Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 271 à 300 sur 1098 au total

A Survey and a Positive Psychology Intervention on French PhD Student Well-being

Gabriel Marais, Rebecca Shankland, Pascale Haag, Robin Fiault, Briget Juniper

International Journal of Doctoral Studies . 13 : 109-138

DOI: 10.28945/3948

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Genomic imprinting mediates dosage compensation in a young plant XY system

Aline Muyle, Niklaus Zemp, Cécile Fruchard, Radim Cegan, Jan Vrána, Clothilde Deschamps...

Nature Plants . 4 ( 9 ) : 677-680

DOI: 10.1038/s41477-018-0221-y

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Integrative Mobilizable Element (IMEs): a reservoir of antibiotic resistance genes in the zoonotic pathogen Streptococcus suis

Virginie Libante, Nombre Yves, Charles Coluzzi, Gérard Guédon, Marcelo Gottschalk, Nahuel Fittipaldi...

GDR 3546 - Les elements mobiles du mécanisme aux populations, une approche intégrative .

Acte de congrès

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L'exploration des génomes par l'outil ICEFinder révèle la forte prévalence et l'extrême diversité des ICE et des IME de streptocoques

Charles Coluzzi

Thèse

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A Glimpse into the World of Integrative and Mobilizable Elements in Streptococci Reveals an Unexpected Diversity and Novel Families of Mobilization Proteins

Charles Coluzzi, Gérard Guédon, Marie-Dominique Devignes, Chloé C. Ambroset, Valentin Loux, Thomas Lacroix...

Frontiers in Microbiology . 8 : 16

DOI: 10.3389/fmicb.2017.00443

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The obscure world of integrative and mobilizable elements

Gérard Guédon, Virginie Libante, Charles Coluzzi, Sophie Payot, Nathalie N. Leblond-Bourget

Genes . 8 ( 11 ) : 337

DOI: 10.3390/genes8110337

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The palaeolatitudinal distribution of fossil wood genera as a proxy for European Jurassic terrestrial climate

Marc Philippe, Sara Puijalon, Guillaume C Suan, Sylvain Mousset, Frédéric Thévenard, Emanuela Mattioli

Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology . 466 ( 373–381 )

DOI: 10.1016/j.palaeo.2016.11.029

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Genomic landscape of human diversity across Madagascar

Denis Pierron, Margit Heiske, Harilanto Razafindrazaka, Ignace Rakoto, Nelly Rabetokotany, Bodo Ravololomanga...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 114 ( 32 ) : E6498-E6506

DOI: 10.1073/pnas.1704906114

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Whole‐genome patterns of linkage disequilibrium across flycatcher populations clarify the causes and consequences of fine‐scale recombination rate variation in birds

Takeshi Kawakami, Carina Mugal, Alexander Suh, Alexander Nater, Reto Burri, Linnéa Smeds...

Molecular Ecology . 26 ( 16 ) : 4158-4172

DOI: 10.1111/mec.14197

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Covariation in levels of nucleotide diversity in homologous regions of the avian genome long after completion of lineage sorting

Ludovic Dutoit, Nagarjun Vijay, Carina Mugal, Christen Bossu, Reto Burri, Jochen Wolf...

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 284 ( 1849 ) : 20162756

DOI: 10.1098/rspb.2016.2756

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Genomic distribution and estimation of nucleotide diversity in natural populations: perspectives from the collared flycatcher ( Ficedula albicollis ) genome

Ludovic Dutoit, Reto Burri, Alexander Nater, Carina Mugal, Hans Ellegren

Molecular Ecology Resources . 17 ( 4 ) : 586-597

DOI: 10.1111/1755-0998.12602

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Simulation-based estimation of branching models for LTR retrotransposons

Serge Moulin, Nicolas Seux, Stéphane Chrétien, Christophe Guyeux, Emmanuelle Lerat

Bioinformatics . 33 ( 3 ) : 320 - 326

DOI: 10.1093/bioinformatics/btw622

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Gut Protozoa: Friends or Foes of the Human Gut Microbiota?

Magali Chabé, Ana Lokmer, Laure Ségurel

Trends in Parasitology . 33 ( 12 ) : 925-934

DOI: 10.1016/j.pt.2017.08.005

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Microbiome intestinal ancien et problématiques médicales contemporaines

Philippe Charlier, Anaïs Augias, Philippe Sansonetti, Céline Bon, Sean Kennedy, Laure Ségurel

Médecine/Sciences . 33 : 984-990

DOI: 10.1051/medsci/20173311016

Autre publication

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Sex-specific genetic diversity is shaped by cultural factors in Inner Asian human populations

Nina Marchi, Tatyana Hegay, Philippe Mennecier, Myriam Georges, Romain Laurent, Mark Whitten...

American Journal of Physical Anthropology . 162 ( 4 ) : 627-640

DOI: 10.1002/ajpa.23151

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MareyMap online: A user-friendly web application and database service for estimating recombination rates using physical and genetic maps

Aurélie Siberchicot, Adrien Bessy, Laurent Gueguen, Gabriel A. B. Marais

Genome Biology and Evolution . 9 ( 10 ) : 2506-2509

DOI: 10.1093/gbe/evx178

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The global impact of Wolbachia on mitochondrial diversity and evolution

Marie Cariou, Laurent Duret, Sylvain Charlat

Journal of Evolutionary Biology . 30 ( 12 ) : 2204-2210

DOI: 10.1111/jeb.13186

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The Red Queen model of recombination hot-spot evolution: a theoretical investigation

Thibault Latrille, L. Duret, Nicolas Lartillot

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences .

DOI: 10.1098/rstb.2016.0463

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d18O-Derived incubation temperatures of oviraptorosaur eggs.

Romain Amiot, Xu Wang, Shuo Wang, Christophe Lécuyer, Jean-Michel Mazin, Jinyou Mo...

Palaeontology . : 1-15

DOI: 10.1111/pala.12311

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The growing tree of Archaea: new perspectives on their diversity, evolution and ecology

Panagiotis S Adam, Guillaume Borrel, Céline Brochier-Armanet, Simonetta Gribaldo

The International Society of Microbiologial Ecology Journal . 11 ( 11 ) : 2407-2425

DOI: 10.1038/ismej.2017.122

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Improved Modeling of Compositional Heterogeneity Supports Sponges as Sister to All Other Animals

Roberto Feuda, Martin Dohrmann, Walker Pett, Herve Philippe, Omar Rota-Stabelli, Nicolas Lartillot...

Current Biology . 27 ( 24 ) : 3864-3870.e4

DOI: 10.1016/j.cub.2017.11.008

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Evolutionary strata on young mating-type chromosomes despite the lack of sexual antagonism

Sara E Branco, Hélène E Badouin, Ricardo E Rodríguez de La Vega, Jerome Gouzy, Fantin E Carpentier, Gabriela E Aguileta...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 114 ( 27 ) : 7067-7072

DOI: 10.1073/pnas.1701658114

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Widespread selective sweeps throughout the genome of model plant pathogenic fungi and identification of effector candidates

Helene Badouin, Pierre Gladieux, Jerome Gouzy, Sophie Siguenza, Gabriela Aguileta, Alodie Snirc...

Molecular Ecology . 26 ( 7 )

DOI: 10.1111/mec.13976

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Transcriptional response to hepatitis C virus infection and interferon-alpha treatment in the human liver

T. Boldanova, A. Suslov, M.H. Heim, A. Necsulea

EMBO Molecular Medicine . 9 : 816-834

DOI: 10.15252/emmm.201607006

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TEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes

Emmanuelle Lerat, Marie Fablet, Laurent Modolo, Hélène Lopez-Maestre, Cristina Vieira

Nucleic Acids Research . 45 : 13

DOI: 10.1093/nar/gkw953

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On the rarity of dioecy in flowering plants

Jos Käfer, Gabriel Marais, Jr. Pannell

Molecular Ecology . 26 : 1225-1241

DOI: 10.1111/mec.14020

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In vivo binding of PRDM9 reveals interactions with noncanonical genomic sites

C Grey, Julie a J Clément, J Buard, B Leblanc, I Gut, M Gut...

Genome Research . 27 ( 4 ) : 580-590

DOI: 10.1101/gr.217240.116

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