Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 421 à 450 sur 1006 au total

Classification of bacterial replicons based on the Genetic Information Transmission Systems

Olivier Poirion, Bénédicte Lafay

11th RECOMB - Comparative Genomics 2013 .

Acte de congrès

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Cellular Source and Mechanisms of High Transcriptome Complexity in the Mammalian Testis

M. Soumillon, A. Necsulea, M. Weier, D. Brawand, X. Zhang, H. Gu...

Cell Reports . 3 ( 6 ) : 2179-2190

DOI: 10.1016/j.celrep.2013.05.031

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Life in an arsenic-containing gold mine: genome and physiology of the autotrophic arsenite-oxidizing bacterium rhizobium sp. NT-26.

Jérémy Andres, Florence Arsène-Ploetze, Valérie Barbe, Céline Brochier-Armanet, Jessica Cleiss-Arnold, Jean-Yves Coppée...

Genome Biology and Evolution . 5 ( 5 ) : 934-53

DOI: 10.1093/gbe/evt061

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Phylogenetic Patterns of GC-Biased Gene Conversion in Placental Mammals and the Evolutionary Dynamics of Recombination Landscapes

Nicolas Lartillot

Molecular Biology and Evolution . 30 ( 3 ) : 489-502

DOI: 10.1093/molbev/mss239

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An Experimentally Tested Scenario for the Structural Evolution of Eukaryotic Cys2His2 Zinc Fingers from Eubacterial Ros Homologs

Fortuna Netti, Gaetano Malgieri, Sabrina Esposito, Maddalena Palmieri, Ilaria Baglivo, Carla Isernia...

Molecular Biology and Evolution . 30 ( 7 ) : 1504 - 1513

DOI: 10.1093/molbev/mst068

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A Branch-Heterogeneous Model of Protein Evolution for Efficient Inference of Ancestral Sequences

M. Groussin, Bastien Boussau, Manolo Gouy

Systematic Biology . 62 ( 4 ) : 523-538

DOI: 10.1093/sysbio/syt016

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TPMS: a set of utilities for querying collections of gene trees.

Thomas Bigot, Vincent Daubin, Florent Lassalle, Guy Perrière

BMC Bioinformatics . 14 : 109

DOI: 10.1186/1471-2105-14-109

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Mechanisms and Evolutionary Patterns of Mammalian and Avian Dosage Compensation

Philippe Julien, David Brawand, Magali Soumillon, Anamaria Necsulea, Angélica Liechti, Frédéric Schütz...

PLoS Biology . 10 ( 5 ) : e1001328

DOI: 10.1371/journal.pbio.1001328

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Different kinds of genetic markers permit inference of Paleolithic and Neolithic expansions in humans

Carla Aimé, Guillaume Laval, Etienne Patin, Paul Verdu, Laure Ségurel, Raphaëlle Chaix...

Conférence Jacques Monod .

Poster

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Geographical delimitation of a partial selective sweep in African \textitDrosophila melanogaster

L. Frezal, F. Meli, Sylvain Mousset, S. Mona, M. Veuille

Molecular ecology . 21 : 5702--14

DOI: 10.1111/mec.12004

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The genetic prehistory of southern Africa

Joseph Pickrell, Nick Patterson, Chiara Barbieri, Falko Berthold, Linda Gerlach, Tom Güldemann...

Nature Communications . 3 : 1143

DOI: 10.1038/ncomms2140

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Bridging Near and Remote Oceania: mtDNA and NRY Variation in the Solomon Islands

F. Delfin, S. Myles, Y. Choi, D. Hughes, R. Illek, M. van Oven...

Molecular Biology and Evolution . 29 ( 2 ) : 545-564

DOI: 10.1093/molbev/msr186

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Bringing together linguistic and genetic evidence to test the Bantu expansion

C. de Filippo, K. Bostoen, M. Stoneking, Brigitte Pakendorf

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 279 ( 1741 ) : 3256-3263

DOI: 10.1098/rspb.2012.0318

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The endogenous retrovirus ENS-1 provides active binding sites for transcription factors in embryonic stem cells that specify extra embryonic tissue

A. Mey, Hervé Acloque, Emmanuelle Lerat, S. Gounel, V. Tribollet, S. Blanc...

Retrovirology . 9 ( 1 ) : 21

DOI: 10.1186/1742-4690-9-21

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Revisiting an Old Riddle: What Determines Genetic Diversity Levels within Species?

Ellen Miranda Leffler, Kevin Bullaughey, Daniel R Matute, Wynn Meyer, Laure Ségurel, Aarti A. Venkat...

PLoS Biology . 10 ( 9 ) : e1001388

DOI: 10.1371/journal.pbio.1001388

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A Fine-Scale Chimpanzee Genetic Map from Population Sequencing

A. Auton, A. Fledel-Alon, S. Pfeifer, O. Venn, L. Segurel, T. Street...

Science . 336 ( 6078 ) : 193-198

DOI: 10.1126/science.1216872

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The ABO blood group is a trans-species polymorphism in primates

Laure L. Segurel, Emma E. E. E. Thompson, Timothée T. Flutre, Jessica J. Lovstad, Aarti A. Venkat, Susan W. S. W. Margulis...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 45 ) : 18493 - 18498

DOI: 10.1073/pnas.1210603109

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Evidence for Widespread GC-biased Gene Conversion in Eukaryotes

Eugénie Pessia, Alexandra Popa, Sylvain Mousset, Clément Rezvoy, Laurent Duret, G. Marais

Genome Biology and Evolution . 4 : 787-794

DOI: 10.1093/gbe/evs052

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Toward community standards in the quest for orthologs

Christophe Dessimoz, Toni Gabaldon, David Roos, Erik L L Sonnhammer, Javier Herrero, Alfonso Valencia...

Bioinformatics . 28 ( 6 ) : 900-904

DOI: 10.1093/bioinformatics/bts050

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Simplified detection of food-borne pathogens: An in situ high affinity capture and staining concept

T. Junillon, A. Vimont, D. Mosticone, B. Mallen, F. Baril, C. Rozand...

Journal of Microbiological Methods . 91 : 501--505

DOI: 10.1016/j.mimet.2012.09.015

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Les défis de la systématique face au monde microbien

Céline Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo

incollection . 328 : 49-52

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Comparative genomic analysis of the DUF71/COG2102 family predicts roles in diphthamide biosynthesis and B12 salvage

V. de Crécy-Lagard, F. Forouhar, Céline Brochier-Armanet, L. Tong, Jf. Hunt

Biology Direct . 7 : 1--13

DOI: 10.1186/1745-6150-7-32

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A comparative analysis of the amounts and dynamics of transposable elements in natural populations of Drosophila melanogaster and Drosophila simulans.

Cristina Vieira, Marie Fablet, Emmanuelle Lerat, Matthieu Boulesteix, Rita Rebollo, Nelly Burlet...

Journal of Environmental Radioactivity . 113 : 83-86

DOI: 10.1016/j.jenvrad.2012.04.001

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Molecular organization, biochemical function, cellular role and evolution of NfuA, an atypical Fe-S carrier.

Béatrice Py, Catherine Gerez, Sandra Angelini, Rémy Planel, Daniel Vinella, Laurent Loiseau...

Molecular Microbiology . 86 ( 1 ) : 155-71

DOI: 10.1111/j.1365-2958.2012.08181.x

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Spotlight on the Thaumarchaeota

C. Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo, Patrick Forterre

The International Society of Microbiologial Ecology Journal . 6 : 227-230

DOI: 10.1038/ismej.2011.145

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The Paramecium Germline Genome Provides a Niche for Intragenic Parasitic DNA: Evolutionary Dynamics of Internal Eliminated Sequences.

Olivier Arnaiz, Nathalie Mathy, Céline Baudry, Sophie Malinsky, Jean-Marc Aury, Cyril Denby Wilkes...

PLoS Genetics . 8 ( 10 ) : e1002984

DOI: 10.1371/journal.pgen.1002984

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Horizontal gene transfer of a chloroplast DnaJ-Fer protein to Thaumarchaeota and the evolutionary history of the DnaK chaperone system in Archea

C. Petitjean, D. Moreira, P. Lopez-Garcia, Céline Brochier-Armanet

BMC Evolutionary Biology . 12 : 226

DOI: 10.1186/1471-2148-12-226

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