Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 271 à 300 sur 1006 au total

The non-equilibrium allele frequency spectrum in a Poisson random field framework

Ingemar Kaj, Carina Mugal

Theoretical Population Biology . 111 : 51-64

DOI: 10.1016/j.tpb.2016.06.003

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Detection and interpretation of shared genetic influences on 42 human traits

Joseph Pickrell, Tomaz Berisa, Jimmy Liu, Laure Ségurel, Joyce Tung, David A Hinds

Nature Genetics . 48 ( 7 ) : 709-717

DOI: 10.1038/ng.3570

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Detection of Allelic Frequency Differences between the Sexes in Humans: A Signature of Sexually Antagonistic Selection

Elise Lucotte, Romain Laurent, Evelyne Heyer, Laure Ségurel, Bruno Toupance

Genome Biology and Evolution . 8 ( 5 ) : 1489-1500

DOI: 10.1093/gbe/evw090

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Oxygen isotope fractionation between bird eggshell calcite and body water: application to fossil eggs from Lanzarote (Canary Islands)

Nicolas Lazzerini, Christophe Lécuyer, Romain Amiot, Delphine Angst, Eric Buffetaut, François Fourel...

The Science of Nature Naturwissenschaften . 103 ( 9-10 )

DOI: 10.1007/s00114-016-1404-x

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Genome-wide analysis identifies gain and loss/change of function within the small multigenic insecticidal Albumin 1 family of Medicago truncatula

L Karaki, P da Silva, F Rizk, C Chouabe, N Chantret, V Eyraud...

BMC Plant Biology . 16 ( 1 ) : 63

DOI: 10.1186/s12870-016-0745-0

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Novel genomic island modifies DNA with 7-deazaguanine derivatives

J.J. Thiaville, S.M. Kellner, Y. Yuan, G. Hutinet, P.C. Thiaville, W. Jumpathong...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 113 : e1452-e1459

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Evolutionary history of the mammalian synaptonemal complex

J. Fraune, Céline Brochier-Armanet, M. Alsheimer, J. N. Volff, K. Schucker, R. Benavente

Chromosoma . 125 : 355-60

DOI: 10.1007/s00412-016-0583-8

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Closing the gap between rocks and clocks using total-evidence dating

F. Ronquist, Nicolas Lartillot, M.J. Phillips

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 371 : 20150136

DOI: 10.1098/rstb.2015.0136

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Lower prevalence but similar fitness in a parasitic fungus at higher radiation levels near Chernobyl

Gabriela G. Aguileta, Helene Badouin, Michael E Hood, Anders Pape Møller, Stephanie Le Prieur, Alodie Snirc...

Molecular Ecology . 25 ( 14 ) : 3370-83

DOI: 10.1111/mec.13675

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The changing view of eukaryogenesis - fossils, cells, lineages and how they all come together

J. B. Dacks, M. C. Field, R. Buick, L. Eme, Simonetta Gribaldo, A. J. Roger...

Journal of Cell Science . 129 ( 20 ) : 3695-3703

DOI: 10.1242/jcs.178566

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A mixed relaxed clock model

Nicolas Lartillot, M. J. Phillips, F. Ronquist

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 371 : 20150132

DOI: 10.1098/rstb.2015.0132

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Polymorphic Microsatellite Markers for the Tetrapolar Anther-Smut Fungus Microbotryum saponariae Based on Genome Sequencing

Taiadjana M. Fortuna, Alodie Snirc, Hélène Badouin, Jerome Gouzy, Sophie Siguenza, Diane Esquerre...

PLoS ONE . 11 ( 11 ) : e0165656

DOI: 10.1371/journal.pone.0165656

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Qualité des données NGS : de la séquence aux bases de données

Pierre Peyret, Julie Aubert, Vincent Breton, François Enault, Line Le Gall, Denis Le Paslier...

La génomique environnementale . 978-1-78405-151-8 : 180 p.

Chapitre d'ouvrage

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Gene Acquisitions from Bacteria at the Origins of Major Archaeal Clades Are Vastly Overestimated

Mathieu Groussin, Bastien Boussau, Gergely J Szollosi, Laura Eme, Manolo Gouy, Céline Brochier-Armanet...

Molecular Biology and Evolution . 33 ( 2 ) : 305 - 310

DOI: 10.1093/molbev/msv249

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RiboDB database: a comprehensive resource for prokaryotic systematics

Frédéric Jauffrit, Simon Penel, Stéphane Delmotte, Carine Rey, Damien M de Vienne, Manolo Gouy...

Molecular Biology and Evolution . 33 ( 8 ) : 2170--2172

DOI: 10.1093/molbev/msw088

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Combined Genotypic, Phylogenetic, and Epidemiologic Analyses of Mycobacterium tuberculosis Genetic Diversity in the Rhône Alpes Region, France

Catherine Pichat, David Couvin, Gérard Carret, Isabelle Frédénucci, Véronique Jacomo, Anne Carricajo...

PLoS ONE . 11 ( 4 ) : e0153580

DOI: 10.1371/journal.pone.0153580

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Silencing of natural transformation by an RNA chaperone and a multitarget small RNA

Laetitia Attaiech, Aïda Boughammoura, Céline Brochier-Armanet, Omran Allatif, Flora Peillard-Fiorente, Ross A. Edwards...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 113 ( 31 ) : 8813-8818

DOI: 10.1073/pnas.1601626113

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Transcriptional start site turnover in the evolution of bacterial paralogous genes - the pelE-pelD virulence genes in Dickeya

Alexandre Duprey, William Nasser, Simon Leonard, Céline Brochier-Armanet, Sylvie Reverchon

FEBS Journal . 283 ( 22 ) : 4192-4207

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Control of Hoxd gene transcription in the mammary bud by hijacking a preexisting regulatory landscape

R. Schep, A. Necsulea, E. Rodriguez-Carballo, I. Guerreiro, G. Andrey, T.H. Nguyen Huynh...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 113 ( 48 ) : e7720-e7729

DOI: 10.1073/pnas.1617141113

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Phylogenomic analysis supports the ancestral presence of LPS-outer membranes in the Firmicutes.

Luisa Cs Antunes, Daniel Poppleton, Andreas Klingl, Alexis Criscuolo, Bruno Dupuy, Céline Brochier-Armanet...

eLife . 5 : e14589

DOI: 10.7554/eLife.14589.020

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Cell division of Streptococcus pneumoniae: think positive!

P. S. Garcia, J. P. Simorre, Céline Brochier-Armanet, C. Grangeasse

Current Opinion in Microbiology . 34 : 18-23

DOI: 10.1016/j.mib.2016.07.014

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Reply to Halanych et al.

Davide Pisani, Walker Pett, Martin Dohrmann, Roberto Feuda, Omar Rota-Stabelli, Herve Philippe...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 113 ( 8 ) : E948-E949

DOI: 10.1073/pnas.1525718113

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A role for HOX13 proteins in the regulatory switch between TADs at the HoxD locus

L. Beccari, N. Yakushiji-Kaminatsui, J. M. Woltering, A. Necsulea, N. Lonfat, E. Rodriguez-Carballo...

Genes and Development . 30 : 1172-86

DOI: 10.1101/gad.281055.116

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RevBayes: Bayesian Phylogenetic Inference Using Graphical Models and an Interactive Model-Specification Language

S. Hohna, M. J. Landis, T. A. Heath, Bastien Boussau, Nicolas Lartillot, B. R. Moore...

Systematic Biology . 65 : 726-36

DOI: 10.1093/sysbio/syw021

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The transposable element environment of human genes is associated with histone and expression changes in cancer

Laura Grégoire, Annabelle A. Haudry, Emmanuelle Lerat

BMC Genomics . 17 ( 1 )

DOI: 10.1186/s12864-016-2970-1

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No Evidence That Nitrogen Limitation Influences the Elemental Composition of Isopod Transcriptomes and Proteomes

Clémentine François, L. Duret, Laurent Simon, Florian Mermillod-Blondin, Florian Malard, Lara Konecny-Dupré...

Molecular Biology and Evolution . 33 ( 10 ) : 2605–2620

DOI: 10.1093/molbev/msw131

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Recombination Rate Variation Modulates Gene Sequence Evolution Mainly via GC-Biased Gene Conversion, Not Hill–Robertson Interference, in an Avian System

Paulina Bolívar, Carina Mugal, Alexander Nater, Hans Ellegren

Molecular Biology and Evolution . 33 ( 1 ) : 216-227

DOI: 10.1093/molbev/msv214

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