article dans une revue
voir la publicationThe phylogenomic analysis of the anaphase promoting complex and its targets points to complex and modern-like control of the cell cycle in the last common ancestor of eukaryotes
BMC Evolutionary Biology . 11 : 923-33
Article dans une revue
voir la publicationThe Assembly Mode of the Pseudopilus: a hallmark to distinguish a novel secretion system subtype
Journal of Biological Chemistry . 286 ( 27 ) : 24407-24416
Article dans une revue
voir la publicationTaxonomie et phylogénie des procaryotes. Chapitre 6
Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés . 2-35311-022-3 9782353110223 : 1004 p.
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationUltra-fast sequence clustering from similarity networks with SiLiX
BMC Bioinformatics . 12(116) : 1-9
Article dans une revue
voir la publication